Н. М. Карамзин в своих трудах вопрошал: «Что, если мы клевещем на сей пепел, если несправедливо терзаем память человека, веря ложным мнениям, принятым в летописи бессмыслием или враждою?» Емельянов-Лукьянчиков, принимая во внимание эти слова русского классика, лишь удивляется вслед за выдающимся отечественным историком и политическим публицистом М. П. Погодиным: «Сам Карамзин был расположен защищать Бориса и первый, к славе своей, заметил несправедливость летописей, – удивительно, что после в „Истории“ он переменил свое мнение, не показав причин, которые его к тому побудили».

Далеко не все подробно изучавшие этот вопрос исследователи сходятся во мнении. К примеру, один из крупнейших национальных ученых С. Ф. Платонов писал о Годунове, что «его моральная реставрация есть… прямой долг исторической науки», еще один российский историк С. Б. Веселовский настаивал на серьезном монографическом исследовании потомков Захария-Чета, причем с сильным апологетическим настроем.

В самом деле, выдающиеся личные качества и великие цивилизационные заслуги царя Бориса в значительной мере предопределены общими родовыми качествами потомков Захария. До сих пор непревзойденным исследованием о роде Годуновых является труд С. Б. Веселовского «Из истории древнерусского землевладения. Род Дмитрия Зернова (Сабуровы, Годуновы и Вельяминовы-Зерновы)», завершенный им в 1938 году. Тщательно изучив все имеющиеся источники, ученый, возродивший генеалогический подход в советской историографии, сделал поистине знаменательные выводы.

Во-первых, им было установлено исконное русское, костромское происхождение Захария, то есть называть Годуновых татарами нет никакой необходимости, ибо легенда о выезде татарского мурзы Чета возникла довольно поздно и отражает привычное для XVII века падение национального самосознания: вся столичная знать с многовековой родословной вдруг начала вести свои роды «от прус» и «от немец».

Во-вторых, Веселовский заключил, что хотя «в истории боярских и княжеских родов мы можем нередко наблюдать вековые связи родичей с тем или иным монастырем», все же «ни один род не превзошел в этом отношении Годуновых, которые более трехсот лет всем родом, а не отдельные лица, оставались верными Ипатьеву монастырю» и проявили себя как благочестивые представители русской знати.

Предок Годуновых уже при Иване I Калите выехал из Костромы в Москву, но вплоть до XVII века род продолжал всячески поддерживать и развивать родовую обитель, основанную пращуром. Бояре Сабуровы и Годуновы, разбогатев на службе отечеству, сделали небольшой Ипатьев монастырь общеизвестным и всеми почитаемым. И чем богаче становились представители родов, тем щедрее были их вклады в развитие обители. Веселовский отмечал, что отношения представителей разных ветвей единого потомства Захария на протяжении четырехсот лет (XIII–XVI вв.) были «скреплены не только кровными узами, но и осознанным ощущением единого монолитного родового тела, служившего России всем богатством данного им таланта, воли и ума, своей жизнью». Вот что Веселовский писал по этому поводу: «Удивительно… род имеет свое лицо (как человек?). Впечатление, что род [живет] (через века!) как будто организм… дух захватывает от поступи в веках, повадки, общего духа, основных линий поведения – множества отдельных людей одного рода…»

XVI век стал логичным завершением отношений двух родов – Василий III женился на Соломонии Сабуровой, которая впоследствии была канонизирована как преподобная София Суздальская, а его внук, царевич Иван, женился на Евдокии Сабуровой. Емельянов-Лукьянчиков отмечает, что «трагическая судьба царевича Ивана, отложившаяся в массовом сознании через призму картины И. Репина „Иван Грозный убивает своего сына“, остается всего лишь частью художественного вымысла – кто стал виновником его смерти, неизвестно, а так как никто не мог ее предвидеть, то можно говорить о том, что Ивана прочили в цари, а Евдокию, соответственно, в царицы».

Наряду с возвышением Сабуровых улучшилось и положение их близких родичей – Годуновых. Таким образом, поднялся род, который, по мнению Веселовского, «из всех боярских родов отличался совершенно исключительной сплоченностью и верностью старым боярским традициям, а после пресечения династии Рюриковичей – воцарился».

Не последней причиной воцарения средней ветви потомков Захария являлся тот факт, что Годуновы сумели «сохранить на протяжении трех веков родовую дисциплину и верность родовым традициям», а государь Борис «не только не боялся соперничества своих сородичей, как это часто бывало, но, очевидно, был уверен в их родовой дисциплинированности и неизменной поддержке не за страх, а за совесть».

Царь Борис Годунов не «почивал» на троне, а напротив, самоотверженно трудился, служил Церкви и жаждал образования для народа. Подобно тому, как в 381 году Константинополь на Вселенском соборе был назван Новым, Вторым Римом, так в 1589 году, еще не взойдя на престол, Борис поспособствовал тому, чтобы в Уложенной грамоте Московского освященного собора, где утвердили патриаршество, о котором так давно мечтала русская церковь, была официально закреплена идея России как последнего, Третьего Рима. Именно во время правления Бориса велось массовое церковное строительство. Будучи благочестивым и глубоко верующим человеком, царь делал внушительные пожертвования монастырям.

В этот период, отмечает Емельянов-Лукьянчиков, продолжилась «характерная для времен Стоглавого собора симфония духовной и государственной властей». Во время коронации нового царя, по словам доктора искусствоведения А. Л. Баталова, происходила «сознательная ориентация на чин византийских василевсов», и Борис стал первым русским правителем, которого венчал на царство один из пяти патриархов Вселенской церкви. Поэтому нет ничего удивительного в том, что в Посольской книге по связям России с Грецией присутствует обращение к русскому царю как к царю России – Третьего Рима («Богом поставленному и Богом избранному самодержцу святому царю всеа Руси и всех благоверных христиан»), а иерусалимский патриарх Софроний V в письме Борису говорил, что «кроме Бога, инаго помошника не имеем и заступника и покровителя во днях сих, и на тебя возлагаем все наше упование и надежду».

Борис Годунов, рассуждает Емельянов-Лукьянчиков, не только «достойно нес свое служение, но и совершил деяния, к которым его, казалось бы, никто не обязывал и которые, вместе с тем, демонстрируют всю глубину личности царя Бориса Федоровича, равно как и глубокое проникновение им в суть русской национальной идеи». Он хотел создать в Москве новый, главный собор в честь Воскресения Христова – святая святых. К сожалению, с пришествием Лжедмитрия I материалы святыни, которая должна была стать центром сакрального мира, разграбили и уничтожили поляки. Все, что осталось от этих материалов, это похожие по исполнению миниатюрные макеты рак русских чудотворцев, выполненные при царе Федоре и царе Борисе. Со святая святых был также связан проект переустройства Кремля, который Годунов так и не успел воплотить в жизнь. Получается, приходит к выводу Емельянов-Лукьянчиков, что именно Борис Годунов был первым русским царем, который намеревался «внутреннее, духовное осознание сакрального преемства Иерусалим – Рим – Константинополь – Россия закрепить внешне – посредством грандиозного архитектурного проекта».

В архитектуре, иконописи, стенописи, ювелирном искусстве и книжной миниатюре в период царствования Бориса Годунова происходил бурный расцвет, который назван «годуновским стилем». Государь боролся с питейными заведениями, всячески покровительствовал книгопечатанию и развитию сферы образования, вел грамотную хозяйственную политику (к примеру, запретил беспорядочную рубку леса, регламентировал добычу «мягкой рухляди», пресек вывоз детей из родных мест), Борис регулировал демографию и запретил отбирать землю у аборигенов Урала, Сибири и Дальнего Востока, взимать подати с больных и увечных, он продолжил освоение Сибири, развивал городскую инфраструктуру, и это далеко не полный перечень его дел и заслуг.