Власть на местах должна была стать прочной опорой правления Хрущева. Его личный опыт работы долгие годы на Украине подсказывал, что необходимо дать инициативу местным работникам, директорам предприятий для решения проблем местного или республиканского характера. Были образованы министерства нефтяной промышленности в Азербайджане, министерство цветной металлургии в Казахстане, ряд отраслевых министерств на Украине.
К исходу 1956 года столкновения между Хрущевым и большинством Президиума ЦК обострились. Хотя поводом для обострения были разногласия по поводу управления экономикой страны, в основе столкновения лежали недавние события в Венгрии, где рабочие советы на предприятиях стали как бы зародышем новой власти. Для сталинской когорты курс на децентрализацию и некоторую самостоятельность от центральной власти был как бы отзвуком того, что произошло в Венгрии.
На пленуме ЦК КПСС в декабре 1956 года был подвергнут критике слабый контроль центральных министерств над республиканскими и над отдельными предприятиями. И хотя пленум указал на необходимость расширения прав республик в области промышленности, в то же время он высказался за усиление работы министерств в районах расположения отдельных отраслей национальной экономики. Хрущев, однако, скоро добился реванша — на февральском пленуме ЦК 1957 года была принята резолюция в пользу руководства промышленностью на базе территориального принципа и по определенным районам.
В мае 1957 года был принят закон о создании на местах советов народного хозяйства (совнархозов), которым надлежало ведать экономикой в своем регионе и заботиться также о развитии местных ресурсов и местной промышленности, как то делали совнархозы 20-х годов. Всего по стране было создано 105 совнархозов, из них 70 в РСФСР, 9 в Казахстане, 11 на Украине, 4 в Узбекистане. В остальных республиках было создано по одному совнархозу. В этих республиках председателем совнархоза стал председатель Совета министров. Теперь Госплан СССР отвечал только за общее планирование и координацию планов, за распределение между республиками важнейших фондов. Госэкономкомиссия была упразднена. Центральные министерства, ведавшие производством вооружения, полностью сохранили свои функции.
Организация совнархозов была встречена с явным неодобрением столичной бюрократией, привыкшей не только к власти, но и к удобствам проживания в Москве. Многим предстояло расстаться с насиженными местами и отправиться в провинцию. Бюрократия же на местах организацию совнархозов на первых порах поддержала, хотя и полагала, что может обойтись без посланных из Москвы «начальников».
Престиж Хрущева резко пошатнулся в центре, но поднялся в областях. Это временное изменение баланса сил стало решающим фактором в консолидации власти в руках Хрущева.
Расхождения во мнениях среди партийной верхушки затрагивали ряд существенных вопросов, но главным среди них оставался вопрос о характере власти. Противники Хрущева выступали за сохранение в руках руководства полного контроля и координации работы министерств. Они расходились с Хрущевым и в способах разрешения постоянных продовольственных затруднений, и в ряде проблем внешней политики.
Решение о совнархозах, затронувшее интересы могущественной московской бюрократии, было последним толчком к образованию широкой оппозиции Хрущеву в руководстве партии. Эта оппозиция возникла сразу же после отставки Маленкова с поста председателя Совета Министров и особенно после XX съезда КПСС. События лета-осени 1956 года в Восточной и Юго-Восточной Европе укрепили ряды оппозиции, которая начала упрекать Хрущева в авантюризме. Сигналом для выступления против Хрущева послужила его речь на митинге в Ленинграде, в мае 1957 года, в которой он выдвинул свой фантастический план догнать и перегнать Америку в короткий срок в производстве мяса, молока и шерсти.
В июне 1957 года на пленуме ЦК Хрущев столкнулся с организованной оппозицией. Подавляющее большинство членов Президиума ЦК было против его политики. Против Хрущева открыто выступили Молотов, Маленков, Каганович, Первухин и Сабуров. Их поддержал секретарь ЦК Шепилов. При голосовании за освобождение Хрущева от обязанностей первого секретаря вместе с оппозицией голосовали Булганин и Ворошилов. 7 голосами против 4 это решение было принято.
Однако Хрущев решил бороться. При помощи преданного партаппаратчика Капитонова, сделанного позже секретарем ЦК, министра обороны маршала Г. Жукова и председателя КГБ И. Серова на военных самолетах в Москву срочно были доставлены члены ЦК КПСС с мест. Они потребовали открыть пленум ЦК. Недельная дискуссия на пленуме (22—29 июня 1957 года) принесла победу Хрущеву. Основные противники Хрущева: Маленков, Молотов и Каганович, а также Шепилов — были объявлены антипартийной оппозицией, лишились всех постов.
Как это обычно бывает в истории, победитель спешил избавиться от своего наиболее могущественного союзника. В данном случае им был маршал Г. К. Жуков.
Хотя Жуков в награду за свое участие в разгроме «антипартийной оппозиции» и был сделан полным членом Президиума ЦК КПСС, но популярность Жукова среди народа, считавшего, что он спас Россию от немцев, не давала Хрущеву покоя. Он не мог забыть, что во время перепалки на заседании пленума ЦК Жуков, в ответ на гневную реплику Маленкова: «Может быть, вы танки двинете против нас?!», ответил уверенно: «Танки двинутся только по моему приказу». То были весьма необдуманные слова со стороны защитника Москвы и победителя Берлина. Если бы Жуков был более искушен в политике, то он, несомненно, сказал бы: «Танки двинутся только по приказу ЦК»... Жуков сам дал повод для будущего обвинения его в бонапартизме. Впрочем, если бы не эти злосчастные слова, то был бы найден и другой повод. Многие маршалы завидовали славе Жукова, и Хрущев использовал эту зависть. Карикатура, появившаяся в одной западноевропейской газете, ускорила развязку. На картинке был изображен Хрущев, устремленный вперед, а за ним, на небольшом расстоянии, уверенно шагающий Жуков. Под карикатурой подпись: «Оглянись, Никита, кто шагает за тобой...»
И Никита оглянулся. Разумеется, Хрущев знал, что Жуков далек от мысли стать диктатором. Но Хрущев не мог перенести популярности маршала, она заслоняла его собственную. Жуков, пока он был с Хрущевым в одной упряжке, закрывал возможность напомнить народу о заслугах Хрущева во время войны. Неслучайно поэтому через несколько лет в 1-м томе «Истории Великой Отечественной войны против гитлеровской Германии, 1941—1945», Жуков будет упомянут в негативном плане, как начальник генерального штаба, не принявший своевременных мер к предупреждению внезапного германского нападения, а во всех последующих томах не раз будет воздано «должное» военным талантам Н. С. Хрущева.
В октябре 1957 года, в то время как Жуков находился с визитом за границей, Хрущев собрал заседание Президиума ЦК для обсуждения опасности бонапартизма со стороны маршала Жукова. На резонно высказанное сомнение, не следует ли подождать возвращения Жукова в Москву, Хрущев ответил цинично: «Семеро одного не ждут». Жуков не только был выведен из ЦК КПСС, но смещен с поста министра обороны и уволен в отставку.
Итог борьбы Хрущева за должность Вождя был вскоре подведен: в марте 1958 года Булганин был освобожден от обязанностей председателя Совета Министров СССР. На его место был назначен сам Хрущев, объединивший в своих руках, как до него это сделал Сталин, а затем на короткий период Маленков, два ключевых поста в государстве: первого секретаря ЦК КПСС и председателя Совета Министров СССР.
Удаление бывших членов Президиума ЦК КПСС с их постов впервые в истории СССР не повлекло за собой их ареста. Это было что-то новое в опыте советской жизни и было признаком стабилизации положения высшей бюрократии, ее решимости не допустить возобновления практики сталинских времен и сохранить таким образом преемственность власти.
В конечном итоге традиционная тяга к централизму очень быстро дала себя почувствовать. Оказалось, что совнархозы отдельных областей занимаются главным образом местной промышленностью вместо того, чтобы направлять экономическое развитие региона в целом. Очень скоро, уже в 1959 году, начал происходить процесс, аналогичный укрупнению колхозов и совхозов: «маломощные» совнархозы начали присоединять к более крупным.