Права архимандритов и игуменов одинаковы.

Согласно Уставу Василия Великого и 123 новелле (34 гл). Юстиниана, вошедшей в «Номоканон», братия избирает настоятеля из своей среды, но если среди братии нет лица подходящего, то его поставляет епархиальный епископ. Однако и кандидатуру настоятеля, избранного братией, утверждает епархиальный епископ или Патриарх (в ставропигиальных обителях). В России в синодальную эпоху принят был такой порядок: настоятели общежительных монастырей избирались братией и утверждались Священным Синодом по представлению епархиального архиерея, а настоятели монастырей необщежительных, так называемых штатных, непосредственно назначались епархиальным архиереем или Синодом (в ставропигиальных монастырях).

Настоятель избирается не по летам, а по способностям и заслугам. Главной заботой настоятеля является попечение о духовном преуспеянии братии и об имуществе, находящемся в распоряжении или собственности монастыря.

Как гласит 3 канон Двукратного Собора: «Аще который настоятель монастыря, подчиненных себе монахов отбегающих, не взыщет с великим тщанием, или нашедши не восприимет, и не потрудится приличным и недугу соответствующим врачевством возстановити и укрепити падшаго, такового святый Собор определил подвергати отлучению от Таинств. Ибо аще имеющий в смотрении безсловесныя животныя, вознерадит о стаде, не оставляется без наказания, то приявший пастырское начальство над паствою Христовою, и своим нерадением и леностию расточающий спасение их, како не подвергнется наказанию за свою дерзость. Призываемый же возвратитися монах, аще не повинется, да будет отлучен епископом».

В обязанности настоятеля входит наблюдение за строгим исполнением братией монашеских обетов и правил, попечение о регулярном и благочинном совершении богослужений, надзор за монастырским хозяйством. Не злоупотребляя властью, настоятель должен поучать братию примером своей жизни и своим пастырским словом. Настоятелю следует посещать кельи монахов и смотреть, живет ли братия по уставу, следить, чтобы никто из братии не выходил из обители без его ведома. Но ничего важного, касающегося жизни в монастыре, настоятель не должен предпринимать без совещания с братией. В надлежащее время настоятель монастыря представляет отчет епархиальному архиерею или Патриарху о поведении монахов, монастырской жизни и монастырском хозяйстве. С обязанностями настоятеля связаны и его особые права. Вся монастырская братия должна повиноваться ему и почитать его как отца. Никто не смеет прекословить ему. Для исправления нерадивых и провинившихся монахов и послушников настоятель может налагать на них наказания. Во всем настоятелю принадлежит первенство в монастыре.

Под его началом и в зависимости от него в монастырях назначаются должностные лица, отвечающие за те или иные стороны жизни монастыря: наместник, управляющий монастырем по благословению настоятеля и в пределах, указанных самим настоятелем; духовник, на которого возлагается духовное окормление братии, обязанность исповедовать монахов; эконом, помогающий вастоятелю и наместнику в заведовании монастырским хозяйством. Все эти лица во главе с настоятелем образуют духовный собор, который обсуждает и решает важнейшие монастырские дела.

Церковная служба в монастырских храмах совершается по очереди иеромонахами и иеродиаконами монастыря. Во главе всех монастырей епархии могут стоять монастырские благочинные, действующие под началом епархиального архиерея.

Монастыри оказали огромное влияние на жизнь Православной Церкви. В эпоху догматических споров монахи многое сделали для того, чтобы православные обращались к монастырям за поддержкой. Во времена иконоборчества монахам на себе пришлось вынести основную тяжесть борьбы за иконопочитание. За это они подвергались жестоким гонениям. На иконоборческом Соборе 754 г. только три епископа было осуждено еретиками за иконопочитание. Значит, почти все остальные восточные иерархи присоединились к иконоборцам. Между тем монахи продолжали отстаивать почитание икон. VII Вселенский Собор, на котором был сформулирован догмат о почитании икон, особенным образом почтил заслуги монахов в отстаивании Православия: монахи подавали на Соборе голоса вместе с епископами. Под соборными актами стоят подписи 130 иноков.

В Х веке центром монашеского подвижничества на Востоке становится Афон. Сложившийся там в Х столетии, при преп. Афанасии, строй жизни сохраняется без существенных перемен и сегодня. Афонские монастыри ныне расположены на территории Греции, но, как и в самом начале своей истории, Афон находится в юрисдикции Константинопольского Патриарха. Однако обители Святой Горы имеют достаточно широкую независимость и от Первоиерарха.

Насельники Афонских монастырей принадлежат к разным национальностям; как в древности, так и теперь там преобладают греки; в XIX веке большинство монахов составляли выходцы из России. На Святой Горе подвизаются также монахи — арабы, болгары, сербы, румыны. 20 святогорских монастырей вместе с зависимыми от них скитами и кельями составляют своеобразную монашескую республику. Святая Гора управляется общим собранием (συναξις) 20 представителей от монастырей, возглавляемым протосом. Общее собрание в качестве первой инстанции рассматривает споры между монастырями и скитами. Апелляции подаются на имя Константинопольского Патриарха. Среди афонских монастырей есть обители общежительные (киновии) и особожительские (идиоритмические).

Русские монастыри в первые века после Крещения (а расположенные на окраинах страны — и в последующие века) являлись центрами христианского просвещения, а также главными очагами духовной жизни. По своему устройству они не отличались от монастырей православного Востока. Всесторонняя регламентация монастырской жизни была предпринята Стоглавым Собором.

Реформы Петра I по-настоящему потрясли монастырскую жизнь. Он постарался приостановить рост числа монастырей и сократить число уже существующих обителей, В «Духовном регламенте» (1721 г.) запрещалось строить новые монастыри без разрешения Святейшего Синода и Высочайшей Власти; малые монастыри предусматривалось объединять вместе или приписывать их к более крупным. В результате этой меры многие монастырские церкви были обращены в приходские. В обязанность Синоду Регламент вменил искоренение распространившегося на Руси убеждения, что без пострига нельзя спастись (оно толкало многих на принятие пострижения хотя бы перед смертью). Монастырскому Приказу ведено было составить точную роспись всех монашествующих — монастырские штаты. Желающих принять постриг дозволялось принимать в монастыри лишь на убылые места.

По Указу 1723 г. прекращен был постриг и при наличии убылых мест; на открывавшиеся вакансии стали принимать исключительно инвалидов — старых солдат. Это могло привести к полному уничтожению монашества, поэтому Указ был отменен. Однако вместо этого Синодом издано было предписание: постриг в епархиях мог совершаться исключительно с его разрешения. Для того, чтобы заставить монашество служить утилитарным общественным делам, Петр распорядился устроить при монастырях школы, воспитательные дома, приюты, дома сумасшедших, учебные мастерские. Ученые монахи, предназначавшиеся для занятия высших церковных должностей, стали пользоваться рядом привилегий в сравнении с монахами неучеными. Простую братию использовали на разного рода ручных работах, инокинь — в качестве прях, вышивальщиц.

При преемниках Петра I правительство продолжало проводить его церковную политику. В особенно жестких условиях монастыри оказались при императрице Анне Иоанновне (1730–1740 гг.), в эпоху бироновщины, когда был издан Указ о пострижении только отставных солдат и вдовых священнослужителей. Всех монахов, постриженных ранее в обход закона, ведено было расстригать, подвергать телесным наказаниям, отдавать в солдаты или даже отправлять на каторгу. Тяжким наказаниям подвергались и лица, совершившие незаконные постриги. Тысячи монахов были отправлены в застенки Тайной Канцелярии. В 1740 г. Синод докладывал регентше Анне Леопольдовне, что в монастырях остались одни старики, не способные совершать богослужения, и церкви стоят «без пения».