После оккупации советскими войсками Манчжурии для большинства православных людей в Харбине настали трудные дни. Обманутый постоянно передаваемыми ему из Москвы ложными сведениями об истинном положении Церкви в СССР, представителей Московской патриархии и преданных им союзников в Русской зарубежной церкви, престарелый к тому времени митрополит Мелетий признал над собою и своим клиром власть Московской патриархии. В числе этого клира находился и архимандрит Филарет, но он решительно отказался принять советский паспорт. Когда же к нему явился харбинский репортер для того, чтобы взять интервью, и спросил молодого архимандрита, как тот смотрит на «мудрый шаг советского правительства, предложившего русскому населению Харбина снова стать гражданами своей родины», то в ответ он услышал буквально следующее: «Я не считаю возможным принять и не приму советского подданства до той поры, пока не удостоверюсь фактически и, несомненно, на сто процентов, в том, что преследование религии, антирелигиозная пропаганда и травля служителей Церкви совершенно прекращены, и Церковь, которая не «отделена», а изгнана из государства, снова заняла в нем подобающее ей положение». Так архимандрит Филарет до самого конца своего пребывания в Северо-Восточном Китае и не пожелал принять советское гражданство, несмотря на всю связанную с подобной позицией и открытой декларацией неприятия советской власти опасность. Не повлияли на него и некоторые церковные прощения со стороны харбинского епархиального начальства за высказываемую публично столь смелую позицию. Ознакомившись как-то раз с номером «Журнала Московской Патриархии», в котором в числе гениев и благодетелей всего рода человеческого по традиции упоминался Ленин, архимандрит Филарет выразил свое возмущение в проповеди, получившей широкую известность не только среди прихожан, но, благодаря разветвленной сети местных осведомителей, дошедшей до ушей советской военной администрации. Бесстрашное обличение богоборческой коммунистической власти привело сторонников унии с Московской патриархией в особое негодование. И в качестве противодействия через верных последователей, местным ревнителям возвращения в СССР было предложено организовать некий «несчастный случай», который должен был постичь несговорчивого архимандрита, своими проповедями портящего благостную картину единения эмиграции и советской власти. Предложенная через работников советского генерального консульства в Харбине идея была незатейлива. Она заключалась в том, чтобы наиболее естественно представить готовящееся убийство, и для этой цели был избран проверенный и опробованный способ поджога жилища спящего человека — в данном случае — кельи Филарета.

Промыслительно Господь сохранил Своего избранника: хотя и с сильными ожогами, но тот вышел живым из подстроенной ему коммунистами огненной ловушки, а впоследствии даже излечился от ожогов благодаря удачно подобранному сочетанию целебных мазей, рецепт которых он сообщил уже в бытность свою первоиерархом Русской зарубежной церкви в США одной из своих прихожанок — жене протоиерея Виктора Шишкова в начале 1980-х годов прошлого века. Всячески ограждая свою паству от искушений перейти в юрисдикцию Московской патриархии, архимандрит Филарет, по его собственному признанию, «никогда не осквернил свои уста и свою молитву — молитвой за антихристовых слуг» — представителей советских властей и сергианского духовенства. Святитель твердо держался избранной им линии, несмотря на неоднократные угрозы, передаваемые через прихожан и клириков Харбинской епархии, в конце 1940-х годов полностью уже ориентированной на взаимодействие с советской властью. Вместе с тем в течение ряда лет Филарет разными путями сносился с главой Русской зарубежной церкви митрополитом Анастасием (Грибановским), всегда пренебрегая опасностью, с которой это было связано. Архиерейский синод долго и упорно хлопотал о том, чтобы получить для Филарета выездную визу из Китая, и, судя по имеющейся переписке в архиве, почти каждая епархия зарубежья надеялась получить его для себя. Только лишь к 1962 году Архиерейскому синоду Русской православной зарубежной церкви удалось добиться приезда архимандрита Филарета в Гонконг, откуда тот довольно быстро переехал в австралийский город Брисбен. На пятом континенте к тому времени собралась значительная часть бывших харбинских прихожан о. Филарета, и очень скоро по его прибытии туда, за многочисленными подписями, в Синод было подано прошение о назначении архимандрита Филарета епископом в этот город. Ходатайство было охотно поддержано болевшим уже тогда архиепископом Саввой, и в 1963 году он, к радости своей паствы, стал епископом Брисбенским. На Соборе 1964 года, на котором митрополит Анастасий ушел на покой, первоиерархом был избран приехавший вместо своего правящего архиерея, архиепископа Саввы, его викарий, епископ Филарет. К удивлению многих, минуя старших по хиротонии епископов, Собор судил ему быть новым первоиерархом Зарубежной церкви, и Филарет нес это бремя в течение 21 года. Почти посередине этого времени первосвятительства был созван третий Всезарубежный Собор и произведены четыре прославления угодников Божьих — святого праведного Иоанна Кронштадтского, блаженной Ксении Петербуржской, преподобного Германа Аляскинского, святой блаженной Ксении и святых Новомучеников и Исповедников Российских. Неоднократно первоиерарх обращался с вразумляющими посланиями к главам других поместных церквей, и к его голосу прислушивались некоторые из их иерархов. По отзывам современников, владыка митрополит был замечательным проповедником, и глубокая вера, пламенная молитва, доброта и благожелательность, забота о том, чтобы не нарушался духовный мир, и непоколебимое стояние в исповедании Истины были его характерными личностными чертами. На протяжении всего своего служения он исповедовал в нашем Отечестве истинность и непорочность Катакомбной церкви и не признавал Московскую патриархию Церковью-Матерью.

Владыка преставился к Господу 21 ноября 1985 года, в день архистратига Божия Михаила. После его кончины был документально зафиксирован целый ряд случаев благодатных исцелений и чудесной помощи людям, молитвенно обращавшимся к нему. Его многочисленные почитатели и поныне составляют службу почившего. Через четырнадцать лет после того, как первоиерарх окончил свои земные дни, в 1998 году, Синодом Русской зарубежной церкви было решено перенести останки почившего с крипты кладбищенского Успенского храма в новую усыпальницу под алтарем Свято-Троицкого собора в Джорданвилле. Когда 10 ноября 1998 года вскрыли гробницу, то, к восхищению вскрывавших ее людей, оказалось, что мощи святителя нетленны — будучи светлого цвета. При дальнейшем обследовании выяснилось, что полностью сохранился кожный покров, борода и волосы. К тому же и само облачение владыки, Евангелие, грамота с разрешительной молитвой, крест и воздух, покрывавший лицо усопшего, прибывали в совершенной сохранности. Даже белая ткань, которой было покрыто тело сверху, сохранила ослепительную белизну. Металлические же застежки находившегося в гробу Евангелия рассыпались в прах при прикосновении…

После Божественной литургии, состоявшейся 21 ноября 1998 года, архиепископ Лавр призвал собравшихся молиться об упокоении души почившего первоиерарха до тех пор, пока не будет указана воля Божья относительно почитания его в лике святых… После литургии была совершена панихида, а затем гроб с мощами святителя Филарета крестным ходом обнесли вокруг Свято-Троицкого собора и внесли в усыпальницу на приготовленное место.