На следующий день, 3 июня, Микоян и Козлов выступили по городскому радио. Теперь зазвучали обычные нотки: события спровоцированы врагами, враги будут наказаны. Разрывные пули советской армией не применяются, ими стреляли «враги». Здесь Микоян не ошибся: приказ стрелять в народ был отдан действительно его врагами — партийно-бюрократической верхушкой в Москве. Был или не был лично причастен к этим событиям Н. С. Хрущев, он, как глава партии и правительства, нес за расстрел в Новочеркасске персональную ответственность. Новочеркассцы были наказаны: никто из раненых и увезенных в госпитали домой не возвратились, а их семьи были высланы в Сибирь. Над участниками событий (их фотографировали сотрудники КГБ во время демонстраций) был устроен ряд закрытых судов и два показательных открытых процесса, на которых 9 мужчин были осуждены к смертной казни и две женщины к 15 годам лагерей. Никто из убийц наказан не был.

В то же время повышение цен на продукты в Новочеркасске было оттянуто на некоторое время. Пустовавшие полки продовольственных магазинов заполнились разнообразными продуктами — обычный прием, к которому прибегают власти в СССР, чтобы успокоить недовольных на время, пока их не выявили и не пересажали. В августе 1962 года на пленум Ростовского обкома КПСС прибыл член Политбюро Кириленко. Бывшие первый и второй секретари Новочеркасского горкома не были избраны в новый состав Ростовского обкома КПСС. На том наказание виновных и закончилось.

Новочеркасск не был единственным городом, где происходили волнения. Они были тем же летом 1962 года в Кемерово. Поводом была нехватка продовольствия. Волнения сопровождались демонстрациями и опустошением продовольственных магазинов.

Руководство не прошло мимо этих событий. Секретное постановление Совета Министров СССР от 10 августа 1962 года требовало большей заботы о рабочих, тактичного отношения к ним. В постановлении обращалось также внимание и на другую причину недовольства рабочих: незаконные отказы со стороны администрации выдать рабочим, пожелавшим уйти с производства, их трудовые книжки, без которых они не могли поступить на работу.

В печати началась очередная кампания за большее внимание к нуждам трудящихся.

В то же время были усилены и предупредительные меры. Во многих республиках МВД были преобразованы в Министерства охраны общественного порядка (МООП) и милиция вооружена. Вновь открыто были введены наказания за политические преступления, именуемые антисоветской пропагандой (ст. 70 Уголовного кодекса СССР). Такого рода процессы прошли в 1963 году во многих городах страны, включая Минск, Омск, Ленинград.

В 1963 году продовольственное положение в стране ухудшилось в связи с засухой. Во многих городах стал ощущаться недостаток хлеба, возникли очереди. В ряде городов произошли забастовки и волнения.

Как это часто бывает, предлогом для волнений было случайное происшествие. В один из дней июня 1963 года в г. Кривой Рог произошло столкновение между милиционером и солдатом, которому милиционер приказал прекратить курение в городском автобусе. Столкновение окончилось тем, что милиционер застрелил солдата. Когда товарищи солдата узнали об этом, они ворвались в город и убили семерых милиционеров. Затем военные власти установили контроль над городом и ввели осадное положение.

Забастовки у рабочего места, митинги и уличные демонстрации происходили в то время в Грозном, Краснодаре, Донецке, Ярославле, Муроме, Горьком и даже в Москве на автомобильном заводе «Москвич».

В Грозном, например, возникли волнения на ряде заводов в связи с нарушением администрацией рабочего законодательства, касающегося сверхурочной работы и перерыва на отдых.

Чехарда с реорганизациями, кризис сельскохозяйственной политики, осложнения в отношениях с Китаем и с Соединенными Штатами Америки поддерживали в высших кругах неосталинистские настроения. Почти открыто высказывались мнения, что деятели так называемой «антипартийной группы» Маленкова-Молотова, предостерегавшие от поспешных и необдуманных шагов, были правы.

«Рязанское чудо» и кризис на Кубе основательно подорвали репутацию главы государства. В этих условиях Хрущев решил вернуться к борьбе с последствиями «культа личности», так как именно в этой области у него были крупные козыри против Маленкова, Молотова и Кагановича.

В октябре 1961 года XXII съезд КПСС напомнил не только о преступлениях Сталина, но и о соучастии в них Молотова, Кагановича, Маленкова и Ворошилова. В газетах были опубликованы документы о смертных приговорах не только «врагам народа», но и их женам. На документах стояли подписи Молотова, Кагановича и других. На самом съезде были выступления, развенчивавшие Жданова. По предложению Московской партийной организации тело Сталина было вынесено из Мавзолея и похоронено в отдельной могиле у Кремлевской стены. Для большинства делегатов съезда это было полной неожиданностью. Среди делегатов, принадлежавших к поколению, сделавшему карьеру в 30-е годы во время террора, царило почти открытое недовольство: партийные аппаратчики не знали, каковы планы Хрущева и как далеко он пойдет на этом новом этапе борьбы против сталинизма. В кулуарах XXII съезда было положено начало заговору против Хрущева, охватившего довольно влиятельный слой партийных чиновников. Вдохновителем заговора был секретарь ЦК по идеологическим вопросам М. А. Суслов. Начался фактический саботаж мероприятий по десталинизации.

На XXII съезде Хрущев, памятуя, очевидно, о том, что произошло после XX съезда, решил закрепить организационно так называемое возвращение к ленинским нормам. По его предложению были изменены Устав и Программа партии. Согласно новому уставу на очередных выборах партийных органов нужно было менять их состав на одну треть. Таким образом, Хрущев приобрел оружие, с помощью которого он мог манипулировать партийным аппаратом, избавляясь законным путем от неугодных ему работников.

Хрущев, впрочем, как и большинство советских лидеров, переоценивал значение персонального воздействия на ход дел. Признавая на словах наличие объективных процессов, существующих в обществе, на деле советские лидеры постоянно грубо вторгались в естественный ход дел ради того, чтобы достигнуть однодневного успеха. В результате то в одной, то в другой сфере общества возникало напряжение, которое одними перестановками или созданием новой бюрократической структуры разрешить было нельзя. Однако Хрущев просто не знал и не понимал других методов. Видя, что, несмотря на все реформы, дело в области экономики после некоторого подъема в 1958—1959 годах начало снова ухудшаться, он решил, что необходимо разделить партийные органы на две части: одна для руководства сельским хозяйством, другая — для руководства промышленностью. В конце 1962 года областные и районные партийные организации были разделены по этому принципу. Подобным же образом были разделены областные органы власти.

В районах вместо райкомов были созданы территориальные колхозно-совхозные управления, а их партийные комитеты наделены функциями райкомов партии. На республиканском и на союзном уровне были созданы бюро ЦК по промышленности и по сельскому хозяйству. Фактически Хрущев разделил партию на две части.

Разделением партийных организаций был недоволен партийный аппарат на всех уровнях, возникло соперничество между руководителями областных партийных и советских органов, которое в будущем могло привести к дезинтеграции власти. Секретари обкомов были против этой реформы: они были против реформ вообще. Хрущев с его неугомонным характером и жаждой реформаторства не давал им жить спокойно, а они желали равновесия, устойчивости.

Высшие партийные чиновники кое-как примирились с отменой системы «пакетов», то есть необлагаемых налогом денежных надбавок к жалованью, но они не могли и не хотели примириться с состоянием неустойчивости.

Но не только высшая партийная бюрократия была недовольна политикой Хрущева. Она вызывала чувство протеста и сопротивления в самых различных слоях общества, так или иначе ущемленных реформаторством Хрущева.