В то время как в обществе спорили о коренных преобразованиях, Святейший Синод предпринял кое–какие мелкие усовершенствования учебных программ. В 1858 г. из программы семинарий была изъята геодезия и сокращено преподавание естествознания. В 1865 г. отменили изучение медицины, естествознания и сельского хозяйства, но повысили требования к знанию древних языков и ввели в учебный план педагогику. Важнейшим из мероприятий Святейшего Синода было учреждение в 1860 г. уже упомянутого Комитета по соображениям о преобразовании духовных училищ под председательством Херсонского архиепископа Димитрия Муретова; членом комитета был также профессор А. В. Горский. В начале 1863 г. комитет представил проекты уставов духовных училищ и семинарий, учебных программ семинарий и инструкции для надзирателей в семинарских общежитиях. Эти проекты были разосланы епархиальным архиереям, академиям и семинариям для обсуждения, которое затянулось до 1866 г. В некоторых местах специально для этой цели были организованы комитеты с участием местного духовенства [1529]. Назначенный в 1866 г. обер–прокурором граф Д. А. Толстой распустил комитет архиепископа Димитрия «за неимением денежных средств», а затем испросил и получил от императора дополнительные ассигнования на нужды духовных школ в размере 1 500 000 руб., добившись при этом высочайшего согласия на создание нового комитета, который собрался 19 марта 1866 г.; перед ним стояла задача ускоренного проведения реформ [1530]. Возглавил комитет Киевский митрополит Арсений Москвин, помощником которого стал Нижегородский епископ Нектарий Надеждин; в остальном комитет состоял из четырех светских и четырех духовных лиц. К последним принадлежал находившийся в дружеских отношениях с обер–прокурором протоиерей И. В. Васильев, выступавший за модернизацию уставов, тогда как Нектарий действовал больше в охранительном духе. Уже к декабрю 1866 г. уставы семинарий и духовных училищ были готовы и отосланы обер–прокурором Д. А. Толстым для просмотра и отзыва митрополиту Филарету. 14 мая 1867 г. представленный Святейшим Синодом проект был утвержден императором. В тот же день император подписал и «Положение об Учебном комитете при Святейшем Синоде», который пришел на смену протасовскому Духовно–учебному управлению [1531].
Это нововведение значительно изменило структуру и круг задач управления духовными учебными заведениями. «Учебный комитет при Святейшем Синоде, — значится в первом параграфе «Положения», — учреждается для обсуждения подлежащих разрешению главного духовного управления вопросов по учебно–педагогической части и для наблюдения посредством ревизий за состоянием сей части в духовно–учебных заведениях». Комитет состоял из президента и девяти духовных и светских членов, из которых шесть являлись постоянными сотрудниками, а три остальных были ревизорами и потому освобождались от участия в заседаниях. Духовных членов назначал Святейший Синод, светские подбирались по рекомендации обер–прокурора. Комитету разрешалось приглашать экспертов с совещательным голосом. Главное отличие от Духовно–учебного управления времен Протасова состояло в том, что деятельность комитета ограничивалась делом образования и воспитания. Инспекции и административная корреспонденция переходили в ведение канцелярии обер–прокурора. Выделены были также хозяйственные и строительные вопросы, переданные в соответствующее подразделение Святейшего Синода. В компетенции комитета оставались: 1) введение новых уставов в духовных учебных заведениях; 2) меры по усовершенствованию этих уставов в случае необходимости; 3) учебные программы, учебные пособия и обработка годовых отчетов, представляемых учебными заведениями; 4) открытие школ для дочерей духовенства; 5) формирование учебных библиотек и издание соответствующих книг. Кроме того, комитет был обязан «обсуждать дела, касающиеся духовного просвещения». Тот факт, что из четырех духовных членов комитета, включая президента, лишь один принадлежал к ученому монашеству, вполне отвечал настроениям в духовенстве и обществе, требовавшим усиленного внимания к приходскому духовенству [1532]. Так, бывший профессор Петербургской Академии Д. И. Ростиславов уже на покое анонимно издал в 1866 г. в Лейпциге книгу «Об устройстве духовных училищ в России», где резко критиковал ученое монашество и его господство в духовной школе [1533]. Свое влияние оказали, очевидно, и многочисленные статьи и материалы аналогичного содержания; в них проявлялся живой интерес общественности к деятельности обоих комитетов — комитета 1866 г. и его предшественника, подготовительная работа которого и обеспечила скорейшее выполнение поставленных задач.
Согласно опубликованным в 1867 г. Уставам духовных училищ и семинарий, так же как и Уставам академий, вступившим в силу в 1869 г., окружные академические управления, которым до тех пор подчинялись семинарии и духовные училища, упразднялись. По вопросам воспитания и обучения в академиях были учреждены специальные советы, вопросы же хозяйственного свойства решались на заседаниях правлений. Семинарии и духовные училища теперь возглавлялись правлениями, состоявшими из представителей преподавательского состава и епархиального духовенства. Учителя и другие должностные лица становились в определенной своей части выборными. Должности ректоров во всех духовных учебных заведениях, включая академии, были отныне открыты и для белого духовенства.
Реформирование духовных училищ и семинарий началось в 1867/1868 учебном году и закончилось в 1871 г. Очередность определялась прежним делением на академические учебные округа. Сперва в 1868 г. были реформированы уездные духовные училища Петербургского и Киевского округов, затем Московского и Казанского. После этого на очереди и в той же последовательности были семинарии (1870–1871) [1534]. Уставы 1867 г. предписывали в каждой епархии открытие такого количества духовных училищ, которое соответствовало местным потребностям. «Духовные училища в каждой епархии под главным управлением Святейшего Синода и ведением епархиального архиерея вверяются ближайшему попечению местного духовенства». Каждая епархия делилась на округа в соответствии с числом училищ. Один представитель духовенства от десяти приходов округа делегировался на происходившие раз или два в год окружные съезды, в которых с правом совещательного голоса могли присутствовать и другие приходские священники округа. К обсуждению на этих съездах допускались любые вопросы, касавшиеся училищ. Кроме того, здесь происходили выборы училищных инспекторов и членов дирекций из духовенства, которые затем утверждались епархиальным архиереем. Помимо таких съездов учебными вопросами ведало правление местной епархиальной семинарии, которое назначало из числа преподавателей семинарии или местного духовенства ревизоров и заботилось об учебных пособиях. Уставы стремились заинтересовать духовных лиц в работе учебных заведений, где их сыновья получали начальное образование, и привлечь к сотрудничеству в общественной и церковной жизни. Большое значение имело право упомянутых съездов обсуждать хозяйственные дела духовных училищ; это в полной мере проявилось, когда только что организованные по инициативе съездов параллельные классы стали получать денежные средства благодаря самообложению приходов и добровольным пожертвованиям. Именно здесь в первую очередь принесли свои плоды начинания 60–х гг. и воодушевление (продолжавшееся, к сожалению, недолго), вызванное у приходского духовенства его включением в общественно–церковную жизнь.
Программа духовных училищ была рассчитана на четыре года. Принимались учащиеся из всех сословий, по окончании училища они имели право поступать не только в семинарии, но и в светские учебные заведения. Во главе духовного училища стояло правление: инспектор, его помощник и два представителя духовенства, избранные на окружном съезде. Инспектор должен был иметь степень не ниже кандидата богословия. В качестве исключения на эту должность допускались также лица, имевшие по меньшей мере шестилетний педагогический стаж или такой же срок священнического служения. Учебная программа включала следующие предметы: библейскую историю Ветхого и Нового Заветов, катехизис, богослужение, церковный устав, русский, церковнославянский, латинский и греческий языки, арифметику, географию, каллиграфию и церковное пение [1535]. Благодаря тому, что в окружные духовные училища принимались ученики из всех сословий, они могли в известной степени компенсировать имевшийся тогда недостаток в светских начальных школах.