В 1591 году произошло событие, сильно повлиявшее на судьбу всей Росси и на ее дальнейшую историю: 15 мая в Угличе при невыясненных обстоятельствах погиб царевич Дмитрий. Всех, кто был заподозрен в совершении этого преступления, жители Углича собственноручно перебили. Следствие, произведенное на месте особой, присланной из Москвы комиссией, выяснило, что, так как у царевича случались припадки, он, скорее всего, был не убит, а случайно зарезался во время игры с ножом. Народная молва же обвинила в убийстве Бориса Годунова. Виноват ли Борис в преждевременной смерти царевича и насколько он причастен к этому страшному преступлению, до сих пор не ясно. Но так или иначе, препятствия между Борисом Годуновым и царским троном больше не было, поскольку наследников царского рода не осталось. Поэтому, когда умер царь Федор Иванович, а овдовевшая Ирина постриглась в монахини, отказавшись от трона, народ обратился к Борису Годунову.

Узнав о пострижении Ирины, духовенство, чиновники и простые граждане потянулись в Кремль, где государственный дьяк и печатник Василий Щелкалов, напугав их возможными последствиями анархии, требовал, чтобы они целовали крест, присягая Боярской думе. Но люди не спешили слушать дьяка. Они кричали: «Не знаем ни князей, ни бояр; знаем только царицу: ей мы дали присягу и другой не дадим никому; она и в черницах мать России». Печатник посоветовался с вельможами, после вновь вышел к собравшимся и сказал, что Ирина более не занимается делами царства и что народ должен присягнуть боярам, если не хочет видеть государственного разрушения. Однако в ответ единодушно прозвучало: «И так да царствует брат ее!» Ни один человек не дерзнул ни возразить, ни промолчать, все восклицали: «Да здравствует отец наш, Борис Федорович! Он будет преемником матери нашей царицы!» Немедленно всей толпой направились в Новодевичий монастырь, где патриарх Иов, обращаясь к Ирине от имени Отечества, заклинал ее благословить брата на царство, которое она сама оставила из любви к Господу, и исполнить тем самым волю Божью и народную. Люди плакали, плакала и Ирина. Иов обратился к самому Борису: предлагал ему корону, называл его «свыше избранным для возобновления царского корня в России, естественным наследником трона после зятя и друга, обязанного всеми успехами своего владычества Борисовой мудрости». Годунов клялся, что никогда в жизни не мечтал о троне и никогда не дерзнет сменить на нем усопшего царя-ангела, его отца и благотворителя; говорил, что в России предостаточно бояр и князей куда знатнее и достойнее его; но из признательности к народной любви обещался вместе с русскими людьми пуще прежнего радеть о государстве. На эту заранее подготовленную речь патриарх ответствовал подобной, насыщенной историческими примерами; упрекал Годунова в излишней скромности и даже в неповиновении воле Божьей; доказывал, что Господь готовил Борису и его роду на веки веков державу Владимирова потомства.

17 февраля в Кремле собралась Земская дума, или Государственный собор, где присутствовало, кроме высшего духовенства, не менее пятисот чиновников и людей выборных из всех областей. Целью собрания было небывалое со времен Рюрика дело – назначение венценосца России. Никто не мог не ручаться за спокойствие народа в столь важном действии. Однако выработанный навык повиновения и годуновская хитрость сотворили чудо: в Кремле царила тишина, а среди людей – единомнение. Было ощущение, что все желали одного: как сбившиеся в кучу осиротевшие птенцы, найти скорее родителя – и знали, в ком искать его. Гражда не смотрели на дворян, дворяне – на вельмож, вельможи – на патриарха. Объявив на весь Собор, что Ирина не возжелала ни царствовать, ни благословить брата на царство и что Годунов также не принимает венца Мономахова, Иов рек: «Россия, тоскуя без царя, нетерпеливо ждет его от мудрости Собора. Вы, святители, архимандриты, игумены, вы, бояре, дворяне, люди приказные, дети боярские и всех чинов люди царствующего града Москвы и всей земли Русской! Объявите нам мысль свою и дайте совет, кому быть у нас государем. Мы же, свидетели преставления царя и великого князя Феодора Иоанновича, думаем, что нам мимо Бориса Федоровича не должно искать другого самодержца». И все бояре, духовенство, воинство и весь народ единодушно ответствовали: «Наш совет и желание то же: немедленно бить челом государю Борису Федоровичу и мимо его не искать другого властителя для России».

Наконец 22 февраля Ирина произнесла: «По изволению Всесильного Бога и Пречистой Девы Марии возьмите у меня единородного брата на царство, в утоление народного плача. Да исполнится желание ваших сердец, ко счастью России!» Люди повалились к ногам царицы, которая, с грустью взглянув на смиренного Бориса, дала ему повеление властвовать над Россией. Но он все еще изъявлял нежелание, страшился тягостного бремени, просил избавления, втолковывал сестре, что она из милосердия не должна предавать его в жертву трону. Он вновь клялся, что никогда не помышлял возноситься до подобной, пугающей для простого смертного высоты. Ирина после его слов уже более решительно настояла на своем. Тут уже Борис, словно сокрушаясь, воскликнул: «Буди же святая воля Твоя, Господи! Настави меня на путь правый и не вниди в суд с рабом Твоим! Повинуюсь тебе, исполняя желание народа».

Вельможи, святители, люд – все упали к его ногам. Осенив животворящим крестом Бориса и Ирину, патриарх поспешил возвестить дворянам, приказным и всему народу, что Господь даровал им нового царя. Всех обуяла неописуемая радость. Люди славили Бога, плакали, обнимались, повсюду слышалось: «Слава! Слава!» Борис в окружении вельмож и народа проследовал за духовенством в храм Новодевичьего монастыря, где Иов, пред иконами Владимирской и Донской Божьей Матери, благословил его на государство Московское и всея России, нарек царем и возгласил ему «первое многолетие».

26 февраля 1598 года столица встречала нового государя. Патриарх вторично благословил Бориса на царство, осенил крестом его жену – Марию, юного сына Федора и дочь Ксению. 30 апреля царь торжественно въехал в Москву. Этот день остался в памяти народа как один из торжественнейших праздников. Борис представил народу жену, давно известную благочестием и добродетелью, 9-летнего сына и 16-летнюю красавицу дочь. По всему городу были расставлены длинные столы, ломившиеся от яств, и все – от патриарха до нищего – были желанными гостями царя. Подобной роскоши Москва не знавала даже при Иване Грозном.

1 сентября Борис Годунов торжественно венчался на царство, церковь утвердила престол за ним и его родом.

Итак, 26 февраля 1598 года столица приветствовала нового государя. Царь был неслыханно милостив: сидевшие в тюрьмах обрели свободу, опальные – прощение, вдовы, сироты и нищие – помощь. Фактически были отменены казни. Смертью прекратили наказывать даже разбойников и воров.

Современники единодушно считали Годунова крупным государственным деятелем. Он практически всегда сам вел дипломатические переговоры, активно участвовал в проведении внутренней политики, отвечавшей интересам основной части дворянства. Как заметил один из крупнейших российских историков С. Ф. Платонов: «Борис вступил в правительственную среду и начал свою политическую деятельность в очень тяжелое для Московского государства время. Государство переживало сложный кризис. Последствия неудачных войн Грозного, внутренний правительственный террор, называемый опричниной, и беспорядочное передвижение народных масс от центра к окраинам страны расшатали к концу XVI века общественный порядок, внесли разруху и разорение в хозяйственную жизнь и создали такую смуту в умах, которая томила всех ожиданием грядущих бед. Само правительство признавало „великую тощету“ и „изнурение“ землевладельцев и отменяло всякого рода податные льготы и изъятия, „покаместа земля поустроится“. Борьба с кризисом становилась неотложною задачею в глазах правительства, а в то же время и в самой правительственной среде назревали осложнения и готовилась борьба за власть. Правительству необходимо было внутреннее единство и сила, а в нем росла рознь, и ему грозил распад. Борису пришлось взять на себя тяжелую заботу устройства власти и успокоения страны».