В своем путешествии цесаревич Николай и его спутники совершенно не замечали другой Японии, которая всячески сопротивлялась иностранному влиянию. Именно Киото, где под буддистским влиянием нормой поведения стали суровое воздержание и аскетические взгляды, был одним из очагом противодействия чужеземцам. Все началось после прогулки на маленьком пароходике по озеру Бива, когда гости отправились к губернатору завтракать. Николай Александрович был очень доволен оказанной ему встречей и благодарил губернатора. При возвращении в Киото впереди шел местный полицмейстер, затем церемониймейстер, а уже за ними на джинерикше ехал цесаревич. Тележку тащил один возница, а двое сзади подталкивали. Внезапно из толпы, собравшейся вдоль дороги, выскочил японец и, обнажив саблю, нанес удар по голове цесаревича, но промахнулся. Тот же, обернувшись и увидев, что японец замахивается второй раз, выскочил из коляски. В то же мгновение принц Георгий, сопровождавший наследника, соскочил со своей коляски и ударил нападавшего сзади бамбуковой тросточкой. Подскочивший возница принца Георгия, увидев, что злодей выронил саблю при падении, поднял ее и ударил по шее и спине.

Первыми словами цесаревича Николая были: «Это ничего, только бы японцы не подумали, что это происшествие может чем-либо изменить мои чувства к ним и признательность мою за их радушие». Наследник престола, похоже, нисколько не пострадал и отказался от какой-либо помощи.

30 апреля (12 мая) в 11 часов вечера его навестил император Японии, которого встретил посланник Д. Е. Шевич. Император был крайне взволнован, его голос дрожал. Он заявил, что не оставит Николая, пока тот не выздоровеет. На следующий день они встретились в гостинице и говорили 20 минут. Микадо сам отвез Николая на «Память Азова». 4 (16) мая пришла телеграмма из России: царь приказал Николаю следовать во Владивосток. Отход назначили на 7 (19) мая. Император прибыл на корабль проводить гостей. Все были в японских орденах, включая Николая. Распрощались очень дружно.

Японцы выяснили, что нападавшим был Цудо Санцо, но долго обсуждали, что же могло послужить причиной инцидента, отзвуки которого ощущались много лет спустя. Современники отмечали: «С одной стороны, допустить, чтобы мотивом преступления явилась ненависть к русским, — положительно невозможно уже потому, что подобной ненависти в Японии не существует. Россия никогда не делала вреда Японии, не пользовалась ее некоторой финансовой расточительностью для своих выгод, а, напротив, всегда бескорыстно поддерживает ее законные требования. Русские, можно смело сказать, менее всех вызывают недовольство японцев, во-первых, по своей малочисленности, а также и по особенным качествам, отличающим их от других наций. Например, моряки наши в высшей степени популярны в японских портах, потому что они щедры и обходительны с туземцами. Надо прибавить, что за исключением некоторых весьма редких газетных статей, ни одна местная газета, в общем, не отнеслась к ожидаемому событию приезда Его императорского высочества Наследника цесаревича иначе, как вполне сочувственно».

Тем не менее непонимание русских и даже ненависть к ним внушалось японцам задолго до события в Оцу. В свое время японцы отказались пожать Николаю Резанову руку не только в силу разных обычаев, но из-за неприятия самих идей соседства. Изоляция была естественной реакцией на чуждый мир христианства, который, по мнению японцев, мог нести опасность. Цудо Санцо глубоко ненавидел чужеземцев, хотя ему и пришлось восемь лет служить в полиции и охранять иностранцев. Скорей всего, преступника привели в негодование восторженная встреча заморского гостя.

Таким образом, Япония оказалась перед лицом скандального дипломатического провала. Возникла угроза и для безопасности страны, бывшей тогда практически беспомощной. Ведь семи российским военным кораблям, сопровождавшим престолонаследника, ничего не стоило уничтожить весь японский флот. О гневе русских говорило, например, то, что они отказались от услуг японских врачей, направленных императором для оказания помощи цесаревичу, хотя рана была пустяковой.

Для Востока же характерно подчеркнутое уважение к гостю. Поэтому и не удивительно, что многие в Японии негодовали. Министерство двора Японии отметило, что пришло около 24 тысяч писем с соболезнованиями, а из Осаки вышли три парохода с подарками. Сам император поспешил в Киото, посетил наследника в гостинице, а затем проводил его до Кобе и даже поднялся на борт русского корабля. Это был совершенно беспрецедентный поступок. По сведениям некоторых японских исследователей, император намеревался ехать в Санкт-Петербург, чтобы лично принести извинения российскому императору, но его отговорили: это было бы нарушением традиции, согласно которой японский император никогда не покидает своей страны.

На рейде Нагасаки можно было видеть множество кораблей. «Пристань в Нагасаки весьма оживлена, — писал путешественник А. Виноградов. — Приезжающих сразу поражало, что простые лодочники или дженирикши были весьма вежливы и за скромные деньги могли доставить в любую точку Нагасаки. Первую минуту езда на людях неприятно поражала европейцев, но они быстро свыкались, а некоторые даже покрикивали на возчиков. В европейской части имелись тротуары и электричество, в японской дороги посыпаны мелким щебнем и утрамбованы, а вечером освещались керосинками. Дома деревянные и глинобитные. Крыши черепичные или металлические. Во многих домах сады, где имелись изысканные клумбы с цветами, а также фруктовые растения: сливы, апельсины и лимоны.

Чуть ли не в каждом доме имелась лавка или мастерская. Бродячие торговцы оживленно сновали по всем улицам, предлагая нехитрый товар, но здесь не было той сутолоки и суеты, типичной для китайских кварталов. Получается такое впечатление, будто всех этих людей выгнала на улицу не нужда, не борьба за существование, а какое-нибудь торжество. Вся толпа празднично настроена, нет ни одного лица, на котором не было бы добродушной улыбки. Если же иногда и услышишь грубый голос, то можно быть уверенным, что это голос европейца. Японец ни при каких условиях не выдаст себя, он сумеет всегда подавить свои чувства и остаться джентльменом. Пьяных японцев нельзя встретить на улицах, как нельзя увидеть здесь безобразной пошлости и приставаний продажных женщин, как, например, в Порт-Саиде и других портовых городах. Японец свободолюбив, но эта любовь к свободе не переходит у него известных границ. Он пользуется свободой настолько, насколько она не стесняет свободы других. Сознавая свое собственное человеческое достоинство, он уважает это достоинство и в других».

Командиры иностранных судов не особенно стремились уйти на берег: в середине 1880-х гг. роскоши и комфорта в Шанхае или Гонконге было значительно больше, чем в Нагасаки. Представители разных флотов арендовали на берегу небольшие участки, где можно было провести своими силами необходимый ремонт судового оборудования. Хотя в морских кругах России неоднократно поднимался вопрос, что стоянка в Нагасаки изжила себя, тем не менее русские корабли продолжали заходить в полюбившуюся гавань. В конце XIX века все чаще и чаще рядом с военными кораблями вставали на якорь огромные суда Добровольного флота «Петербург», «Москва», «Нижний Новгород» и др., а также суда Русского общества пароходства и торговли.

Агентство Добровольного флота в Нагасаки открылось летом 1896 г., заведовать им поручили Николаю Грею (Nicholas Gray), который разместил свою контору в доме № 47 в Оуре. В декабре 1902 г. Грея сменил Моисей Акимович Гинсбург, глава компании «М. Ginsburg & Со.», предложивший более выгодные условия. Братья Гинсбурги поселились в Японии в 1893 г. Старший, Моисей, жил в Йокогаме и занимался снабжением судов, а младший торговал произведениями искусства, вывозя их из Нагасаки.