Подготовка процесса и сам процесс проходили под личным руководством Ленина. После ареста значительной группы крупных русских ученых, деятелей культуры — географа проф. В. Н. Таганцева, химика проф. М. М. Тихвинского, профессоров Д. И. Шаховского, Н. И. Лазаревского, С. А. Ухтомского, В. М. Козловского, поэта Николая Гумилева и многих других — перед Лениным ходатайствуют об их освобождении геологи, Русское физико-химическое общество. В числе расстрелянных, вместе с теми, кого называли «наиболее опасными», «руководителями заговора», были профессор Тихвинский и поэт Николай Гумилев. За них особенно ходатайствовали перед Лениным. За М. Тихвинского — ибо он был выдающимся химиком и старым большевиком, отошедшим от партии до революции, за Н. Гумилева — ибо он был одним из самых больших поэтов России.

После казней родились легенды о вмешательстве Ленина в пользу Тихвинского и Гумилева, о недошедших вовремя распоряжениях, о самоволии чекистов. С. Либерман рассказывает, что Л. Красин ужаснулся, узнав о расстреле проф. Тихвинского: «Они его убили вопреки обещанию Ленина, — воскликнул Красин. — Но ведь это невозможно! А, может быть, он все знал... и революция имеет свои непреложные законы? В таком случае, куда все это нас заведет? Ведь Владимир Ильич очень любил Тихвинского, был с ним на ты...». Красин, хорошо зная Ленина, подозревал, что тот «все знал». В опубликованной переписке Ленина есть его «резолюция» по делу М. Тихвинского: «Тихвинский не «случайно» арестован: химия и контрреволюция не исключают друг друга». На вопрос человека, пришедшего к Дзержинскому просить пощадить Гумилева: «Можно ли расстрелять одного из двух-трех лучших поэтов России?» председатель ВЧК ответил: «Можно ли делать исключение для поэта, расстреливая других?»

Химия не исключала контрреволюции, поэзия не исключала контрреволюции. Более того, они казались — и химия, и поэзия — контрреволюционными сами по себе. Наука, поэзия, интеллигенция — были контрреволюцией.

Процесс «Петроградской боевой организации» был последним большим процессом, организованным ВЧК. Декретом ВЦИК от 6 февраля 1922 года ВЧК и ее местные органы были «упразднены», то есть их функции были переданы Государственному политическому управлению (ГПУ), созданному в составе народного комиссариата внутренних дел РСФСР. После создания СССР ГПУ превращается в объединенное государственное политическое управление (ОГПУ) . Два слога, страшные и патетичные для любого гражданина, пережившего годы революции, два слога, предшествовавшие «маме», ибо ими пугали в колыбели, как некогда «букой», и сопровождавшие несчастливцев даже после смерти, вплоть до выгребной ямы, два простейшие слога, которые запамятовать не дано никому», эти два слога — ЧЕ-КА, были заменены тремя: ГЕ-ПЕ-У. Вскоре и эти три слога станут вызывать не меньший страх, чем прежние два. Назначение председателя ВЧК Ф. Дзержинского председателем ГПУ, потом ОГПУ, подчеркивало неизменность роли и характера Органов.

Процесс эсеров, начавшийся в июне 1922 года, был первым большим показательным процессом, организованным ГПУ. Для Горького, находившегося на Западе, процесс социалистов-революционеров представлялся актом борьбы с интеллигенцией. В письме Рыкову (Ленин скажет: «поганое письмо Горького») М. Горький ставит процесс в ряд действий, направленных на «истребление интеллигенции в нашей безграмотной стране». В дни, когда начался процесс эсеров, был утвержден приговор по делу «о сокрытии церковных ценностей». Из обвиняемых по делу эсеров (все обвинения были связаны с их деятельностью до 1919 года, амнистированной 27 февраля 1919) к смертной казни было приговорено 12 человек, но «исполнение приговора» суд «приостановил».

Политические процессы были лишь частью войны против интеллигенции, ожесточившейся в связи с тем, что, как констатировал ЦК: «...Выявилось в первые месяцы 1922 г. оживление деятельности остатков старой буржуазной интеллигенции». Это «оживление буржуазной идеологии» проявлялось в открытии — разрешенных законом — частных издательств, в возобновлении выпуска журналов «Былое», «Голос минувшего», «Экономист», «Право и жизнь».

«Вредные тенденции» обнаруживаются на съезде агрономов (март 1922 года): профессора-аграрники и экономисты выступают за абстрактную надклассовую законность»; на съезде врачей: наркомздрав Семашко доносит Ленину, что врачи «восхваляли земскую медицину», требовали демократию и право издавать собственный печатный орган. «Антисоветские партии, — говорит об этом периоде историк ВЧК-ГПУ, — действуя через интеллигенцию (профессуру, специалистов, литераторов), вели работу среди учащейся молодежи, мелкобуржуазных и обывательских элементов, создавали опорные пункты в высшей школе, в печати, литературных кругах, кооперации...»

В марте 1922 года Ленин пишет статью «О воинствующем материализме», в которой «первенствующей обязанностью коммуниста» объявляет «систематическую, наступательную борьбу с буржуазной идеологией, с философской реакцией, со всеми видами идеализма и мистики». В письме к председателю ГПУ Дзержинскому от 19 мая Ленин переводит философские термины на «разговорный» язык, он называет интеллигентов, «профессоров и писателей»: «явными контрреволюционерами, пособниками Антанты, шпионами, растлителями молодежи».

«Профессоров и писателей» арестовывали, судили, расстреливали. Они умирали с голоду. «В истории Академии наук, — замечает исследователь, — было, кажется, три главных моровых полосы 1918—1923; 1929—1931; 1936—1938». Особенность первой из них в том, что крупнейшие русские ученые умирали от голода и холода. Историк цитирует некрологи, публиковавшиеся в «Известиях Российской Академии Наук». В некрологе по поводу смерти историка A. С. Лаппо-Данилевского, наступившей 7 февраля 1919 года, отмечается, что «с конца мая 1918 г. это уже седьмая жертва, вырванная смертью из среды действительных членов Академии». Если учесть, что в это время Академия Наук насчитывала чуть больше 40 академиков, размеры катастрофы будут очевидны. Тем более, что ученые продолжали гибнуть. Умирает основатель гидро– и аэродинамики B. А. Жуковский, крупнейший востоковед Б. А. Тураев, выдающийся математик А. М. Ляпунов, замечательный языковед А. А. Шахматов, виднейший богослов И. С. Пальмов и многие другие. Подписанный Лениным в 1921 году декрет «о создании благоприятных условий для научной работы» академику Павлову имел целью спасти единственного русского лауреата Нобелевской премии, и еще больше подчеркивал трагическое положение русской науки.

19 мая в письме Дзержинскому Ленин предлагает «тщательно подготовить» новую репрессивную меру, направленную против интеллигенции: «высылку за границу писателей и профессоров, помогающих контрреволюции».

В мае 1922 года Ленин знакомится с проектами первого советского уголовного кодекса — УК РСФСР. Он настаивает на необходимости «открыто выставить принципиальное и политически правдивое (а не только юридически-узкое) положение, мотивирующее суть и оправдание террора, его необходимость, его пределы. Суд должен не устранить террор; обещать это было бы самообманом или обманом, а обосновать и узаконить его принципиально, ясно, без фальши». Он настаивает на «расширении применения расстрела», по отношению «ко всем видам деятельности меньшевиков, с.-р. и т. п.». Но главный вклад вождя революции заключался в формулировке статьи о «пропаганде или агитации». Ленин предлагает неизвестную ранее юридический науке формулу: «Пропаганда или агитация, объективно содействующая той части международной буржуазии, которая не признает равноправия приходящей на смену капитализма коммунистической системы собственности и стремится к насильственному ее свержению, путем или интервенции, или блокады, или шпионажа, или финансирования прессы и т. под. средствами, караются высшей мерой наказания, с заменой, в случае смягчающих вину обстоятельств, лишением свободы или высылкой за границу».

Ленин вводит понятие «объективной помощи» международной буржуазии. Тем самым, пишет польский философ Лешек Колаковский, Ленин «заложил основы законодательства присущего тоталитарной системе, отличающегося от законодательства деспотической системы». Характерная черта деспотизма — суровость законодательства, характерная черта тоталитаризма — фиктивность законодательства. Ленин включает в уголовный кодекс статью, наказывающую смертью (при отсутствии смягчающих обстоятельств) за высказывание взглядов, которые могут «объективно помогать» буржуазии. Это значит, что власть может убивать, кого захочет, кто ей не нравится (или, применяя смягчающие обстоятельства ограничиваться тюрьмой, лагерем, высылкой). Следовательно — закон не существует, уголовный кодекс не существует.