Через два года Мария Петровна вышла замуж за революционера-пропагандиста H. H. Богдановича, подвергалась неоднократным арестам, была заключена в Петропавловскую крепость и после освобождения долго состояла под надзором полиции. Изредка она встречалась с Ковалевским.

Издательские дела связали Ковалевского с выдающейся личностью — Николаем Александровичем Серно-Соловьевичем, другом и сподвижником Чернышевского. Это был человек, воодушевленный благородным стремлением бороться за свободу и просвещение народа. Серно-Соловьевич объездил крупнейшие страны Европы, понял, что на государственной службе он не сможет служить народу, и занялся частной деятельностью.

Обладая средствами, Николай Серно-Соловьевич вместе с братом Александром открыл на Невском проспекте, 24, в доме Петропавловской церкви, книжный магазин. В этом магазине можно было приобрести все издания, имевшие научное или общественное значение. Он снабжал провинциальных читателей книгами, среди которых нередко попадались и нелегальные.

Помощниками Серно-Соловьевича были лицеист А. А. Черкесов и помещик В. Я. Евдокимов, а в московском отделении — П. И. Успенский, образованные, говорившие на многих европейских языках люди.

В роли приказчиков выступали: писательница, переводчица Анна Николаевна Энгельгардт, жена профессора Артиллерийского училища, автора знаменитых «Писем из деревни», лицеист А. Рихтер и двоюродный брат Чернышевского Сергей Николаевич Пыпин. Часть денег на приобретение «товара» давали Александр Николаевич Пыпин, будущий академик, и писатель-шестидесятник Василий Александрович Слепцов.

За связь с Герценом Серно-Соловьевича в 1862 году арестовали и предали гражданской казни на Мытном рынке. Магазины его перешли к Черкесову и Евдокимову, и через них Владимир Онуфриевич сбывал свои издания.

У Сони Крюковской кружилась голова от обилия имен самых славных людей, о которых говорил Владимир Онуфриевич с присущим ему красноречием. Он знал их, он участвовал в поразительных событиях!

Да одна его поездка в армию Гарибальди, о военных действиях которой он писал в «Санкт-Петербургских ведомостях», чего стоила! Он был в главной квартире Гарибальди! Имел пропуск, с которым мог ходить между линиями даже во время драки, конечно, с риском быть подстреленным с той или другой стороны как шпион!

А как захватывающе рисовал Ковалевский их будущую жизнь, труд в науке! Соня верила: ничто так не могущественно, как наука, просвещение! Мрак жандармского произвола рассеется, сгинет перед непобедимым их светом.

Жизнь казалась такой неотразимо прекрасной, что Соня от нетерпения готова была даже бежать из родительского дома. Она чувствовала силу своего таланта.

Знакомство с сестрами Крюковскими воодушевило Ковалевского, он готов был, по его признанию, поверить в сродство душ, до такой степени быстро успели они сойтись и подружиться.

«Последние два года я от одиночества да и по другим обстоятельствам, — писал он Софье Васильевне, — сделался таким скорпионом и нелюдимом, что знакомство с вами и все последствия, которые оно необходимо повлечет за собою, представляются мне каким-то невероятным сном. Вместо будущей хандры у меня начинают появляться хорошие радужные ожидания, и как я ни отвык увлекаться, но теперь поневоле рисую себе в нашем общем будущем много радостного и хорошего. Право, рассуждая самым холодным образом, без детских увлечений, можно сказать положительно, что Софья Васильевна будет превосходным доктором или ученым по какой-нибудь из отраслей естественных наук; далее весьма вероятно, что Анна Васильевна будет талантливым писателем, что Надежда Прокофьевна (Суслова) и Мария Александровна (Бокова-Сеченова) будут отличными докторами, что Ив. М. Сеченов всегда останется (для одних) или сделается (для других) нашим общим другом, что я, Ваш покорный слуга, положу все силы на процветание сего союза; и сами представьте себе, какие блестящие условия для счастья, сколько хорошей и дельной работы в будущем».

Восторженно сливает он свои интересы с интересами новых друзей и просит смотреть на него не как на человека, оказывающего услугу, а как на товарища, стремящегося к одной с ними цели. Он нужен девушкам так же, как они ему. Они могут поручать ему все, что необходимо, так как он будет работать тут столько же для них, как и для себя лично.

Владимир Онуфриевич продумал и план побега, если не удастся брак; написал Евгении Егоровне Михаэлис, матери бывшей его невесты, что встретил удивительную девушку, которая хочет учиться, а родители ее не отпускают, и просил дать девушке приют в имении Михаэлис до отъезда за границу.

Евгения Егоровна охотно согласилась. Однако бегство не понадобилось.

Романтически настроенная Елизавета Федоровна противилась недолго. Ничего другого, как дать согласие, не оставалось и Василию Васильевичу. Правда, на предложение Ковалевского он ответил, что рад ему, что всегда подчинится желанию дочери, но что она еще ребенок и надо подождать. Он пригласил Ковалевского в деревню, чтобы лучше познакомиться. Владимир Онуфриевич засыпал своего брата Александра письмами о знакомстве с сестрами Крюковскими, о Соне:

«…Мой воробышек — такое чудное существо, что я описывать ее не стану, потому что, естественно, подумаешь, что я увлечен. Довольно тебе того, что Мария Александровна (великий женоненавистник) после двухкратного свидания решительно влюбилась в нее, а Суслова не может говорить, не приходя в совершенный восторг. Они виделись с ними кландестинно [тайно], т. е. они уезжали из дому под предлогом к всеношной и ехали к Сусловой, где мы сходились все. Несмотря на свои 18 лет, воробышек образована великолепно, знает все языки, как свой собственный, и занимается до сих пор главным образом математикой, причем проходит уже сферическую тригонометрию и интегралы, работает, как муравей, с утра до ночи и, при всем этом — жива, мила и очень хороша собой. Вообще это такое счастье свалилось на меня, что трудно себе представить».

Жених и невеста договорились, что в ноябре после свадьбы они уедут за границу, где Софья Васильевна «станет медицинским студентом и будет готовиться на доктора», а Владимир Онуфриевич займется геологией, физикой или ботаникой.

Если же дела Владимира Онуфриевича не позволят ехать осенью, то Соня будет учиться зиму в Петербурге — у Сеченова физиологии, у профессора В. Л. Грубера, весьма сочувственно относившегося к учащимся женщинам, — анатомии, и они уедут в марте будущего года. О средствах для жизни за границей Ковалевский не беспокоился, так как девушки располагали собственными деньгами, которые им давал отец.

Увлекся Соней Владимир Онуфриевич сильно, она тоже испытывала к нему большую симпатию. Но любовь, по ее убеждению, должна была отступить на задний план перед главным — наукой. Сначала надо выполнить долг общественный — получить образование, а потом думать о личных делах. Даже те часы свиданий, которые протекали в Петербурге в доме Шубертов, Соня проводила за книгами, заставляя сидеть за ними и Владимира Онуфриевича.

Они вместе занимались физиологией, прошли по Герману, Вундту и Людвигу кровообращение и дыхание. Из химии многое уже было ей известно, а физику она знала лучше, чем Ковалевский. Соня потребовала, чтобы Владимир Онуфриевич передал ей часть своей издательской работы, и редактировала главы из книги Дарвина тщательнее, чем он, пересмотрела и выправила по подлиннику пять листов перевода и даже взяла с собой в деревню еще пять листов, хотя столкнулась с такой работой впервые в жизни. Она могла сидеть за книгами по двенадцати часов, не разгибая спины, и работать так прилежно, как не способен был неусидчивый Владимир Онуфриевнч. Восхищала Ковалевского способность девушки быстро схватывать политические и экономические вопросы.

Брату он поверял свои надежды, что встреча с Софьей Васильевной сделает из него «порядочного человека»: он бросит издательство, будет учиться, на этом настаивает его невеста, «натура в тысячу раз лучше, талантливее и умнее» его.