В 1868 г. был опубликован и новый Устав епархиальных женских училищ. Их учебные программы были несколько обширнее, нежели программы духовных училищ, и рассчитаны на шесть лет. Преподавалась всеобщая и русская история, греческий и латинский языки были исключены, а вместо Священного Писания изучалась библейская история, и т. п., дополнительным предметом вводилось рукоделие. Сверх того, разрешалось открывать подготовительные и педагогические классы, если духовенство желало этого и гарантировало дополнительные средства. Содержание епархиальных женских училищ, как правило, целиком ложилось на епархии, подчинялись они епархиальным съездам и епархиальным архиереям. К концу правления императора Александра II существовало уже 47 таких училищ, из которых 12 содержались непосредственно на средства Святейшего Синода. Их значение для народного образования было тем больше, что туда за особую плату могли поступать и девушки из недуховных сословий. Их выпускницы плодотворно трудились, учительствуя в церковноприходских школах, число которых резко увеличилось при Александре III, а также в земских школах и других учебных заведениях. Жаль, что в русской исторической литературе их подвижническая деятельность до сих пор осталась практически без внимания [1541].
До реформы имелось 50 семинарий с 11 620 учащимися и 186 духовных училищ с 36 610 учениками. В ходе реформы к 1871 г. были открыты три новых духовных училища и одна семинария (Донская семинария в Новочеркасске). Число семинаристов достигло 13 385, тогда как количество учеников духовных училищ, напротив, упало до 27 053, так как духовенство под влиянием общественного мнения стало чаще отдавать своих детей в светские учебные заведения, главным образом в гимназии [1542].
В 1867 г. Святейший Синод предложил духовным академиям высказаться по поводу намеченной реформы уставов. Докладные записки академий были переданы на изучение особой комиссии под председательством Нижегородского архиепископа Нектария. В комиссию входил также Макарий Булгаков. «Академический Устав 1869 года, принесший столько блага нашей Церкви и особенно духовной науке, несмотря на весьма кратковременное свое существование, явился в окончательном своем виде в свет благодаря энергичной защите принципов его Макарием Булгаковым, — так пишет биограф последнего. — Макарий Булгаков смело и твердо отстаивал необходимость предоставления нашей духовной школе свободного и правильного развития, в полном соответствии с духом и требованиями того времени» [1543]. Защищавшиеся Макарием принципы, до известной степени либеральные, явились причиной недолговечности изданного 30 мая 1869 г. нового Устава, который уже в 1884 г. был заменен так называемым «антиуставом» [1544].
Этот Устав 1869 г. значительно отличался от Устава 1808 г. и по форме был аналогичен Уставу семинарий. Ранее задача академий состояла в подготовке молодежи духовного звания к занятию высших церковных должностей и преподаванию в семинариях, а также в просвещении духовенства. Новый Устав требовал от академий «давать высшее образование для просвещенного служения Церкви и заботиться о подготовке преподавателей для духовных учебных заведений». На практике особенно серьезное внимание обращалось на первое из этих требований, которое предполагало развитие богословской науки. С изданием Устава 1869 г. во всех областях богословия началась плодотворная работа. Наконец нашли полное признание фундаментальные методы научной критики, до сих пор подавлявшиеся из боязни вольнодумства и духовной самостоятельности ученых. Этой тенденцией Устав обязан своим составителям, в число которых наряду с Макарием Булгаковым входили и люди, хорошо знакомые с западноевропейским богословием, стремившиеся ввести его методы в русских академиях. Умерший в 1919 г. профессор А. Л. Катанский, который окончил академию еще до Устава 1869 г., а свою продлившуюся несколько десятилетий деятельность ученого и преподавателя академии начал уже после его выхода, в своих воспоминаниях так описывает атмосферу возникновения Устава, его прием студентами и профессорами, а также последствия его ограничения реформами 1884 и 1910 гг., т. е. все, чему он сам был свидетелем: «Главным двигателем преобразования был тогдашний обер–прокурор Святейшего Синода (с 1865 г.) граф Д. А. Толстой… Но душою комитета был не председатель (митрополит Арсений Москвин. — Ред.), человек ничем не выдающийся, кроме полного сочувствия делу преобразования, и потому persona grata у графа Д. А. Толстого, а члены комитета, в особенности председатель Духовного учебного комитета протоиерей И. В. Васильев и ректор Петроградской Академии протоиерей И. П. Янышев. Оба они горячо были преданы делу преобразования и являлись прекрасными, весьма сведущими представителями постановки высшего богословского образования на Западе: протоиерей И. В. Васильев — в римско–католическом мире, протоиерей И. П. Янышев — в протестантском… Прочие члены комитета были также в своем роде люди замечательные… Так, трудами упомянутых лиц и выработан был высочайше утвержденный 30 мая 1869 г. Устав духовных академий со всеми его особенностями. Одной из главных была специализация и разделение преподаваемых наук на три группы, или отделения: богословское, церковно–историческое и церковно–практическое… Слабые стороны такого учебного плана скоро были замечены. Это — преобладание небогословских наук пред богословскими в двух по крайней мере отделениях: церковно–историческом и церковно–практическом, недостаток полноты богословского образования студентов… Идея специализации духовно–академического образования носилась, так сказать, в воздухе тогдашнего времени и находила почти общее признание… После введения в действие новый учебный план Устава 1869 г. принес много добрых и ценных плодов. Студенты стали несравненно серьезнее, чем прежде, относиться к изучению наук, в особенности отделенских… Вообще во всех классных занятиях прошла какая–то бодрая, живая струя. Тем досаднее была явная крайность в проведении прекрасного и благодетельного, в сущности, принципа специализации, являлось предчувствие недолговечности нового Устава и сильное опасение возврата к прежнему академическому строю, что потом, к сожалению, и случилось в 1884 г.» [1545]
В новом Уставе предметы были разделены на общеобязательные и отделенские, т. е. изучавшиеся на одном из трех вышеназванных отделений. К общеобязательным относились: 1) Священное Писание; 2) введение в богословие; 3) философия (логика, психология и метафизика); 4) история философии; 5) педагогика; 6) один из древних языков и литература на нем; 7) один из современных языков (французский, немецкий или английский). На богословском отделении изучались: 1) догматика и история догматов; 2) нравственное богословие; 3) сравнительное богословие; 4) патристика; 5) древнееврейский язык; 6) библейская археология. Следующие предметы были специальными на церковно–историческом отделении: 1) библейская история Ветхого и Нового Заветов; 2) всеобщая церковная история; 3) история Русской Церкви; 4) история и обличение русского раскола; 5) всеобщая светская история; 6) русская история. Соответственно на церковно–практическом отделении: 1) пастырское богословие; 2) гомилетика; 3) история проповеди в православной Церкви и на Западе; 4) церковная археология; 5) литургика; 6) церковное право; 7) теоретическое литературоведение и история русской литературы с обзором важнейших произведений зарубежных литератур; 8) русский и другие славянские языки. Устав разрешал с согласия Святейшего Синода вводить дополнительные предметы. Так, например, в Московской Духовной Академии вместо упраздненной кафедры физики и математики профессор Д. Ф. Голубинский (сын протоиерея Ф. А. Голубинского) основал кафедру естественнонаучной апологетики [1546]. Обучение было рассчитано на четыре года. Все перечисленные дисциплины, как общеобязательные, так и входящие в программу отделений, проходились за три учебных года. По успешном окончании третьего курса студенту на основании квалификационной работы присваивалась степень кандидата богословия. На четвертый курс академии допускались лишь получившие отличные оценки на заключительном экзамене третьего курса. На четвертом курсе читались специальные практические лекции и под руководством профессоров студенты готовились к преподавательской деятельности в семинариях. При этом каждый студент мог выбирать интересующие его дисциплины — существенное улучшение сравнительно с прежним положением, когда личные интересы учащихся при выборе сферы преподавания во внимание не принимались. В то же время на четвертом году обучения писалась магистерская диссертация по избранной студентом специальности; после ее публичной защиты студент получал степень магистра богословия. Защита докторской диссертации давала право на ученую степень доктора богословия. Экзамены как по общеобязательным предметам, так и по специальным предметам отделений были устными. Это же правило имело силу и для экстернов, желавших получить академический диплом или ученую степень; представлять магистерскую диссертацию они также имели право не ранее чем через год. При поступлении в академию предъявлялось свидетельство об успешном окончании семинарии или гимназии.