Как только встали к причалу, на судне появился советский консул Тихонов. Ходили слухи, что он подкупил лодочника, который подвез его ночью и скрытно высадил. Тихонов обошел русских и передал команду уничтожить все документы, партийные и комсомольские билеты, чтобы при обыске они не попали в руки японцам. Заключенным он велел представляться рабочими «Дальрыбопродукта»: мол, при пересуде им это зачтется. При высадке японцы обыскивали спасенных, но очевидцы вспоминают, что это делалось не очень тщательно.

Разместили всех в красивом здании. Японцы, проявляя заботу о жертвах кораблекрушения, прислали врачей, представителей Красного Креста. Приходило много делегаций. Когда жители узнали, что среди спасенных есть дети, стали приносить им одежду, обувь, игрушки. «Японские женщины тянулись к малышам, — вспоминал очевидец. — Со стороны смотришь — словно это ее ребенок, родной. Целые сутки готовы были детей носить на руках. Многие сфотографировались с нашими ребятишками». Японцы потребовали составить список всех спасенных. По данным японских газет того времени и другим материалам, из общего количества людей, находившихся на борту «Индигирки», удалось спасти 428 человек, в том числе 35 членов команды. Погибли 745 человек, включая четырех из судоэкипажа.

Японцы предложили русским побывать в городе, но советский консул Тихонов отсоветовал: мол, всякое может быть. «Однажды он нам показал на полицейских, играющих в карты, и предупредил: «Вы меньше язык распускайте, они все понимают, а по-русски лучше вас говорят». После этого нас как парализовало. Люди даже к двери, что на улицу вела, перестали подходить. Однажды Тихонов нам сказал: «Скоро вас на допросы будут вызывать, говорите, что ничего не знаете. Станут папиросу предлагать — не берите. Отпечатки пальцев останутся, потом неприятности будут». И еще он сказал, что мы счастливо отделались. Вот месяц назад в связи с хасанскими событиями японцы наш пароход арестовали, тоже с рабочими с промыслов, так целый месяц их в тюрьме продержали. И вот как-то после обеда меня вызывают на допрос. Я зашел в комнату. Там было два человека. Японец, сидевший за столом, приветливо привстал, поклонился и предложил сесть. Говорил по-русски чисто, без акцента. Подал мне коробочку с папиросами. Я вспомнил нашего консула и говорю: «Не курю». И действительно, я в жизни никогда не курил. Японец меня спрашивает, что писали наши газеты о событиях на границе у Хасана. Отвечаю, что все это время был на рыбозаводе, а на рыбалку газеты не привозили. Спрашивали меня, знаю ли я грамоту, служил ли в армии, интересовались, какой глубины речка Тауй, есть ли на ней пирсы. На все отвечал: неграмотен, не служил, на реке никогда не был».

Наконец, в Отару пришел пароход «Ильич», чтобы забрать спасенных и прах погибших. Японцы пояснили, что еще не всех кремировали, и они не могут вручить урны с прахом для родственников. Всех посадили в автобусы, и большой колонной медленно проехали по улицам города. Русские во все глаза смотрели по сторонам: только сейчас они увидели Японию. В витринах магазинов были выставлены мясные туши, окорока, колбасы, разные фрукты. Потом на «Ильиче» один из работников торгпредства высказал мнение, что японцы специально устроили такую выставку. Сами они жили впроголодь, рис по крупинкам делили, а продукты из Токио привезли, чтобы русских ввести в заблуждение насчет истинного положения дел в стране. Так ли это было на самом деле, сказать трудно, но в спасении пассажиров и экипажа «Индигирки» японцы проявили самые лучшие качества: сострадание, великодушие, готовность помочь.

На «Ильиче» спасенных доставили на родину. 26 декабря 1939 г. пароход прошел остров Аскольд, где его встретил небольшой ледокол «Казак Поярков». С него на борт «Ильича» перешли несколько командиров НКВД и около пятидесяти солдат. Пассажиров «Индигирки» загнали в трюм, поставили часовых. К причалу Владивостока судно встало в полночь. У сходивших на берег не было ни документов, ни денег. Как вспоминали очевидцы, ущерб потерпевшим так и не возместили. Не было им и доверия со стороны НКВД: подозревали, что японцы могли завербовать кое-кого из спасенных в шпионы. Ходили слухи, что дети, которых спасли, вскоре все умерли: сказались переохлаждение и нервное напряжение.

15 января 1940 г. арестовали Н. Л. Лапшина и В. Л. Песковского, а 13 февраля — Т. М. Крищенко и И. П. Копичинского. Лапшин и Копичинский признали себя виновными полностью, Песковский и Крищенко — частично. Дело рассматривал военный прокурор. Причиной катастрофы назвали непрофессионализм капитана Лапшина, ранее работавшего в совершенно ином навигационном районе. Согласно протоколу, незнание района плавания капитаном Лапшиным подтверждается тем, что он вышел в рейс в ненавигационный период с двумя штурманами, причем, когда старший штурман ушел с судна до выхода в рейс, Лапшин возложил его обязанности не на второго помощника Песковского, а на третьего помощника Крищенко, вчерашнего матроса, только что закончившего краткосрочные курсы штурманов малого плавания. Кроме того, не открыв поворотный маяк «Анива», то есть не зная точку поворота, не определив изобату, капитан проложил курс на пролив. Наконец, при ограниченной видимости и проходящих зарядах снежной пурги он допустил, что увиденные всполохи огня — это маяк Камня Опасности. В итоге Лапшина приговорили к высшей мере наказания, Копичинский и Песковский получили по 10 лет исправительно-трудовых лагерей и Крищенко — пять лет.

Безусловно, в причинах крупнейшей на Дальнем Востоке аварии нужно винить сталинский режим. Но и на членах экипажа «Индигирки» лежит вина за гибель огромного числа пассажиров: они попросту сбежали с судна, оставив на нем гибнущих людей. Из экипажа погибли четверо — те, кто в панике первыми покинули судно. Никаких официальных сообщений о гибели «Индигирки» не последовало ни в СССР, ни в Японии: судно принадлежало Советскому Союзу, который воспринимался в Японии как враждебная страна. Японцы передали советским властям прах всех погибших. Остается только догадываться о том, что было дальше. Вероятней всего, прах захоронили в братской могиле на Морском кладбище Владивостока, но никаких свидетельств этого пока не найдено.

Епископ Сергий оказался достойным преемником владыки Николая. В совершенстве овладев японским языком, он провел и первую реорганизацию православной миссии. Среди японцев русские находили немало настоящих друзей, искренне им помогавших. Много их было среди православных японцев. Особую роль играл протоирей Токийского собора о. Семен Мий. Н. П. Матвеев так вспоминал о нем: «В настоящее время пребывающие здесь русские эмигранты хорошо познакомились со страною, освоились с языком и могут, — по крайней мере, большинство из них, — обходиться своими средствами в разных случаях жизни. Не то, конечно, было в начале пребывания здесь… Они не могли вести никаких дел, даже самых маленьких, без посредников, причем платить за услуги большинство эмигрантов, по бедности, не могло. И вот, с самых первых шагов в Ниппоне, им шли на помощь друзья-ниппонцы, среди которых сразу же выделился С. С. Мии, который неизменно шел на помощь эмигрантам». Русские эмигранты обращались через митрополита Сергия к верховным иерархам с ходатайством дать японскому священнику сан епископа. Отец Мии отказался от этого предложения по причине возраста: ему уже было около 80 лет.

Огромный урон имуществу Японской православной миссии нанесло знаменитое землетрясение 1 сентября 1923 г. От Вознесенского собора остались одни стены, а колокольня переломилась пополам и упала. Оба здания миссии вместе с библиотекой, находившейся рядом, сгорели. Отец Сергий не отчаялся и собрал экстренный Собор, на котором было решено сдать в аренду участок земли со зданием семинарии и женским духовным училищем. Земельный участок в Мацуяме, на котором стояла Свято-Николаевская церковь, был продан за 15 тысяч иен. В этом городе православных не было, и церковь, построенную в 1906 г. в память умерших там военнопленных, перевезли в Токио и установили в ограде собора. Тогда же отстроили и архиерейский дом. Весной 1925 г. Министерство иностранных дел Японии выделило на восстановление миссии 15 тысяч иен, на которые отремонтировали библиотеку, где разместили сохранившиеся 3000 книг. Восстановительные работы начались в конце 1920-х гг. Руководил ими японский мастер Синъитиро Окада. Он стремился доподлинно следовать плану архитектора Щурупова, тем не менее внес некоторые коррективы в проект: несколько изменил купол, колокольню и часть интерьера.