Первоначально египтяне имели над римлянами огромный численный перевес. Ахилла занял всю Александрию, а в руках Цезаря остался прилегавший к Большой гавани царский дворец и театр. Он расположил свои когорты в узких улицах перед стенами дворца и отразил все атаки врагов (Цезарь: «Гражданская война»; 111). Ахилла попытался овладеть гаванью, где стояло множество кораблей, и таким образом лишить Цезаря подвоза продовольствия. Цезарь принужден был, отражая опасность, устроить пожар (Плутарх: «Цезарь»; 49). Он сжег все египетские корабли, вместе с теми, которые находились в доках, так как не мог охранять такого большого района малыми силами (Цезарь: «Гражданская война»; 111) Распространяясь со стороны верфи, пожар уничтожил огромную Александрийскую библиотеку (Плутарх: «Цезарь»; 49). Часть солдат Цезарь послал захватить Фаросский маяк и узкий вход в гавань, чтобы подкрепления и провизия могли безопасно подходить к нему морским путем (Цезарь: «Гражданская война»; 112).
В последующие дни Цезарь расширил и укрепил свои позиции в прибрежной части города. Солдаты строили шанцы, насыпали рвы и пробивали тараном проходы в стенах домов. Тем временем младшая сестра Клеопатры, Арсиноя, попыталась захватить власть. Она приказала убить Ахиллу и поставила во главе eгипетского войска своего воспитателя, евнуха Ганимеда. Впрочем, в положении Цезаря это ничего не изменило, так как Га-нимед руководил военными действиями с такой же бдительностью, как Ахилла. Прежде всего, он попробовал отнять у Цезаря воду. Так как собственных источников в Александрии не было, город снабжался по водопроводу нильской водой. Ганимед приказал заложить подземные каналы и пустить в водопроводы нижней части города морскую воду. Но все усилия египтян пропали даром: обнаружив, что вода в водопроводах испорчена, Цезарь приказал рыть колодцы и вскоре имел в своем распоряжении достаточно хорошей воды.
На помощь осажденным в Александрию переправился еще один легион с большим запасом продовольствия. Это обстоятельство направило энергию Ганимеда в другую сторону. Понимая, что сохранивший контроль над портом и господствовавший на море Цезарь будет постоянно наращивать силы, он приказал собирать ото всюду корабли и готовиться к морскому сражению. Лучшая часть египетского флота была уже сожжена Цезарем, но александрийцы свели к городу сторожевые корабли, а также отремонтировали несколько старых и вскоре имели в своем распоряжении около тридцати судов — примерно столько же, сколько у римлян. Узнав об этом, Цезарь решил не избегать морского сражения: он объехал со своим флотом Фарос и напал на египтян в гавани Эвносте. Успех сопутствовал ему и здесь: римляне захватили два корабля, а три потопили — остальные поспешно отступили к Фаросу под защиту своих солдат.
Видя это, Цезарь решил овладеть Фаросом. Сам он напал со своим флотом на одну часть острова, а на другую переправил с дамбы десять когорт. После упорного боя большинство защитников острова бежало, а 6000 из них сдались в плен. На следующий день римляне захватили и мост, соединявший остров с городом. Проход для кораблей Цезарь велел завалить камнями и таким образом запер египетский флот в гавани. Египтяне немедленно попытались отбить такую важную позицию. Часть из них высадилась с кораблей в тылу у римлян, и затем мост был атакован с двух сторон. Легионеры не выдержали натиска и бежали к кораблям, но многие из них были перебиты или утонули («Александрийская война»; 1, 4, 9, 10; 12, 13, 16-20). Сам Цезарь сел в ближайшую лодку, однако вскоре сообразил, что из-за множества спасающихся она непременно утонет. Тогда он прыгнул в воду и с немалым трудом доплыл до кораблей. Египтяне пускали в него стрелы, и Цезарю приходилось все время нырять, но он все же не выпустил из рук своих записных книжек (Плутарх: «Цезарь»; 49). Пурпурный плащ его остался в руках врагов, и они повесили его как трофей (Аппиан: 14; 90).
Возвратившись во дворец, Цезарь отпустил царя Птолемея, который был в плену у римлян с самого начала войны. Он надеялся, что юноша заключит с ним почетный мир, но тот вместо этого стал во главе египетской армии. Впрочем, как показало дальнейшее, он сделал это на свою беду. На помощь Цезарю уже шло большое войско под командованием Митридата (будущего Боспорского царя). Митри-дат с ходу взял Пелусий и устроил свой лагерь на берегу Нила. Царь Птолемей выступил против него со всей египетской армией. Узнав об этом, Цезарь тоже погрузил свои легионы на корабли и благополучно соединился с подошедшим ему на выручку войском.
Птолемей поставил лагерь на высоком, укрепленном самой природой месте. Не взирая на это Цезарь начал его штурм. Римляне бились с большим ожесточением, но долгое время не могли преодолеть вражеских укреплений — египтяне сражались упорно и наносили им большие потери. Вскоре Цезарь заметил, что вражеский отряд, защищавший господствовавшую над лагерем высоту, увлеченный боем, покинул свои позиции. Он немедленно отправил туда три отборные когорты во главе с Карфуленом. Карфулен захватил высоту, а затем атаковал с нее растерявшихся египтян. Эта атака решила исход войны. Враги обратились в бегство. Птолемей пытался спастись на корабле, но тот был сильно перегружен и утонул.
Воодушевленный этой внезапной и скорой победой, Цезарь с конницей поспешил ближайшим сухим путем в Александрию и победоносно вступил в город. Египтяне при его приближении сложили оружие и оделись в одежды молящих о милосердии. Цезарь принял их капитуляцию и обошелся с побежденными как всегда великодушно. На царский престол он возвел Клеопатру, которая к этому времени сделалась его любовницей, и ее младшего брата («Александрийская война»; 24, 27, 28, 31). Отдыхая после трудов, Цезарь совершил вместе с Клеопатрой плаванье вверх по Нилу на 400 кораблях, предаваясь любовным наслаждениям (Ап-пиан: 14; 90). Не раз он пировал до рассвета на ее корабле с богатыми покоями, а позже признал своим родившегося у царицы сына (Све-тоний; «Юлий»; 52).
Покончив со всеми делами, Цезарь отправился сухим путем в Сирию. Он уже знал, что ему предстоят новые войны. Фарнак, царь Боспора и прежний союзник Помпея, захватил Малую Армению, изгнал из Каппадокии царя Арио-барзана и напал на царя Галатии Дейотара. Когда же против него выступил Домиций, которому Цезарь поручил управление Азией, он и ему нанес поражение. После этого Фарнак вернул себе Понт — царство его отца Митридата, и провозгласил себя царем Азии. В то же время пришло известие, что Африка стала оплотом помпеянцев, а в Испании взбунтовались находившиеся там легионы, и провинция эта вновь отпала от Цезаря. Доходили вести и о глухом брожении италийских легионов, а также о беспутном поведении Антония, которого Цезарь оставил вместо себя в столице.
Цезарь понимал, что все это требует его личного присутствия в Риме, но решил предварительно так устроить те провинции и местности в Азии, которые он собирался посетить, чтобы они освободились от внутренних раздоров, подчинились бы римским законам и управлению и перестали бы бояться внешних врагов. Побывав почти во всех значительных городах, Цезарь определил людям, оказавшим ему услуги, награды от имени государства и от себя лично, произвел расследования и вынес приговоры по прежним местным тяжбам; соседним с Сирией царям, тиранам и династам, которые все поспешили к нему, он обещал свое покровительство, и они простились с ним, полные дружественных к нему и к римскому народу чувств.
Затем он посетил Киликию, Каппадокию и Галатию, собирая силы для борьбы с Фарнаком. Легионы, которые ему удалось стянуть к себе, были весьма посредственными. Из старых его частей с ним был только один 6-й легион (в котором к этому времени осталось не более тысячи человек), два легиона он сформировал из разбитого войска Домиция, и один легион дал ему царь Галатии Дейотар. С этими силами Цезарь вступил в Понт. Фарнак ожидал его на одном из высоких холмов вблизи города Зелы. Цезарь занял холм поблизости и стал устраивать здесь лагерь. Внезапно он увидел, что Фарнак вывел свое войско из лагеря и повел на штурм его позиции. Эта внезапная атака, противоречащая всем канонам военной науки, застала Цезаря врасплох. Он бросился поспешно строить свои легионы, началась суматоха, которая едва не переросла в панику. Но все же римляне удержались на вершине холма, а затем на правом фланге 6-й легион начал теснить противника. На крутом склоне отступление понтийцев превратилось в беспорядочное бегство, так что на плечах врагов римляне ворвались в лагерь Фарнака и захватили его. Все его огромное войско было либо перебито, либо сдалось, он сам спасся бегством вместе с немногими всадниками («Александрийская война»; 34, 40, 65, 66, 69, 72-76). Передают, что по поводу этой внезапной и, против бжидания, легкой победы. Цезарь сказал: «О, счастливый Помпей! Так, значит, за то тебя считали великим и прозвали Великим, что ты сражался с такими людьми при Митридате, отце этого человека!» В Рим Цезарь послал следующее донесение: «Пришел, увидел, победил» (Аппиан: 14; 91). Всю военную добычу Цезарь подарил солдатам. Вместо Фарнака он сделал царем Боспора Митридата, оказавшего ему большую помощь в Египте, а сам поспешно двинулся в Европу («Александрийская война»; 78).