Поднимаясь по сырдарьинской долине, корпус монгольских войск оказался в Ходженте, у входа в Фергану. Тамошний наместник, один из самых именитых тюркских вельмож того времени, Тимур-мелик (Железный царь) заперся с тысячью отборных воинов в возведенной посреди реки крепости. Видя его столь решительное настроение, осаждавшие подтянули подкрепление силой в 20 тысяч монгольских ратников и 50 тысяч пленных. «Сии последние, поделенные на отделения и роты, руководимые монгольскими офицерами, получили задание носить камни с горы, находившейся на удалении двенадцати километров, и бросать их в реку. Со своей стороны Тимур-мелик приказал построить двенадцать больших палубных баркасов. Несколько таких судов ежедневно подплывало к берегу (ширина Сырдарьи в Ходженте достигает 130 м), и стоявшие на них лучники обстреливали войско осаждавших». Но все кончилось тем, что доведенный до крайности Тимур-мелик сбежал с ближайшими соратниками, спустившись по Сырдарье на своих баркасах, которым удалось разорвать цепь, протянутую через реку возле Бенакета. Но ниже, возле Дженда, Чингисов сын снова перегородил Сырдарью, теперь уже понтонным мостом. Еще не доплыв до него, Железный царь высадился на левом берегу, сел на коня и во все поводья поскакал по Красным пескам, где монголы тщетно пытались поймать его.

Таким образом, можно сделать вывод: войско хорезмшаха недостатка в отваге не испытывало, но им плохо руководили, распыление армии на оборону отдельных крепостей обрекло ее на гибель.

В то время как сыновья Чингисхана и главные ратоводцы занимали один из другим города на Сырдарье, его младший сын Толуй и он сам во главе основных сил монгольской армии, покинув Отрар, двигались к Зеравшанской долине, являвшейся центром древней Трансоксианы.

Идя вдоль юго-восточной границы Красных песков, монгольские передовые отряды, ведомые Даир-баатуром, подошли к небольшому городу Нур-ата. Воспользовавшись ночной темнотой, монголы незаметно пересекли окружавшие городок сады и на рассвете уже стояли у его стен. Далекие от мысли о возможности появления монголов, обыватели приняли их за караван, но вскоре осознали ошибку и, понимая, что не способны на какое-либо сопротивление, открыли ворота войску. «Они вышли сами, унося свой земледельческий инвентарь и гоня перед собой домашний скот, после чего монголы разграбили их жилища. Чингисхан удовлетворился уплатой 1500 динаров, суммы, равной обычному налогу, взимавшемуся хорезмийскими властями».

В феврале 1220 года Завоеватель приблизился к Бухаре.

Бухара являлась одним из крупнейших городов мусульманского мира. Она состояла из трех частей: из крепости, окружность которой равнялась 1,5 километра; из собственно города, или шахристана; и пригорода, или рабада. В отличие от большинства городов, ее цитадель находилась не внутри, а за чертой города. Стоявший на холме шахристан, в центре нынешней Бухары, окружала стена, имевшая семь ворот: Базарные, Пряничные, Железные и т. д. Тут же находились мечети, которые были всегда полны верующих. Из наиболее известных назовем перестроенную в 1121 году кафедральную мечеть, а также возведенную за 100 лет до описываемых событий Пятницкую и мечеть Сирийскую. Рабад опоясывала своя собственная стена с одиннадцатью воротами.

Главные улицы города имели булыжную мостовую, что для исламских городов по тем временам было делом диковинным.

Вода поступала в город и предместья из Зеравшана по арыкам, главный из которых носил многозначительное для того засушливого края название: Руди-зар (Река, несущая золото). Поддерживаемая в отличном состоянии система шлюзов и водоемов обеспечивала бесперебойное водоснабжение в любое время года.

В пригородах каналы поили водой несметные сады, в которых имелось множество беседок и павильонов, служивших для увеселения горожан, что свидетельствует о несомненном богатстве того оазиса. Богатство же это в значительной степени создавалось ремеслами, в том числе ковроткачеством (вспомним знаменитые бухарские ковры). Между крепостью и центром города, близ Пятницкой мечети, находился ткацкий цех (каргах), продукция которого вывозилась в Сирию, Египет и Малую Азию. Рынки Бухары славились продававшимися на них медными изделиями, в частности лампами.

Подошедшего к Бухаре Чингисхана встретил гарнизон, состоявший из двадцати — тридцати тысяч тюрок-наемников. Обложив город со всех сторон, Завоеватель повелел штурмовать его трое суток без передышки. Следуя своему правилу, монголы поставили в первый ряд пленных.

К исходу третьего дня начальники гарнизона, одного из которых звали Инанч-хан Огул, потеряв уверенность в своих силах, договорились предпринять ночью общую вылазку, прорвать осаду и спастись бегством. Все шло хорошо, но монголы, спохватившись, бросились им вслед и настигли уже у Сырдарьи. Большая часть беглецов была истреблена.

Оставленные без защиты бухарцы решили капитулировать. Депутация, состоявшая из имамов и вельмож, вручила Темучжину свои условия сдачи. Монголы вошли в город в период между 10 и 16 февраля 1220 года. Четыре сотни тюрок еще находились в цитадели. «Монголы объявили, что все жители Бухары, способные носить оружие, должны были под страхом смерти в такой-то день приступить к засыпке рвов, окружавших крепость. Затем установили катапульты. Когда эти машины пробили брешь в стене, монголы ворвались в цитадель и не оставили в ней ни одной живой души».

После взятия крепости жителям города было приказано покинуть его, оставив все, кроме имевшейся на них одежды. Затем монголы приступили к грабежам, убивая всех, кто остался вопреки приказу.

Имам Али Занди, увидев, что Коран был брошен под ноги лошади, стал возмущаться, обращаясь к другому религиозному чиновнику, Рокнадцинуимамзадеху.

— Тихо! — прервал тот его. — Сие есть ветер Божьего гнева. Развеянным им соломинкам не остается ничего иного, как молчать!

А вот как народное воображение интерпретировало этот эпизод в одной романтической повести: «Оказавшись в городе, завоеватель въехал-де в его кафедральную мечеть на коне. Он спросил, не являлась ли она дворцом султана. Ему ответили, что то был дом Аллаха. Он спешился перед михрабом, поднялся на две-три ступеньки минбара и громко проговорил: «Луга потравлены. Накормите лошадей!»

Пошли посмотреть зерна в городских амбарах. Ящики, где хранились Кораны, монголы привезли во двор мечети, чтобы использовать в качестве лотков, а священные книги бросили под ноги лошадям. Разложив бурдюки с вином посреди мечети, варвары привели городских певиц и шутов. Вскоре монголы запели сами. В то время как они веселились и предавались разврату, сановники большой руки, законоведы и понтифики прислуживали им, как рабы, и ухаживали за их лошадьми».

Затем Чингисхан приехал на плошадь, что возле Ибрагимовых ворот, где бухарцы собирались для общей молитвы. «Он взошел на минбар и спросил, кто в стоявшей перед ним толпе считался самым богатым. Ему указали на 289 человек, из коих 90 были иноземцами. Хан приказал им приблизиться и обратился к ним с речью. Напомнив о враждебных поступках, принудивших его взяться за оружие, он сказал:

— Знайте! Вами совершены наиболее тяжкие проступки, и вожди вашего народа являются самыми большими преступниками. Если спросите меня, на каком основании я решил обратиться к вам с этими словами, скажу вам, что я — бич Аллаха и что, не будь вы виновны, Аллах не обрушил бы меня на ваши головы.

К сказанному венценосный монгол добавил, что не требует от них сваливать на землю сокровища, которые он сумеет найти сам, но обязывает их указать то, что ими зарыто в земле. Управляющие богатеев получили приказ отдать все, накопленное их хозяевами».

Этот романтический и поэтический рассказ имеется только у одного историка — Джувейни.

Злосчастия бухарцев поборами не кончились. «Это был ужасный день, — пишет арабский историк Ибн аль-Асир. — Отовсюду слышались рыдания мужчин, женщин и детей, разделенных навеки монголами, делившими между собой население. Варвары бесчестили женщин прямо на глазах у этих несчастных, которые, в своей беспомощности, могли только плакать. Многие зрелищу этого ужаса предпочли смерть. Так поступили кади Садраддинхан, Рокнаддин-имам-задех и его сын. Свидетели позора своих жен, они бросились с оружием на врагов и были убиты».