7 января 1598 года государь Федор Иванович умер, не оставив после себя завещания. В ходе избирательной борьбы на Земском соборе выстраивались разнообразные версии относительно его последней воли. Официальная версия Годуновых, по утверждению историков, была такой: «Как значилось в утвержденной грамоте ранней редакции, Федор „учинил“ после себя на троне жену Ирину, а Борису „приказал“ царство и свою душу в придачу. Окончательная редакция той же грамоты гласила, что царь оставил „на государствах“ супругу, а патриарха Иова и Бориса Годунова назначил своими душеприказчиками. Наиболее достоверные источники повествуют, что патриарх тщетно напоминал Федору о необходимости назвать имя преемника. Царь по обыкновению отмалчивался и ссылался на волю Божью. Будущее жены его тревожило больше, чем будущее трона. По словам очевидцев, Федор наказал Ирине „принять иноческий образ“ и закончить жизнь в монастыре».

После смерти царя бояре, страшась бедствий междуцарствия, решили присягнуть Ирине, тем самым они одновременно собирались и помешать вступлению на трон Бориса Годунова. По словам историков, «преданный Борису Иов разослал по всем епархиям приказ целовать крест царице. Обнародованный в церквах пространный текст присяги вызвал общее недоумение. Подданных заставили принести клятву на верность патриарху Иову и православной вере, царице Ирине, правителю Борису и его детям. Под видом присяги церкви и царице правитель фактически потребовал присяги себе и своему наследнику (…) Испокон веку в православных церквах пели „многие лета царям и митрополитам“. Патриарх Иов не постеснялся нарушить традицию и ввел богослужение в честь вдовы Федора. Летописцы сочли такое новшество неслыханным. „Первое богомолие (было) за нее, государыню, – записал один из них, – а преж того ни за которых цариц и великих княгинь Бога не молили ни в охтеньях, ни в многолетье“. Иов старался утвердить взгляд на Ирину как на законную носительницу самодержавной власти. Но ревнители благочестия, и среди них дьяк Иван Тимофеев, заклеймили его старания как „бесстыдство“ и „нападение на святую церковь“».

Впрочем, самостоятельное правление царицы продлилось недолго. Уже через неделю после смерти мужа Ирина объявила о решении постричься. В день ее отречения в Кремле собралась толпа. Как стало известно позже из официальных источников, люди, преисполнившись верноподданническими чувствами, слезно просили царицу остаться на троне. Подобный настрой народа внушал беспокойство властям. Голландец Исаак Масса отмечал, что отречение Ирины носило вынужденный характер: «Простой народ, всегда в этой стране готовый к волнению, во множестве столпился около Кремля, шумел и вызывал царицу». «Дабы избежать великого несчастья и возмущения», Ирина вышла на крыльцо и объявила о намерении постричься. Австриец Михаил Шиль свидетельствует, что выступавший после сестры Борис в свою очередь заявил, что берет на себя управление государством, а князья и бояре будут ему помощниками.

На 9-й день после смерти Федора царица удалилась в Новодевичий монастырь и постриглась там, приняв имя инокини Александры. Таким образом она освободила брату дорогу к трону. «С погребения не ходя во свои царские хоромы, повеле себя <…> отвести простым обычаем в пречестный монастырь <…> еже зовется Новый девич монастырь», где ее постригли и нарекли «во иноцех имя ей Александра, и пребываша она в келий своей от пострижения до преставления своего, окроме церкви божий нигде не хождаше».

Перед тем как избрать нового царя, шествие просителей от населения отправилось к Новодевичьему монастырю, где находился Борис, сопровождавший Ирину. Толпа убеждала Годунова принять корону, он же отказывался. Перед выборами «Ирина вела агитацию за брата среди духовенства, бояр, купечества, простого люда». Историки говорят о наличии свидетельств о том, что Годуновы прибегали к подкупу знати. Так, по словам шведского дипломата и историка П. Петрея, Ирина «хорошо помнила, что куда подается большинство, туда потянутся и остальные… Большими подарками она тайно склонила полковников и капитанов, чтобы они уговорили подчиненных себе воинов подавать голоса в пользу брата».

21 февраля 1598 года Ирина благословила брата на царство. 27 февраля 1598 года Земский собор избрал Годунова царем.

Умерла Ирина в 1603 года в монастыре, за два года до смерти брата.

От имени царицы было сделано большое количество щедрых вкладов в духовные обители. В частности, есть свидетельства о вкладах, сделанных в Троице-Сергиев монастырь в 1593 году: «…сентября в 26-й день государь же царь и великий князь Федор Иванович всея Руси пожаловал по своей царевне и великой княжне Феодосье вкладу 500 рублев». В 1603 году «…октября в 31-й день блаженные памяти по государыне царице и великой княгине Ирине, во иноцех Александре, пожаловал прислал вкладу государь царь и великий князь Борис Федорович всея Руси денег 1000 рублев». В 1598 году и сама царица внесла вклад в развитие монастыря: «Преставися <…> государь царь и великий князь Федор Иванович всея Руси и по нем <…> пожаловала его благоверная царица и великая княгиня инока Александра прислала на сорокоусты и на церковное строение денег 3000 рублев».

В те времена на Руси получила распространение двойная икона «Феодор Стратилат и великомученица Ирина». Нетрудно догадаться, что причина подобной популярности состояла в том, что эти мученики являлись тезками царя и царицы. По всему государству были возведены многочисленные церкви в честь святых Феодора и Ирины, открыты приделы в храмах. В храме Успения Троице-Сергиева монастыря был учрежден придел святых Феодора и Ирины, и для него были написаны иконы. В 1580–1590-е годы было создано большое количество христианских памятников, связанных с именем Феодора Стратилата. Стоит отметить также, что образы святых были и среди произведений, вышитых в «светлице» Ирины Годуновой. В Государственном Эрмитаже хранятся созданный в 1592 году шитый иконостас, на котором запечатлен большой парный образ святых, и пелена конца XVI века с изображением великомученицы Ирины. Эта пелена предназначалась для устроенной в честь патрональной святой надвратной церкви в Кирилло-Белозерском монастыре, где родился отец Федора, Иван Грозный.

После того как в конце мая 1592 года родилась царевна Феодосия, Федор и Ирина в честь «разрешения неплодства царицы» разослали еще более богатые дары не только российским монастырям и церквям, но и православным монастырям Палестины. На полях написанных в те времена икон стала появляться преподобномученица Фео досия Константинопольская.

Московский Кремль – многовековой центр размещения двух основных ветвей власти средневековой Руси: светской и духовной. Чаще всего в письменных источниках мы можем найти публичную сторону жизни знатных людей, живших в то время. О семейной же жизни сказано очень мало. И личные пристрастия и увлечения великих людей этой эпохи, их отношения с близкими людьми для нас остаются покрытыми тайной. Поэтому мы так немного знаем о женской половине царского двора, о судьбах великих княгинь и цариц, до конца XVII века проводивших все время в тени своих мужей, в пространстве, ограниченном теремом и храмом, за исключением, пожалуй, выездов на богомолье.

Но в настоящее время появляется все больше возможностей узнать подробности жизни женской половины государева двора, проследить судьбу русских великих княгинь и цариц. Особенно много новых сведений получено при изучении находящихся в музее-заповеднике «Московский Кремль» захоронений, перенесенных сюда из бывшего Вознесенского монастыря, существовавшего на территории московской крепости с начала XV века. В 1407 году великая княгиня Евдокия Дмитриевна, вдова великого князя Дмитрия Донского, заложила возле Фроловских (ныне Спасских) ворот Кремля церковь Вознесения, ставшую усыпальницей великих и удельных княгинь.

Судьба усыпальницы довольно трагична. После трехсот лет существования некрополь перестал действовать, поскольку столица была перенесена в Петербург. Но усыпальница в церкви Вознесения сохранялась до 1929 года, до момента, когда Вознесенский монастырь был разорен. Исторические захоронения были сначала перенесены в Архангельский собор Кремля, а затем в подземную палату рядом с ним. Тогда же впервые были вскрыты некоторые саркофаги.