Министерство состояло из двух департаментов: Департамента духовных дел и Департамента народного просвещения. Для нас представляет интерес административная структура первого, поскольку департамент занимался религиозными делами христианских исповеданий (православного, римско–католического, евангелического, греко–униатского, армяно–григорианского) и нехристианских религий (иудаизма, мусульманства и др.). Три отделения департамента были предназначены для христианских исповеданий, а четвертое — для нехристианских. «Греко–российское исповедание» находилось в ведении первого отделения под непосредственным руководством занимавшего в то время должность обер–прокурора князя П. С. Мещерского. Греко–российское отделение именовалось Ведомством православного исповедания; это возникшее в 1817 г. название стало официальным для православной Церкви в России (например, в докладах обер–прокурора Святейшего Синода), применявшимся вплоть до 1917 г. Директору департамента подчинялся наряду с начальниками отделений также и обер–прокурор; под началом последнего находились секретари консисторий в епархиях, прокуроры контор Святейшего Синода в Москве и в Грузии, начальник Комиссии духовных училищ, т. е. все епархиальное управление и управление духовными учебными заведениями. Ведомство православного исповедания как отделение состояло в свою очередь из двух подотделений — столов. В компетенцию первого из них входили: а) собрание «мемуаров» Святейшего Синода; б) административные доклады Святейшего Синода; в) Комиссия духовных училищ; г) переписка Святейшего Синода и комиссии; д) сношения с прочими министерствами и ведомствами по делам церковного управления; е) связи с обеими конторами Святейшего Синода через их прокуроров; ж) попечение о православных в Польше, на православном Востоке и за границей вообще; з) заключение браков между православными и иноверцами. Второй стол занимался: а) делами Присутствия Святейшего Синода — увольнением и назначением его членов; б) вызовом епископов в Святейший Синод; в) духовенством и церквами обеих столиц; г) конторами Святейшего Синода; д) увольнением и назначением обер–прокурора и чиновников (обер–секретарей и секретарей) канцелярии департамента и Комиссии духовных училищ; е) духовенством и чиновниками в епархиях, всеми происшествиями в епархиях, а также секретными донесениями.

Все доклады, пожелания и постановления Присутствия Святейшего Синода представлялись министру только через обер–прокурора. Отсюда эти документы или любые другие бумаги при необходимости направлялись в дальнейшие инстанции для принятия решения. Если же министр считал необходимым сообщить Святейшему Синоду свое мнение по тому или иному вопросу, то все дела возвращались в Синод для нового обсуждения с учетом мнения министра. Министр мог высказывать Присутствию Святейшего Синода свои предложения непосредственно или через обер–прокурора. Только министр, и никто другой, имел право представлять государю доклады по делам церковного управления и судебным приговорам Святейшего Синода. Отчеты Синода докладывались царю также только самим министром. О делах, касавшихся отношений с различными ведомствами, обер–прокурор докладывал министру на заседаниях Святейшего Синода. В зале Присутствия для министра был установлен особый стол, за которым сидел и обер–прокурор. В остальном же инструкция обер–прокурору повторяла инструкцию от 1722 г. Единственное различие состояло в том, что теперь обер–прокурор был подчинен министру, так же как обер–прокуроры Сената подчинялись генерал–прокурору, т. е. министру юстиции. В руках обер–прокурора было сосредоточено все делопроизводство обоих столов. Особое значение имел тот факт, что обер–прокурору подчинялись также секретари духовных консисторий, поскольку вследствие этого епархиальные управления находились в самой тесной связи с обер–прокурором в Петербурге. Понятно, что секретари, полностью зависевшие от обер–прокурора, искали его благорасположения и прислушивались гораздо больше к его мнению, нежели к распоряжениям епископов. Тем самым реформа 1817 г. представляла обер–прокурору новые возможности влияния на епархиальное управление. Это положение было узаконено в 1841 г. Уставом духовных консисторий [425]. Однако власть чиновничества усилилась не только из–за реформы управления, гораздо большую роль играло необычайное рвение, с которым князь Голицын занимался церковными делами. Филарет Дроздов, впоследствии митрополит Московский, приобрел благосклонность князя еще до реформы 1817 г., в это время он был рукоположен во епископа и играл большую роль в Комиссии духовных училищ. Филарет Дроздов был очень доволен новой реформой и приветствовал князя Голицына как «местоблюстителя внешнего епископа (т. е. императора. — Ред.)» [426]. Однако позднее, во времена графа Протасова, он ощутил горькие последствия этой реформы. Петербургскому митрополиту Амвросию не пришлось иметь дел с новым министром по духовным делам. 26 марта 1818 г. он подал прошение об увольнении по состоянию здоровья и скончался 21 мая того же года митрополитом Новгородским. Его преемник, митрополит Новгородский и Петербургский Михаил Десницкий (1818–1821), был человеком искреннего благочестия, натурой мистической, добросердечным проповедником, широко любимым в народе [427]. Долгое время, прежде чем стать монахом, он служил простым приходским священником и мало подходил на роль председательствующего в Святейшем Синоде и поборника прав Церкви. Его отношения с князем Голицыным всегда были очень натянутыми.

Несмотря на то что Министерство духовных дел просуществовало недолго, его значение для последующей истории было решающим. Реформа 1817 г. сделала обер–прокуратуру существенной частью государственного министерства церковного управления, и, после того как пост министра был упразднен, его функции в силу инерции фактически перешли к обер–прокурору.

Разногласия между Петербургским митрополитом и князем Голицыным, имевшие место уже при Михаиле Десницком, со времени назначения на Петербургскую митрополию Серафима Глаголевского (1821–1843) стали непреодолимыми [428]. Митрополит Серафим был энергичным человеком с консервативными взглядами. Он был против Библейского общества, против перевода Священного Писания на русский язык и против тех мистических элементов, которые князь Голицын хотел внести в жизнь Церкви. Уже митрополит Михаил незадолго до смерти писал императору Александру I об опасности, которую представляли для православной Церкви взгляды и деятельность князя Голицына. Митрополиту Серафиму удалось убедить царя во вредоносности политики, проводившейся Голицыным. Он указывал на то, что Голицын как министр народного просвещения допускал печатание книг, противоречивших учению православной Церкви. 15 мая 1824 г. князь Голицын был смещен с поста министра народного просвещения и заменен адмиралом А. С. Шишковым. Святейший Синод был оповещен об этом особым указом: «Назначив особого министра народного просвещения, повелеваем: делам Святейшего Правительствующего Синода до назначения министра духовных дел иметь то же течение, в каком они находились до учреждения министерства 24 октября 1817 года» [429]. Назначения министра духовных дел, однако, так и не последовало. В новом указе от 24 августа 1824 г. говорилось, что обер–прокурор князь П. С. Мещерский остается и впредь самостоятельным главой Ведомства православного исповедания в соответствии с указом от 15 мая 1824 г. Сообщалось также, что об этом поставлен в известность министр юстиции, генерал–прокурор Сената, который несет ответственность за порядок делопроизводства во всех ведомствах. Князь Мещерский просил разъяснений, и потому в указе далее читаем: «Что касается до 1–го отделения бывшего Департамента духовных дел, то Его Императорскому Величеству угодно, чтобы оное оставалось в настоящем его положении под именем Отделения духовных дел греко–российского исповедания при обер–прокуроре Святейшего Синода» [430]. Так обер–прокуратура Святейшего Синода вновь возникла как самостоятельное учреждение. Возобновились личные доклады обер–прокурора императору. Так как в обоих указах от 1824 г. полномочия министра духовных дел не отменялись, то они в силу указа 1817 г. как бы передавались обер–прокурору.