После Д. Е. Шевича российским посланником в Японии назначили Михаила Александровича Хитрово, весьма образованного дипломата, но на своем посту он пробыл недолго. Следующие посланники — Алексей Николаевич Шпейер и заменившие его барон Роман Романович Розен и Александр Петрович Извольский — не имели особенных успехов в Токио.

Россия впервые за много лет открыто проявила явное неодобрение действиями японского правительства в период войны Японии с Китаем и после ее окончания. Розен, прибывший в Японию в середине апреля 1903 г., сразу столкнулся с откровенным недоброжелательством. Требовалось как-то сгладить возникшую напряженность, и присутствие на Дальнем Востоке члена императорской фамилии великого князя Кирилла Владимировича, племянника Александра III, пришлось как нельзя кстати. По словам Розена, «визит великого князя имел большой успех». Кирилл Владимирович посетил императора Мэйдзи, что в Японии восприняли как акт доброй воли русского двора, а также проехал по стране, осматривая различные достопримечательности. Кирилл Владимирович был очарован Японией и не скрывал этого. Он поменял свое отношение к японцам, находясь на мостике флагманского броненосца «Петропавловск» в тот самый момент, когда корабль подорвался на японской мине. Великий князь был тогда ранен и контужен.

Накануне Русско-японской войны газетные публикации носили противоречивый характер. Так, одна токийская газета сообщала, «что слухи о широких приготовлениях Японии к войне лишены основания». Другая же была настроена радикально: «Если не мир, то Маньчжурия покроется дымом орудий, а Корейский пролив — будет бушевать высокими волнами, окрашенными кровью…» «Выяснив направление России, нам не следует много говорить о том, что Япония для сохранения восточного мира и для самозащиты обязана выгнать Россию на северный край Азии». Япония давно хотела превратить в жизнь идею «Азия для азиатов». По мнению японцев, только азиатская страна имела право устанавливать порядок в этом регионе.

В обзорах российских газет отмечалось, что «каждая газета старалась одна перед другой пощеголять своими свежими новостями о том, что война неминуема, что война единственное удовлетворение оскорбленного национального чувства, что война уже объявлена, что войска посланы, что флот уже имел стычку и так дальше». Порой дело доходило до курьезов. Крейсер «Аскольд» с российским посланником однажды зашел в Кобе, где участвовал в маневрах. Согласно обычаю, был поднят японский флаг, но сильный ветер тут же закрутил его вокруг штока. Не разглядев своего стяга, японские газеты обрушили на русских моряков свое негодование.

В России обстановка была гораздо спокойнее. Власти почти не замечали воинственности соседей, а обыватель продолжал ездить на японские термальные источники. Правда, попытка Владивостокского отделения Туринг-клуба организовать поездку учащихся по всей Японии сорвалась: не удалось преодолеть все формальности. Жаловались дальневосточники и на трудности получения заграничных паспортов.

Почему Япония избрала первой целью Россию, а не США, Германию или другую европейскую страну, имевшую колонии в Азии? Причин этому было много, как дипломатических, так и экономических. Немаловажным фактором явилось то, что Россия была ближайшим соседом Японии. Как справедливо полагали японцы, они хорошо знали как сильные, так и слабые стороны России.

Японские офицеры и дипломаты тщательно анализировали ситуацию в Российской империи, а японские разведчики постоянно курсировали между С.-Петербургом и Владивостоком. Продолжая восхищаться японской культурой, русские меньше всего задумывались о военном потенциале Японии. Настоящих знатоков Японии можно было пересчитать по пальцам одной руки. В России даже не было хороших переводчиков японского языка: в Восточном институте во Владивостоке только готовился первый выпуск японистов. В лучшем случае в России бытовала идея «шапкозакидательства», несмотря на то, что Дальний Восток России оставался экономически отсталым регионом. Расплата за политическую близорукость не заставила себя долго ждать.

В дневнике владыки Николая появились следующие строки: «До сих пор я не верил этому, но в последнее время сама собой как-то поселилась в душе мысль, что война эта почти неизбежна. Японцы, конечно, не могут простить нам Порт-Артура; а тут еще неисполнение нами обещания вывести войска из Маньчжурии, главное же — зуд японцев подраться с великою европейскою державою, чтобы уж окончательно получить диплом на звание великой азиатской державы».

Первые дни 1904 г. выдались солнечными и тихими. Газета «Владивосток» писала 4 января 1904 г.: «Новогодние визиты продолжаются у туземцев дня три подряд, тогда как европейцы заканчивают свои в первый день. Новый год — это почти единственный праздник у японцев, который они празднуют особенно торжественно и поголовно. В этот день масса напивается до «еле можаху». В каждом доме установлен во дворе или в приемной убранный столик с урной, в которую кладут свои карточки визитеры. Интересно наблюдать разряженных в свои вицмундиры аборигенов, когда они гуськом разносят свои карточки. Обыкновенно каждый запасается целыми сотнями и должен лично их разнести».

Правда, в то время, когда оживленные японцы стремились поздравить как можно больше родных и знакомых, среди русской общины, живущей все еще по старому стилю, наблюдалось противоположное: все чего-то ждали, прикрывая тревогу напускной веселостью. Еще до начала военных действий в Нагасаки были задержаны русские пароходы. Первой арестовали «Шилку», которая пришла сюда 6 февраля для ремонта. Ее встретили прямо на рейде. Потом арестовали «Маньчжурию», стоявшую в ремонте у стенки механического завода, затем настал черед парохода «Мукден». Русские газеты того времени отметили: «Такой неожиданный арест произвел страшный переполох в русской колонии, а также и среди некоторых европейцев. Многие бегут в Шанхай, как ближайший нейтральный порт. Все удивлены таким поведением Японского правительства: судя по газетным сообщениям, на субботу, т. е. 6-го, был назначен последний срок для ожидания ответа России на японский ультиматум, и только тогда ожидали объявления войны, в случае неудовлетворительного ответа, а тут как снег на голову…»

Впоследствии поражение в Русско-японской войне стало одним из решающих факторов при решении руководства СССР взять реванш во время Второй мировой войны.

В течение Русско-японской войны, когда интересы российских граждан в Нагасаки представляли французские дипломаты, русские вновь оказались в этом городе, но уже не по своей воле. Японские власти, учитывая многолетнюю историю русского пребывания в Нагасаки, решили сделать его одним из центров размещения военнопленных. Инаса вновь вернулась к жизни: через нее прокатились волны русских солдат и моряков, попавших в плен. С каждым месяцем их становилось все больше и больше по мере того, как война катилась к бесславному для России концу. Вместо тюрем и лагерей русских воинов размещали в японских семьях, беспрецедентный случай в военной истории. Им разрешались передвижения по городу, а по вечерам местные торговцы устанавливали в саду у храма Госиндзи для их развлечения киоски и маленькие тиры. Нелегкую жизнь военнопленных скрашивали священники из 4-й Восточно-Сибирской дивизии из Порт-Артура, которые добровольно пошли в японский плен.

В период Русско-японской войны и первые послевоенные годы в ряде японских городов возникли новые центры русского издательского дела, и масштабы распространения печатной продукции на русском языке резко расширились. Десятки тысяч наших военнопленных получали книги, брошюры и периодические издания благодаря представителям православной церкви, русской общественности, царствующей династии (императрица Александра Федоровна), социал-демократам и социалистам-революционерам. Практически все очаги вольного русского слова в Японии были связаны с деятельностью Н. К. Русселя-Судзиловского. Он являлся основным организатором и инициатором выпуска и распространения бесцензурных русских изданий в Нагасаки, Кобе, лагере военнопленных Хамадера близ Осаки и других местах.