Усердием первых представителей династии Романовых – царей Михаила, Алексия и Феодора – в середине XVII века монастырь был полностью восстановлен, наделен вотчинами и абсолютно освобожден от податей в казну. Патриарх Никон, когда в 1656 году показывал обитель антиохийскому патриарху, заметил, что во всей России не найдется монастыря богаче, чем этот. Периодом наибольшего расцвета стали для Новодевичьей обители годы правления царевны Софьи Алексеевны (1682–1689). Именно при Софье сложился уникальный, не похожий ни на какой другой архитектурный ансамбль, который и по сию пору изумляет гармонией пропорций, восхищает разнообразием форм и изысканностью убранства.
По повелению царевны стены обители были значительно укреплены, расширены и украшены зубцами, а двенадцать сторожевых башен увенчались изящными декоративными навершиями в виде корон. Четыре угловые башни были круглыми: Напрудная, Никольская, Чеботарная, Сетуньская, а остальные восемь – четырехугольными: Лопухинская, Царицынская, Иоасафовская, Швальная, Покровская, Предтеченская, Затрапезная и Саввинская.
Над северными и южными вратами выросли церкви Преображения Господня и Покрова Божией Матери с прилегающими к ним парадными постройками дворцового типа. Эти двух– и трехэтажные постройки предназначались для царевен Екатерины и Марии. Вдоль северной стены были построены просторные каменные кельи для монахинь-«крылошанок», которые получили название Певческого корпуса. Пятиярусный иконостас Смоленского собора был украшен роскошной сквозной резьбой с позолотой. Эта потрясающая резьба была выполнена мастерами Оружейной палаты.
Наряду с надвратными храмами была сооружена обширная трапезная палата с Успенской церковью (1685–1687), на ее втором этаже располагался небольшой храм Сошествия Святого Духа. В последний год правления Софьи была построена семидесятидвухметровая колокольня. Она стала главной композиционной вертикалью архитектурного ансамбля монастыря. В основании колокольни находилась Иоасафовская церковь, которая соединялась с покоями царевны Евдокии Алексеевны, на втором этаже располагался придел святого апостола Иоанна Богослова, на третьем и пятом ярусах – звонницы.
После семилетнего регентства и произошедшего в 1698 году стрелецкого бунта царевна Софья была заключена в Новодевичью обитель, превратившись из ктитора в узницу. Впрочем, и в стенах обители она казалась своему венценосному брату опасной, и вскоре Софью обвинили в организации нового заговора. После этого в монастырь попали еще две ее сестры: царевны Евдокия и Екатерина. Сама же Софья по приказу Петра была пострижена в монашество с именем Сусанна. Ее поместили в стрелецкую караульню у Напрудной башни под строгий надзор. Вместе с Софьей в опалу попала и ее любимая обитель. В 1704 году царевна скончалась, а за год до этого она приняла постриг в схиму со своим прежним именем София. После ее обитель еще около двадцати пяти лет стояла закрытой под охраной солдат-преображенцев.
В 1727 году в монастыре поселилась царица-инокиня Елена, в миру – Евдокия Федоровна Лопухина, первая жена Петра I, которую по его повелению постригли еще в 1699 году и содержали сначала в Суздальском Покровском монастыре, а с 1725 года – в Шлиссельбургской крепости. Лопухина тихо преставилась в 1731 году и была похоронена в южном нефе Смоленского собора. Здесь же расположены гробницы опальных царевен Софии, Евдокии и Екатерины.
В 1812 году Новодевичью обитель в течение месяца занимали французские войска. Монастырь каким-то чудом уберегся от разорения. В его стенах каждый день совершалась литургия. Когда французы стали отступать, они захотели подорвать Смоленский собор и Успенскую церковь и заложили под них огромное количество пороховых бочек. К счастью, монахиням удалось предотвратить взрыв. Монахиня-казначея Сарра разбудила сестер и служителей, и вместе они потушили уже занимавшийся пожар, и запаленные неприятелем фитили погасли.
В результате екатерининских реформ в XVIII века Новодевичий монастырь стал первоклассным штатным монастырем. У него отобрали все вотчины и назначили денежное и хлебное жалованье. В XIX– начале XX века число монахинь достигало трехсот человек. Инокини трудились в церкви, просфорной, хлебной, трапезной, живописной и рукодельной мастерских, ухаживали за кладбищем. Своим трудом славились монастырские бело– и золотошвейки. За монастырскими стенами находились сады, огороды и небольшой скотный двор. В конце XIX – начале XX века были произведены реставрационные работы в Смоленском соборе, а за южной стеной обители началось обустройство Нового кладбища.
На территории монастыря действовали благотворительные заведения: Филатьевское училище для девочек-сирот, Елисаветинский приют для малолетних девочек-сирот и церковно-приходская школа. Также здесь находились больница и две богадельни для престарелых монахинь. В годы Первой мировой войны монастырь принимал участие в возведении и содержании лазарета при Покровской общине. Одни монахини служили сестрами милосердия, другие – шили белье для солдат и собирали посылки для фронта.
Октябрьская революция прервала многовековой уклад жизни древнего монастыря. В 1918–1919 годах декретами совет ской власти были закрыты благотворительные и учебные заведения, а банковские сбережения и земля были конфискованы. В монашеских кельях стали жить красноармейцы и рабочие. В 1922 году монастырь был упразднен. В его стенах открылся Музей эпохи царевны Софьи и стрелецких бунтов. Монахини держались вокруг Успенского храма, ставшего приходским. Они стали работать реставраторами, хранителями, уборщицами, дворниками, сторожами в музее. В 1929 году власти закрыли храм и отдали его под Гохран (Государственное хранилище музейных ценностей).
Последнюю настоятельницу, игумению Веру, и четверых клириков в 1922 году арестовали и осудили по обвинению в сопротивлении изъятию церковных ценностей. В 1938 году на полигоне Бутово был расстрелян клирик обители, священномученик Сергий Лебедев. Ныне он прославлен в лике святых новомучеников российских. В это же тяжкое время пострадали за веру во Христа пять сестер обители: преподобномученицы Матрона, Мария, Наталия, Ирина и Наталия.
В конце Великой Отечественной войны в стенах Новодевичьей обители возобновились богослужения и открылись Пастыр ско-богословские курсы. С 1964 года Успенский храм и Лопухинские палаты стали кафедральным собором и резиденцией митрополитов Крутицких и Коломенских, которые управляли Московской епархией. С 1977 г. и по настоящее время на кафедре находится Высокопреосвященнейший митрополит Ювеналий. С января 2011 года комплекс зданий Новодевичьего монастыря передан в безвозмездное и бессрочное пользование Московской епархии РПЦ.
Осенью 1994 года в Новодевичьем монастыре наконец возобновилась монашеская жизнь. Первой настоятельницей стала игумения Серафима, в прошлом она была видным ученым-химиком. При ней и ее стараниями были отреставрированы Амвросиевская и Успенская церкви, а также сестринский корпус. 10 августа 1995 г., впервые после семидесятилетнего перерыва, Святейший Патриарх Московский и Всея Руси Алексий II совершил литургию в Смоленском соборе. С того времени летом здесь проводятся воскресные и праздничные богослужения. Сейчас в монастыре подвизается тридцать сестер во главе с игуменией Маргаритой. Сестры каждый день участвуют в богослужении, выпекают просфоры и хлеб, проводят экскурсии по монастырю, обслуживают церковь, трапезную, архиерейскую резиденцию, епархиальное управление, несут послушания на загородных подворьях. В обители старательно возрождаются традиционные ремесла, работают иконописные и швейные мастерские.
В 2004 году архитектурный ансамбль Новодевичьего монастыря был включен в список памятников Всемирного культурного наследия ЮНЕСКО.
Ознакомившись с историей возникновения Новодевичьей обители, проследив основные вехи его существования, можно смело утверждать, что этот монастырь – выдающийся памятник архитектуры XVI–XVII веков. Его историко-культурное значение невозможно переоценить. Это один из старейших и красивейших монастырей России. Всякий ступающий на его земли человек стремится найти здесь исцеление, успокоение или же ответы на самые важные вопросы из истории России и по сей день тревожащие умы современников.
