Лагеря пополнились в 1939—1941 годах в результате «чисток» на вновь присоединенных к СССР землях — в Западной Украине и в Западной Белоруссии, в Литве, Латвии и Эстонии, в Бессарабии и Северной Буковине.

В 1939—1942 годах в Сибирь и на Урал было депортировано 1 080 тысяч поляков, граждан Польши. Их вывезли вскоре после подписания советско-германского пакта о разделе Польши.

Данные о том, сколько поляков было послано в ссылку, а сколько в исправительно-трудовые лагеря (ИТЛ) расходятся. По ранним сведениям в ИТЛ попало 200 тысяч польских граждан. По сведениям, собранным известным английским исследователем Робертом Конквестом в ИТЛ попало 440 тысяч поляков, остальные 620 тысяч были либо в лагерях для военнопленных, либо на поселении.

200 тысяч человек были депортированы из Прибалтики, то есть 4% от всего населения трех прибалтийских государств, составляющего 5 миллионов. Из них попали в ИТЛ от 50 до 60 тысяч. 200 тысяч были вывезены из Бессарабии накануне нападения Германии.

Попали в ИТЛ и немцы — как представители враждебной национальности, а позднее часть кавказцев, калмыков и крымских татар, депортированных в 1943—1944 годах.

Лагеря пополнялись и осужденными по Указу от августа 1932 года за расхищение социалистической собственности, то есть за кражу буханки хлеба, пары обуви или пары белья, но часто за подобранные в поле после уборки урожая колоски или картошку.

Среди тех, кем пополняли лагеря во время войны, были новые категории: так называемые распространители слухов и сеятели паники, граждане, не сдавшие радиоприемники. С конца лета 1941 года в лагерях появились так называемые окруженцы, то есть те, кто из-за ошибок командования и превратностей войны попал в окружение, а потом чудом оттуда выбрался. Как правило, все вышеперечисленные категории получали по 10 лет исправительно-трудовых лагерей. После битвы под Москвой в лагеря были посланы те жители Москвы, которых подозревали в том, что они остались в городе, не бежали и не эвакуировались в организованном порядке, так как, якобы, дожидались прихода немцев.

Позднее появились лица, сотрудничавшие с врагом — бургомистры, старосты, полицаи, члены националистических организаций, власовцы, немецкие и японские военные преступники. По отношению к последним категориям применялся указ 1943 года о смертной казни через повешение или о ссылке на каторгу.

Их посылали на 17-ю шахту в Воркуте, позднее в Норильск и в Джезказган. Они были фактически лагерями уничтожения. Жизнь заключенных была настолько ужасной, что в Норильске, например, были случаи, когда заключенные предпочитали смерть под колесами вагонов, перевозивших руду, своему страшному существованию.

По подсчетам исследователей, только в 1939—1941 годах в лагерях умерло 1,8 миллиона заключенных.

Заинтересованный в создании на Западе представления о Советском Союзе как о гуманном государстве, Сталин разрешил вице-президенту США Генри Уоллесу посетить в 1944 году столицу Колымского края Магадан. Вместе с ним был профессор О. Латтимор, известный специалист по дальневосточным проблемам.

Уоллес, сообщает Конквест в своей книге, пришел в восторг от того, что он увидел. И было от чего прийти в восторг. Ему показали молочные фермы, теплицы для выращивания овощей, рукодельные изделия. По указанию из Москвы начальник Дальстроя Никишев, прославившийся зверской эксплуатацией заключенных, во времена царствования которого заключенные мерли, как мухи, устроил грандиозный прием в честь незадачливого вице-президента США. На время посещения Уоллеса заключенных заперли в бараках, сняли сторожевые вышки. Роль заключенных сыграли сотрудники и сотрудницы ГУЛага, приведшие своим здоровым видом в восторг американских гостей. Уоллес и Латтимор по возвращению в США создали рекламу убийце Никишеву, НКВД и советской общественной системе. Позднее, когда Уоллес выставил свою кандидатуру на президентских выборах против Трумэна, советская печать выражала самые дружественные чувства к Уоллесу. По счастью он не был избран президентом США.

24 сентября 1941 года германским верховным командованием был утвержден новый план наступления на Москву, получивший кодовое наименование «Тайфун». Германская стратегическая идея заключалась в том, чтобы вести непрерывное наступление от Смоленска до Москвы и взять столицу СССР с ходу. Операция была поручена армейской группе «Центр», которой командовал генерал фон Бок. В его распоряжении было более 1 млн. солдат: 44 пехотных дивизий, 8 моторизованных пехотных дивизий, 14 танковых дивизий — 1700 танков, свыше 14 тыс. орудий и минометов, 950 боевых самолетов. Советские силы под Москвой насчитывали 95 дивизий, 6800 орудий и минометов, 780 танков и 545 самолетов. Общее немецкое превосходство было: в танках и артиллерии более чем в два раза, в авиации — почти в два раза.

Немецкое наступление началось 30 сентября, а 2 октября советский фронт был прорван в нескольких местах. В результате, главные силы советского Западного и Резервного фронтов оказались окруженными в районе Вязьмы. «К моменту прорыва немецких танковых соединений через вяземский рубеж, на всем пространстве до Можайской линии обороны не было ни промежуточных оборонительных рубежей, ни войск, способных задержать наступление рвавшихся к Москве танковых групп противника», — сообщается в советской официальной истории войны. 14 октября сопротивление советских войск в вяземском «котле» было сломлено. Здесь погибла лучшая часть московской интеллигенции, находившаяся в дивизиях народного ополчения. Многие из них даже не успели научиться стрелять. Для них это была не битва, а мясорубка. Особенно тяжело сложилась судьба пленных ополченцев-евреев. Почти все были уничтожены по расовому признаку. Чудом уцелели лишь единицы. Гибель необученного московского ополчения, посланного командованием для отражения удара кадровой немецкой армии, остается одной из самых трагических страниц истории Отечественной войны 1941—1945 годов.

По немецким данным (советские источники о потерях не сообщают) немецкая армия взяла в плен под Вязьмой 663 тыс. человек, захватила 1242 танка и 5412 орудий.

Слухи о поражении под Вязьмой распространились по Москве утром 15 октября. Были отданы приказы о немедленной эвакуации военных и гражданских учреждений. Считалось возможным, что немцы достигнут Москвы в течение 24 часов. Железнодорожные станции были забиты людьми, которые эвакуировались вместе со своими предприятиями. Но было и много «неорганизованного» люда, который хотел покинуть Москву до прихода немцев. Все дороги в восточном направлении были запружены транспортом и пешеходами. Многие покидали столицу с рюкзаками за плечами. Это был самый настоящий исход. Московские власти оказались парализованными. Кое-где в предместьях Москвы появились мародеры. Паника достигла кульминационного пункта 16 октября. Были случаи, когда военнослужащие спешили переодеться в гражданское платье. Верующие молились. Были люди, считавшие, что все потеряно и человеческая цивилизация обречена. Вынужденные признания о панике, царившей в Москве, были сделаны в официальном издании спустя 25 лет после окончания войны.

19 октября в Москве было объявлено осадное положение. Оборона столицы на дальних подступах к ней была поручена командующему Западным фронтом генералу армии Г. К. Жукову.

В преддверии нового германского удара командование спешно подводило резервные дивизии к столице. Новое немецкое наступление началось 15—16 ноября. Немецкие вооруженные силы сохраняли превосходство над советскими на московском направлении по артиллерии в 2,5 раза, по танкам в 1,5 раза. Но на этот раз советская боевая авиация превосходила немецкую в 1,5 раза: английский и американский союзники прислали значительное число самолетов, танков и другого вооружения.

Начались ожесточенные бои. Несмотря на большие потери, немцы продвигались вперед по направлению к Москве. Советские солдаты дрались отчаянно, отстаивая каждую пядь земли. Было немало примеров героической борьбы советских солдат на подступах к Москве, например, подвиг 33 солдат из дивизии генерала Панфилова, остановивших на разъезде Дубосеково наступающие немецкие танки ценою своей жизни.