Между тем в Азии спор был решен. Получив известие о победе Александра при Гранике, Дарий III собрал всю свою армию; и действительно, чтобы не потерять все свои приморские провинции, он должен был во что бы то ни стало преградить врагу дальнейший путь. Ввиду этого Дарий летом выступил из Вавилона, и осенью он достиг северной Сирии. Александр все еще стоял в Киликии; опасная болезнь довольно долго задержала его в Тарсе, а по выздоровлении он занялся прежде всего покорением портовых городов Сол и Малла. При известии о приближении Дария он двинулся через береговые ущелья, соединяющие Киликию с Сирией, т.н. Ассирийские ворота, и стал лагерем у Мириандра, первого финикийского города. Он рассчитывал, что персидский царь будет ждать его на обширных равнинах северной Сирии, где лучшая часть персидского войска — конница — могла вполне развернуть свои силы.
Но Дарий принял такое смелое решение, какого от него нельзя было ожидать. В то время как Александр береговой дорогой шел на юг, Дарий двинулся к северу, по неприступным горным тропинкам перешел Аман и спустился в тылу неприятельской армии на прибрежную равнину Исса. Здесь он занял крепкую оборонительную позицию, которая справа опиралась на море, слева — на горы, а с фронта была защищена глубоким руслом реки Пинара. Быстро возведенные окопы еще более укрепили эту позицию.
Со стратегической точки зрения, маневр, выполненный персидским войском, был превосходен; Александр был совершенно отрезан от своего операционного базиса и неминуемо должен был погибнуть, если бы не сумел путем победоносной битвы вырваться из сжавших его тисков. Но это была нелегкая задача. Надо было прежде всего пройти через длинное ущелье Ассирийских ворот, где горы так близко подходят к морю, что едва остается место для дороги, и затем на глазах врага развернуть войско из походной колонны в боевую линию. К счастью, Дарий не сумел воспользоваться выгодами своего положения, тогда как Александр мог в самых трудных случаях спокойно полагаться на свои войска. И вот, вечером он выступил из Мириандра, ночью беспрепятственно прошел теснины и к утру стоял на равнине Динара. Конница и легковооруженные отряды, высланные теперь Дарием навстречу врагу, оказались не в силах помешать македонским полкам выстроиться в боевом порядке; таким образом, битва была проиграна персами еще прежде, чем она собственно началась. Дело в том, что на окруженной горами равнине, которая в этом месте имеет в ширину лишь около 3—4 км, персидский царь не мог воспользоваться выгодами своего численного перевеса; Александр мог растянуть свою боевую линию на такую же длину, как его противник, и был вполне обеспечен против обхода в тыл. А при равенстве сил победа неизбежно должна была достаться более опытным и более дисциплинированным македонянам.
Александр командовал правым крылом, состоявшим из македонской кавалерии, гипаспистов и части линейной пехоты. Стоявшая против него азиатская пехота оказалась не в силах устоять против атаки этих отборных войск; после короткой битвы она обратилась в бегство, в которое была вовлечена и середина персидского войска; сам Дарий едва успел спастись от преследовавших его македонян; его колесница, его царская мантия и его лук достались победителю. Между тем Парменион, командовавший левым крылом греческого войска, переживал тяжелые минуты. Его фессалийские и пелопоннесские всадники лишь с трудом сдерживали натиск более многочисленной варварской конницы, а атака, предпринятая македонской фалангой на высоты, где стояли греческие наемники персидского царя, была отбита с большим уроном. Лишь когда Александр после победы над Дарием двинул на фланг наемников пехоту своего правого крыла, они в полном порядке удалились с поля битвы. После этого и персидская конница обратилась в бегство, преследуемая фессалийцами, которые произвели страшную резню среди отступавших врагов. Стоявшие позади персидской боевой линии резервы даже не сделали попытки оказать сопротивление; все войско рассеялось, и только рано наступившая ноябрьская ночь спасла его от полной гибели. Дарию удалось собрать позади гор и увести за Евфрат не более четырех тыс. человек, преимущественно греческих наемников. Большей части наемников, около восьми тыс. человек, удалось добраться до Триполиса в Финикии и оттуда переправиться на Кипр. Победители в тот же вечер без сопротивления заняли персидский лагерь; здесь были взяты в плен сопровождавшие царя по персидскому обычаю мать Дария Сисигамбис, его супруга Статеира и ее дети. Это были неоценимые заложники, и Александр приказал оказывать им все то почтение, какое подобало их высокому рангу.
Греция в лихорадочном возбуждении ждала решительной битвы между обоими царями. Демосфен доказывал всякому, кто хотел его слушать, что войско Александра неизбежно будет затоптано персидской конницей; но он был достаточно опытным политиком, чтобы не склонять Афины к открытому переходу на сторону персов раньше, чем сделается известным исход сражения. Весть о блестящей победе Александра, разумеется, сразу отрезвила всех, кто мечтал об отложении. На Истмийских празднествах ближайшей весною представители государств, входивших в состав эллинского союза, решили почтить Александра золотым венком в благодарность за то, что он сделал для свободы Греции.
Теперь персидские адмиралы более не могли думать и о продолжении наступательных действий против Греции; получив известие о поражении, они тотчас ушли со своим флотом обратно в Азию. Царь Агис едва сумел получить 10 триер и 30 талантов; впрочем, и он не осмеливался в эту минуту начать войну против Македонии. Фарнабаз с 12 кораблями и 1500 наемников отправился к Хиосу и прибыл как раз вовремя, так что еще успел предупредить отложение острова к Александру; Автофрадат с остальным флотом ушел в Галикарнас, где и остался на всю зиму. Но с открытием навигации его флот распался; финикийцы ушли в свою страну, которая между тем была занята Александром; кипрская эскадра тотчас последовала их примеру. Вследствие этого персидские адмиралы были лишены возможности преградить путь македонскому флоту, который в течение зимы снова был доведен до 160 триер и с наступлением весны вышел в море под начальством Гегелоха и Амфотера. Он освободил Тенедос и затем пошел к Хиосу, где народ при его появлении восстал против Фарнабаза и открыл македонянам городские ворота; гарнизон, состоявший из трех тыс. греческих наемников, был взят в плен, 42 триеры сделались добычей победителей. Затем Гегелох со ста кораблями подступил к Митилене, которую занимал от имени Дария Харес с двумя тыс. человек; старый вождь наемников сдался под условием свободного отступления и удалился на афинский остров Имброс; власти над Сигейоном, которую Александр оставил ему два года назад, он, конечно, лишился, став на сторону персов. Теперь и мелкие города Лесбоса примкнули к македонянам и выдали Гегелоху своих тиранов, навязанных им персами. Тем временем Амфотер с 60 кораблями двинулся к Косу и освободил и этот остров от персов; точно так же сдались и города карийского побережья, которые были заняты еще Оронтобатом. Родос уже ранее перешел на сторону Александра. Таким образом, все западное побережье Малой Азии и предлежащие ему острова были отняты у персов, и персидский флот на Эгейском море истреблен, за исключением небольшой части, бежавшей к Криту. Знатных пленников Гегелох еще осенью отвез к Александру, который в это время находился в Египте. Хиосских олигархов царь сослал в Элефантину на эфиопской границе; лесбосские тираны были выданы для наказания тем городам, над которыми они властвовали. Здесь они были судимы народным судом и по его приговору казнены, что по представлениям греков было законно и справедливо. Митилена в награду за геройское сопротивление, оказанное ею Мемнону, получила участок земли на противолежащем Лесбосу материке.
Сам Дарий также был сильно потрясен поражением; но первою его мыслью было, разумеется, освободить из плена свою мать, жену и детей. Уже спустя немного дней после сражения, когда Александр стоял в Марафосе в северной Финикии, Дарий сделал попытку завязать переговоры, и Александр не отверг его предложений. Ввиду этого Дарий отправил к Александру посольство с формальным предложением мира; он предлагал уступить все азиатские области, лежавшие к западу от Евфрата, и уплатить за освобождение своей матери и жены выкуп в 10 ООО талантов; в залог мира он предлагал Александру жениться на одной из его дочерей. Еще никогда ни один персидский царь не унижался до такой степени; и действительно, предложенные им условия были очень выгодны. Но тем временем положение дел сильно изменилось к выгоде Александра. Он стоял теперь перед Тиром, материковая часть Финикии и Кипр покорились, персидский флот в Эгейском море распался, опасность восстания в Греции была устранена, успешное сопротивление со стороны Персии сделалось невозможным и завоевание всей монархии являлось еще только вопросом времени. А между тем было ясно, что урезанная Персия всегда будет стремиться вернуть себе приморские провинции; даровать теперь мир Дарию значило отсрочить решение, пока Персия лучше приготовится к борьбе. Ввиду этого Александр отверг предложения Дария и потребовал безусловного подчинения.