Вернувшись в США, он понял, что о нем все забыли, — он был теперь никому не известным европейским эмигрантом, таким же, как множество других. «Я ненавидел тогда весь мир и хотел отстраниться от него». Забыть, забыть военный ад, никогда и ни с кем больше о нем не говорить, никому больше не рассказывать о трагедии евреев, свидетелем которой он был. Для простоты оформления документов в иммиграционных службах он не стал восстанавливать имя Козелевского и навсегда остался Карским.

Он попытался зажить нормальной жизнью, завести семью, но брак его распался через два года. Ему удалось добиться разрешения на выезд из Польши для любимого брата Мариана и его жены Ядвиги. Сразу обосноваться в Америке они не могли, и Карский на последние остатки полученных за книгу денег купил им маленькую ферму в Канаде, недалеко от Монреаля.

Возобновить дипломатическую карьеру оказалось невозможно: в Госдепартаменте он как уроженец страны, подконтрольной коммунистам, мог рассчитывать только на самую незначительную должность, а чтобы попасть на службу в ООН, ему пришлось бы перейти на сторону варшавского режима — такой шаг он для себя исключал.

Оставался один путь — получение ученой степени и преподавание в университете. Ректор дипломатического отделения Джорджтаунского католического университета Эдмунд Уолш принял Карского с распростертыми объятиями и выхлопотал ему стипендию для обучения в докторантуре. В 1952 году степень доктора политологии была получена, и Карский стал преподавать. Отныне он связал свою судьбу с Джорджтаунским университетом, где проработал больше тридцати лет.

В 1954 году профессор Ян Карский получил американское гражданство. Зная его репутацию антикоммуниста, американская администрация не раз привлекала его как эксперта и поручала ему различные задания. В течение двадцати лет он готовил по собственной программе специалистов для Пентагона и часто ездил по заданию Госдепартамента читать лекции в Азию, Африку и на Ближний Восток. Никто из его коллег и студентов в Джорджтауне, кроме ректора Уолша, с которым он познакомился еще в 1943 году, не знал о его прошлом, но все ценили его как благородного человека и прекрасного лектора. У него учился выпускник 1968 года Билл Клинтон.

В 1954 году в вашингтонской синагоге, куда Карский пришел на концерт современной танцевальной труппы, он встретил Полю Ниренскую, урожденную Ниренштайн, варшавянку, свою старинную знакомую — они общались в Лондоне в 1938 году. В июле 1965-го они поженились. Поля, у которой все родственники, кроме успевших уехать в Палестину родителей, погибли, перешла в католичество. Супруги условились никогда не говорить о прошлом.

Помимо преподавания в университете, профессор Карский в течение многих лет писал книгу, посвященную политике великих держав в отношении Польши. Монография в семьсот страниц The Great Powers and Poland. 1919–1945. From Versailles to Yalta («Великие державы и Польша. 1919–1945. От Версаля до Ялты») вышла в 1985 году. «Печальная книга», — скажет ее автор. Проанализировав огромное количество архивных данных, он приходит к выводу, что в циничной игре с Польшей «морально более виновен Черчилль, а физически — Рузвельт».

В 1987 году Карский скажет своему биографу Станиславу М. Янковскому:

В 1978–1985 годах, когда бывший эмиссар польского подполья Витольд снова заговорил, уточняя, подчеркивая нравственное и историческое значение той необычайной миссии, которую он выполнял в ноябре сорок второго по поручению своих соотечественников-евреев, окончательно складываются — на этот раз в глазах всего мира — его образ свидетеля и его не для всех удобная позиция. Человеком, который попытался остановить Холокост, но не был услышан, назовет его польский историк Бронислав Геремек, а Эли Визель сочтет, что он сыграл существенную роль в том, что у союзников проснулась совесть и это облегчило судьбу евреев Будапешта.

Клод Ланцман, снимая свой фильм в 1977–1978 годах, разбудил память свидетелей Холокоста. Готовый фильм «Шоа» вышел на экраны весной 1985-го, и сразу после этого главный редактор польского эмигрантского журнала Kultura Ежи Гедройц попросил Карского написать о нем статью. Статья появилась в ноябрьском (1985 г.) номере, затем в ноябре 1986-го была перепечатана парижским Esprit, а в июле 1986-го — американским Together. Карский искренне восхищается фильмом, но сожалеет, что в сорока минутах, которые отобраны из его восьмичасового рассказа, смещен акцент с того главного, про что мог сказать только он, — про глухоту западных стран к призыву о помощи, переданному через него евреями варшавского гетто.

Карского увлекла идея сделать фильм, дополняющий «Шоа» и показывающий «нынешним и будущим поколениям», что в этой катастрофе честь человечества спасали тысячи простых людей, которые помогли выжить какой-то части евреев. «На глазах всего мира» — так называлось сообщение, обнародованное Карским в январе 1993 года по случаю грядущего пятидесятилетия восстания варшавского гетто и упоминавшее о «докладе Карского», который польское правительство передало союзникам в ноябре 1942 года и который был найден историками в британских архивах. По мнению Карского, которое он твердо отстаивал, «польское правительство в Лондоне сделало все, что могло, чтобы помочь евреям. Но у него в то время не хватало сил не только самому спасти их, но и защитить независимость своей страны».

Фильм «Шоа» вынудил польское правительство генерала Ярузельского частично снять запрет с имени Карского, но не с его книги — она оставалась запрещенной. И только в апреле 1987-го, через сорок с лишним лет после окончания Второй мировой войны, поляки впервые увидели фотографию героя Сопротивления Яна Карского в двух газетах. В ноябре 1987 года публицист Станислав Янковский впервые встретился в США с Карским — это стало началом его работы над большой книгой. В декабре того же года Карский предоставил Янковскому все свои личные архивы и вел с ним долгие беседы у себя дома в Вашингтоне. И наконец, в 1991-м, в связи с выходом в свет написанной Янковским биографии «Эмиссар Витольд», Карский приехал на родину, и независимая Польша восторженно приняла его. В 1995-м он снова посетил Польшу по случаю издания польского перевода с английского книги Томаса Э. Вуда и Станислава М. Янковского «Как один человек пытался остановить Холокост».

В девяностые годы несколько университетов мира присвоили Карскому звание доктора honoris causa. В 1994-м он стал почетным гражданином Израиля. В 1995-м первый польский президент Лех Валенса наградил его орденом Белого орла. В 1998 году Израиль, отмечавший пятидесятилетие еврейского государства, выдвинул Карского на соискание Нобелевской премии мира. Двое историков из поколения «Солидарности» (Анджей Рознер и Анджей Кунерт) убедили Карского дать согласие на публикацию «Истории подпольного государства» по-польски, и в декабре 1999 года, через пятьдесят пять лет после написания, книга вышла в свет на родине автора. Бывший боец польского подпольного государства снабдил это издание посвящением:

Памятник Яну Карскому, установленный 10 сентября 2002 г. в парке Джорджтаунского университета в Вашингтоне, где он преподавал в течение сорока лет.