Неблагоприятные обстоятельства, при которых Федор вступил на московский престол, не сулили ничего хорошего, ничто не могло гарантировать, что его царствование будет долгим и счастливым. Поэтому шансы на то, чтобы уцелеть в обстановке внутреннего кризиса и гражданской войны, у династии Годуновых были очень малы. Безусловно, Федор обладал всеми необходимыми правителю навыками, но ему на тот момент было всего шестнадцать лет. Разумеется, ему не хватало политической опытности и самостоятельности. Царица Мария Григорьевна была фигурой крайне непопулярной. Ей постоянно припоминали родство с Малютой Скуратовым, пугавшим в свое время всю столицу страшными казнями и массовыми избиениями. По Москве ходила молва о крайней жестокости и самой царицы.

В Боярской думе числилось большое количество Годуновых, Борис делал для этого все. Но к началу 1605 года практически все наиболее значительные деятели из рода Годуновых покинули Думу, а оставшиеся уже не не пользовались никаким авторитетом, хоть и обладали внушительными титулами. Когда тучи начали сгущаться, рядом с Федором не оказалось никого, кто мог бы поддержать пошатнувшуюся власть и остановить кризис. Прошло всего несколько дней после присяги, и бессилие правительства обнаружилось с полной очевидностью. Краху годуновской власти немало способствовало то, что в нужный момент у Федора попросту не оказалось достаточных военных сил: в течение многих месяцев Борис отправлял в действующую армию всех способных носить оружие, включая стольников, дворцовую охрану, конюхов и псарей.

Само собой, у царя Федора не было абсолютно никакого опыта командования войсками, поэтому он был вынужден положиться на семейство Басмановых, которое уже однажды сумело дать отпор Лжедмитрию, нанеся ему серьезные поражения. В войсках под крепостью Кромы, где засели сторонники Лжедмитрия во главе с атаманом Корелой, остались также Василий и Иван Голицыны, Михаил Глебович Салтыков и Иван Иванович Годунов. В правительство вошли князья Федор Иванович Мстиславский, Василий и Дмитрий Ивановичи Шуйские, которых новый царь вызвал обратно из действующей армии в Москву. Сыскными делами, как и при царе Борисе, ведал Семен Годунов. Чтобы заручиться поддержкой населения, правительство Федора раздавало огромные подарки «на помин души» царя Бориса и даже объявило амнистию всем, кто был сослан при Борисе. Среди амнистированных, вернувшихся в Москву, был двоюродный дядя Федора, Богдан Бельский, который потом сыграл решающую роль при его аресте. Однако все меры, предпринятые правительством Федора, к сожалению, не возымели должного эффекта. К примеру, старейшина Боярской думы Федор Иванович Мстиславский, как выяснилось, изначально вел двойную игру, из-за чего Семен Годунов даже распорядился тайно убить его, но это уже не суждено было осуществить из-за быстрого краха династии.

За все время правления царя Федора была предпринята лишь одна значительная внутригосударственная мера: учрежден Каменный приказ – аналог министерства строительства, который ведал каменным строительством в Московском государстве. Каменному приказу подчинялись все известковые и кирпичные заводы в Москве и мастера каменных дел. Орган контролировал бюджет городов, где осуществлялась добыча белого камня. Доподлинно не известно, начал ли Федор чеканку своей собственной монеты. Есть мнение, что для его монеты было использовано уникальное сочетание аверса чекана начала правления Федора Ивановича, где было указано только имя: «Царь и великий князь Федор всея Руси», и реверса чекана времен Бориса Федоровича. Если это правда, то Федор является единственным правителем, для монет которого не был изготовлен специальный штемпель. Впрочем, абсолютной уверенности в том, что эти монеты относятся именно ко времени царствования Федора, нет, поскольку на некоторых монетах с реверсом времен Бориса Годунова на аверсе указано имя «Федор Иванович».

Воевода Петр Федорович Басманов, фактически ставший верховным командующим царской армией, прибыл в ставку под осажденными Кромами 17 апреля вместе с митрополитом новгородским Исидором, чтобы войска присягнули новому государю. Поскольку Басманов не являлся родовым боярином, формально главным воеводой был назначен князь Михаил Катырев-Ростовский. Царь Федор обещал щедро вознаградить войска по истечении, как записал иностранец, «шестинедельного траура» по отцу. Однако не все войско приняло присягу. Часть армии сразу же перешла к самозванцу. В лагере начались внутренние стычки, стороны использовали боевые кличи «Дмитрий» и «Федор».

На сторону самозванца перешли алексинские, каширские, рязанские, тульские и севские дворяне, и прежде всего рязанцы Прокопий и Захарий Ляпуновы, которые после стали известными деятелями Смуты. 7 мая Басманов предал царя Федора. Вероятно, причиной тому была, в частности, тяжба с родственником царя Семеном Годуновым из-за местничества. Вместе с Басмановым на сторону Лжедмитрия перешли также Голицыны и Михаил Салтыков. Правда, согласно другим источникам, Салтыков был пленником, Василий Голицын велел связать себя, обыграв все так, будто бы его берут в плен. Те войска, что остались верны царю Федору, были в итоге разбиты изменниками в союзе с казаками. Иван Иванович Году-нов был пленен и отправлен в ставку самозванца в Путивль, а Михаил Катырев-Ростовский, Андрей Телятевский и Семен Чемоданов бежали к Москве. Писатель о России тех времен Конрад Буссов в «Московской хронике» пишет, что верными новому царю остались только немецкие наемники, которых он по возвращении в Москву якобы щедро одарил за преданность и публично объявил «самыми верными и постоянными».

После этого события в Москву было направлено «прелестное письмо», в котором Лжедмитрий, величая себя уже даже не царевичем, а царем, называл Федора своим «изменником». Распространителей послания самозванца предавали пыткам и казни. По словам голландского дипломата Исаака Массы, семья Годуновых после поражения при Кромах закрылась в Кремле, опасаясь жителей столицы больше, «нежели неприятеля или сторонников Дмитрия».

Из Тулы в подмосковное Красное Село приехали сторонники надвигавшегося на столицу Лжедмитрия Никита Плещеев и Гаврила Пушкин. Заручившись поддержкой красносельцев, восстание которых перекинулось на Москву, Плещеев и Пушкин прибыли в столицу, на Лобное место, и с него прочли послание самозванца. Это случилось 1 июня. В тот же самый день жители столицы, при попустительстве боярского правительства, арестовали Федора Борисовича, а также его мать и сестру Ксению в Кремле, причем находилось семейство не в царских палатах, а «на собственном дворе Бориса». Новым государем был провозглашен Лжедмитрий под именем Дмитрия Ивановича. Наряду с царской семьей были арестованы и остальные представители Годуновых, а также их родственники Сабуровы и Вельяминовы. Столицу, тут же воспользовавшись возникшей ситуацией, от имени «Дмитрия Ивановича» фактически контролировал двоюродный брат Марии Годуновой, Богдан Бельский. Он при всем народе поклялся москвичам, что это именно он спас от смерти царевича Дмитрия в Угличе. Однако самозванец не мог ему доверять, так как Бельский приходился Годуновым родней, а потому Богдана вскоре заменили на присланного из Тулы Василия Васильевича Голицына.

Прямо перед самым вступлением Лжедмитрия в Москву Федор и его мать были задушены в своем кремлевском доме. В «Московской хронике» Конрада Буссова говорится, что находившийся в этот момент в Серпухове самозванец отказывался повляться в столице до тех пор, пока не будут ликвидированы Годуновы. Причем нельзя сказать, чтобы это распоряжение Лжедмитрия было секретным. Напротив, его передали жителям столицы в открытом послании. Когда арестовывали патриарха Иова, на подворье Годуновых возник Василий Голицын со стрельцами и приказал убить царя Федора. Рядом с Голицыным находились также князь Мосальский, дьяки Молчанов и Шерефединов. Но, как свидетельствует бывший в то время в Москве шведский дипломат и историк Петр Петрей, непосредственным убийцей был подьячий Иван Богданов, якобы тайно присланный для этого в Москву.