Изучение греческого языка в Москве велось сначала в основанной по возвращении братьев Лихудов Греческой школе, которая в 1722–1724 гг. существовала при Синодальной типографии, в 1724–1740 гг. — при Московской Академии, а с 1740 г. снова при Синодальной типографии [1412]. В связи с «греческим проектом» Екатерины II Святейший Синод отдал в 1784 г. распоряжение об углубленном изучении греческого языка в академиях и семинариях. В Харьковской коллегии, кроме того, преподавался и разговорный новогреческий язык [1413]. В Московской Академии греческий язык вместе с древнееврейским учили уже с 1738 г., но академическое начальство не проявляло к этому предмету особого интереса. В учебном плане на 1768 г. греческий язык даже не упомянут [1414], и только митрополит Платон выдвинул его изучение на передний план, организовав с этой целью в 1777 г. в академии два класса — для начинающих и для продолжающих. Когда в 1798 г. Святейший Синод занялся переработкой учебных программ духовных школ, то сделал изучение греческого языка обязательным для всех студентов академий [1415].
Преподавание богословия было обязанностью ректора, но в виде исключения это мог делать и префект. Из пяти руководств по богословию, употреблявшихся в Московской Академии до митрополита Платона, самыми значительными являлись «Scientia sacra» [«Священная наука с позиций богословия» (лат.)] Феофилакта Лопатинского (по курсу лекций 1706–1710 гг.) и «Theologia positiva et polemica» [«Положительное и полемическое богословие» (лат.)] Кирилла Флоринского (по лекциям 1737–1740 гг.). Упомянутые лекции были читаны, естественно, на латинском языке. Богословская система Феофилакта Лопатинского опирается на Фому Аквинского и есть не что иное, как схоластически усовершенствованная и в равной мере томистская киевская система в редакции 1697 и 1701–1703 гг. По поводу Кирилла Флоринского С. К. Смирнов замечает, что у него уже чувствуются слабые попытки более ясного изложения богословия; «сколько, однако, ни старался Флоринский освободить изложение учения богословского от оков схоластики, не мог он совершенно выйти из–под давнего ее влияния». В «Курсе богословия» 1762 г., автором которого, по–видимому, был ректор академии Гавриил Петров (1761–1763), ощущается уже влияние Феофана Прокоповича, «однако остается все же место и для схоластики» [1416]. С появлением учебника, составленного архимандритом Платоном Левшиным на русском языке, начался отход от схоластики и новая эпоха в преподавании богословия.
В Киевской Академии в начале XVIII в. тон задавала схоластико–богословская система Иоасафа Кроковского, которая, как отметил Макарий Булгаков, собственно говоря, представляет собой не систему, а ряд трактатов. Богословская система Феофана Прокоповича, которую он, хотя и не до конца, изложил в своих лекциях 1711–1715 гг. в Киевской Академии, также состояла из семи трактатов, но в противоположность курсам его предшественников носила явные признаки сильного воздействия протестантизма [1417]. Наиболее значительным из преемников Феофана был ректор академии архимандрит Сильвестр Кулябка. Курс лекций, прочитанный им в 1741–1745 гг. и опубликованный также в форме трактатов в 1786 г. под названием «Compendium orthodoxae theologiae doctrinae» [«Краткое изложение православного богословского учения» (лат.)], был, с одной стороны, не свободен от схоластики, но с другой — опирался, как и у Феофана, на сочинения протестантских теологов. Сильное влияние Феофана несомненно в лекциях Георгия Конисского, ректора академии в 1751–1755 гг. Киевский митрополит Арсений Могилянский желал, чтобы богословие преподавали по единому учебнику и рекомендовал в качестве такового сперва (1759) книгу Платона Левшина «Православное учение, или Краткая христианская богословия». Но в 1763 г. он все–таки предпочел систему Феофана Прокоповича, которая с тех пор и стала господствовать в Киевской Академии. Хотя в инструкции ректора академии Самуила Миславского (1761–1768) вместо единого обязательного учебника сделан упор на Библию, патристику, деяния Вселенских и Поместных Соборов, а также «Православное исповедание» Петра Могилы, в то же время Самуил озаботился изданием системы Феофана Прокоповича, которая и вышла в свет в 1782–1784 гг. с дополнениями самого Самуила; в 1804 г. эта книга была переиздана Иринеем Фальковским в сокращенном виде, предназначенном для преподавания в школах.
В Москве богословие Феофана возобладало благодаря курсу Феофилакта Горского, читанному в 1769–1774 гг., который, кроме того, опирался на протестантских теологов Буддея (Buddeus) и Шуберта (Schubert). В 1784 г. были опубликованы лекции Горского «Orthodoxae Orientalis Ecclesiae dogmata, seu Doctrina christiana de credendis et agendis» [«Догматы православной Восточной Церкви, или Христианское учение о том, во что верить и как поступать» (лат.)], которые оставались классическим учебником по богословию как для Московской Академии вплоть до начала XIX в., так и долгое время — для духовных семинарий [1418].
Протестантствующее богословие Феофана Прокоповича и его последователей царило не только в академии, но и в семинариях. С ним началось, по замечанию Г. Флоровского, «господство школьно–протестантской схоластики» [1419]. В Коломенской семинарии оно было введено Иакинфом Карпинским, в Казанской семинарии, а позднее и в Казанской Академии — Сильвестром Лебединским. В начале 90–х гг. систему Феофана изучали в Полтавской семинарии, по трехтомному изданию Самуила Миславского, а также в Харьковской, где ее внедрил сам Миславский. Ректор же Александро–Невской семинарии Иннокентий в 1797–1798 гг. в своих лекциях по догматике предпочитал протестантского теолога Турретини (Turretini) [1420].
Само собой разумеется, что в Московской Академии наряду с учебником Феофилакта Горского в то время, когда там преподавал Платон Левшин, пользовались также и его книгой. В своей истории академии С. К. Смирнов особо подчеркивает обстоятельство, что Платон порвал со схоластической традицией в преподавании: «Его «Христианская богословия», хотя по цели, с которою написана, походит более на катехизические беседы, нежели на систему богословскую, тем не менее была отрадным явлением для школы, поколику способствовала окончательному падению схоластики. У него богословие отказывается от своих старых форм и вместо беспорядочного сбора вопросов, тезисов, доказательств, определений и разделений представляет стройное, удобопонятное для всякого изложение учения откровенного. Новостию было и то, что богословие Платона написано было на русском языке» [1421]. Впрочем, начиная с 1802 г. классическим руководством была признана книга ректора Киевской Академии (1803–1804) Иринея Фальковского «Theologiae christianae compendium» [«Христианское богословие в кратком изложении» (лат.)], которая представляла собой сокращенное изложение протестантствующей системы Феофана Прокоповича, что до некоторой степени отодвинуло в тень труд Платона Левшина [1422].
Преподавание философии, наиболее важной после богословия дисциплины, в Киевской Академии до 1752 г. строилось в форме схоластического толкования Аристотеля с использованием старых записок Иоасафа Кроковского. Позднее, в инструкции Самуила Миславского от 1764 г., в качестве обязательной основы философских курсов объявлялись уже упомянутые сочинения протестанта Баумайстера, которые, между прочим, в 1777 г. были переизданы и в Москве. Баумайстер был вольфианцем, и киевский генерал–губернатор Глебов верно доносил императрице, что философии «в сей академии обучают по системе вольфиянской». Это направление удержалось в Киеве вплоть до реформы 1808–1814 гг. [1423]