Пароход наскочил на скалу Морской Лев, находящуюся в 1500 м от побережья у поселка Саруфуцу в округе Соя на острове Хоккайдо. Получив пробоину, судно до двадцати минут находилось на плаву, затем сдрейфовало около одной мили на зюйд-вест, получило ряд сильных ударов правым бортом о подводные камни и начало быстро крениться. Рулевая, штурманская и радиорубка сорвались и ушли в море. Вода сорвала с кормового трюма доски и брезент, которыми он был закрыт. При крене 70 градусов сильными накатами волн была смыта группа пассажиров, находившихся на верхней палубе. Каждая волна уносила за борт десятки кричавших от ужаса людей. Многие от страха лишались рассудка, цеплялись друг за друга и гибли в пучине. Огромная пробоина образовалась в носовой части — как раз том месте, где располагался трюм № 1 с заключенными. Лапшин отдал распоряжение вывести всех людей из трюмов, но стрелок у трюма открыл стрельбу по выходящим. Позднее сказали, что он застрелился. В трюме № 4 бывшие заключенные загородили вход на трап и начали грабить пассажиров.

В 2.50 «Индигирка» окончательно легла на грунт правым бортом, углубившись в воду на 9 метров и возвышаясь над уровнем моря на 4 метра. В момент первого удара о подводные камни по радио был передан сигнал SOS, но никаких судов вблизи не оказалось, и немедленной помощи никто оказать не мог. Желая спасти судно и людей, капитан хотел выброситься ближе к берегу, но машина ходу не дала: как позднее обнаружилось, винт заклинило в рулевой раме. Радисту было дано распоряжение о повторном сигнале SOS. На него ответили пароход «Маныч», японская станция и какой-то японский пароход. В панике капитан не успел взять карту и журнал, так как пробраться в рубку при таком большом крене было невозможно.

Из-за густого снега нельзя было разглядеть ничего вокруг. Матросы все же смогли отвязать и спустить на воду шлюпку. Одним из первых в нее спрыгнул начальник охраны. Тут отпустили концы, и шлюпка скрылась… После этого судно легло на правый борт, и вода не доходила до комингса трюмов на фут — полтора, но оставшиеся там люди не могли выбраться наружу: их разбивало зыбью о борт. Впоследствии все же удалось отловить и вытащить на борт несколько человек. Пассажиры, охваченные паникой, при отсутствии каких-либо спасательных принадлежностей, бросились из трюмов на палубу, метались там и падали за борт при усилении крена.

В спущенную на воду шлюпку правого борта уселись восемь членов команды, причем четверо — самовольно, и два пассажира. Они перерезали фалини, и шлюпка отошла от борта. Из них остались живы лишь пятеро: четверо из команды и один пассажир. С трудом выбравшись на сушу, они заметили огонь в домишке, стоявшем прямо на берегу, туда и постучали. Таким образом рыбак Дзин Гэнъитиро стал первым, кто узнал об этой аварии. При виде продрогших иностранцев он понял, что в море произошла какая-то авария, и разбудил своего младшего брата Дзина Гэндзо, который жил по соседству. Правда, тот совсем по-другому истолковал появление чужеземцев, решив, что это советские войска высадились на остров, и быстро облачился в форму матроса спасательной службы. Реакцию японца можно понять: после конфликта на Халхин-Голе японо-советские отношения серьезно осложнились.

Начальник полицейского участка в г. Вакканай полицейский инспектор Такэиси Исаму, получив сообщение об аварии от Дзина Гэндзо, приказал судам «Сосуй-мару» (25 тонн) из спасательного отряда «Кита-Нихон» и «Саньё-мару» (2100 тонн) заняться спасательными работами. На борт зафрахтованного армией судна «Сосуй-мару» поднялся и майор инженерно-строительных войск Танабэ Риити, начальник отделения штаба по строительству оборонных сооружений в округе Соя. Он узнал по телефону от местного отделения губернского управления в Соя, что советское судно потерпело аварию в море в районе Хамаонисибецу и поселка Саруфуцу и просит о помощи. «Сосуй-мару» вышло из порта Вакканай к месту аварии, но из-за сильного шторма не смогло обогнуть мыс Соя и вынуждено было, вернувшись в Вакканай, дожидаться хорошей погоды.

Пока разворачивались работы по спасению «Индигирки», пятеро иностранцев, дрожа от холода, сидели в доме японского рыбака вокруг печки, которая не могла их согреть. Необходимо было согреться изнутри, и Дзин Гэнъитиро налил им крепкой водки-сётю, после чего люди стали мало-помалу приходить в себя.

К вечеру 12-го ветер стих, немного распогодилось, и с «Индигирки» увидели берег и людей, которые махали руками. Один из моряков стал подавать сигналы флажками. С берега ответили. Люди насторожились, не зная, чего ожидать. Моряк успокоил их, сказал, что идет спасение. Все повеселели, хотя основательно замерзли. На другой день, 13 декабря, волнение немного успокоилось, и Танабэ Риити приказал капитану судна «Сосуй-мару» Домо-ну Мицуо вывести его в море, не дожидаясь рассвета. Он брал на себя всю ответственность за безопасность судна и готов был сделать себе харакири в случае аварии.

В шесть утра на тонущем пароходе заметили огонек, который с каждой минутой делался ярче. Все в один голос зашумели: «Идет спасение!» Когда рассвело, увидели две шхуны, которые бросили якорь метрах в двадцати от «Индигирки» и стали задним ходом приближаться к пароходу. Сильная зыбь приподнимала их высоко над палубой. Кинули выброску, завели канаты. Объявили, что в первую очередь будут снимать женщин и детей, но в дальнейшем от этого отказались, ссылаясь на зыбь и на скорый приход другого бота. Какая это была мучительная погрузка! Обвязанных веревками людей приходилось по нескольку раз передавать туда и обратно, подгадывая удобный момент, чтобы спасенных не раздавило бортами.

Чуть позже подошел японский пароход «Карафуто-мару», вставший на якорь в одной миле от «Индигирки». Вместе с моторным спасательным ботом, подошедшим следом, они начали снимать людей. На двух шлюпках их переправляли на берег. Капитан велел радисту сообщить о крушении во Владивосток или Нагаево, что ему не разрешили. Команда сошла последней, но в трюмах еще оставалось около двухсот человек. Они не могли проникнуть наверх, т. к. судно лежало на борту и люки были залиты водой. Оказать им помощь можно было, только разрезав автогеном борт.

Капитан Лапшин тоже покинул свое судно и перешел на борт «Карафуто-мару», невзирая на то, что в трюмах погибшего судна, которым он командовал, оставались люди. Он даже не счел нужным предупредить их, что наверху известно об их существовании и что им будет оказана помощь. Просидев в беспомощном состоянии четверо суток, многие сделали вывод, что о них не знают. Из-за этого были случаи самоубийства: люди топились или перерезали вены.

В результате отчаянных усилий, прилагаемых японцами, с «Индигирки» сняли 311 человек. Их переправили на японский пароход, и вечером 13 декабря он пришел в порт Вакканай. Там капитан заявил агенту парохода «Карафуто-мару» и начальнику портовой полиции, что необходимо немедленно послать на «Индигирку» моторный бот с автогенным аппаратом для спасения оставшихся людей. Японцы пообещали сделать это утром 14 декабря, но шторм продолжался, и помощь ушла только через два дня. В корпусе судна было проломано отверстие, через него помогли выбраться 28 пассажирам, у которых оставались силы ухватиться за спускаемые японцами концы. Слабосильные и больные, не способные удержаться, были обречены на гибель. Но и из 28 спасенных один вскоре умер. До четвертого трюма так и не добрались…

Как пример бесстрашия японцев можно назвать поступок Дзина Гэндзо, Сато Коитиро и их товарищей. В одних набедренных повязках (фундоси), обвязав головы жгутом из полотенца (хатимаки), они добрались по ледяному и бурному морю до «Индигирки» на лодках. Разбив иллюминатор и проникнув через него в трюм, они спасли трех человек. Их выхаживали у Хосоя Дзинъси-ро, председателя рыбопромышленного кооператива, затем из порта Тирайбэцу спасенных доставили в порт Эсаси на судне «Рюхо-мару». Остальных 25 человек, которые были спасены в тот же день судами «Сосуй-мару» и «Саньё-мару», привезли в порт Эсаси. Там им оказали медицинскую помощь, после чего отправили по суше в Отару, куда на судне «Карафуто-мару» были доставлены и 402 человека, спасенных в первые дни.