Свои доводы в пользу развития транспортных артерий на Дальнем Востоке приводили и чины Военного министерства. Потребность в расширении сети железных дорог отстаивал на докладах государю военный министр, генерал от инфантерии Петр Семенович Ванновский, бывший убежденным сторонником дальнейшего развития сети железных дорог как важного мобилизационного фактора. Ему вторил начальник Главного штаба генерал от инфантерии Николай Николаевич Обручев. Именно он посвятил в свое время один из своих трудов теме под названием «Сеть железных дорог. Участие в них земства и войска», в котором отстаивал мысль о важности расширения системы железнодорожного транспорта как гарантии успеха мобилизационного плана. Государь по обыкновению внимательно выслушивал высказывавшиеся стороны, соглашаясь со всеми приводимыми доводами и укрепляясь в мысли всемерной поддержки строительства новой железнодорожной магистрали.

В качестве одного из доводов в пользу развития новой железнодорожной артерии Генеральный штаб Российской империи предлагал размещение незначительной части российских вооруженных сил по всей протяженности ее пролегания в Маньчжурии. При этом учитывалось, что и содержание военных гарнизонов, и обслуживание инженерных сооружений в Порт-Артуре в перспективе потребует наличия хорошо налаженной системы путей сообщения. Именно по ним в эти отдаленные от России уголки в случае необходимости могли быть доставлены свежие силы, боеприпасы и вооружение, инженерное оборудование, потребное для продолжения строительства в порт-артурской крепости, по мере возведения новых крепостных объектов. С учетом этих военно-стратегических соображений в самом конце XIX века начал исполняться грандиозный проект века, в полном соответствии с планом сооружения, высочайше утвержденным еще в царствование императора Александра III в 1892 году. Именно тогда по представленному на Высочайшее имя проекту Министерством путей сообщения Российской империи предлагалось продление Забайкальской железнодорожной линии параллельно реке Амур от Сретенска до Хабаровска.

В ходе долгой подготовительной работы над утвержденным проектом, и с учетом новых, дополнительных данных, присланных в министерство с Дальнего Востока, Николаю II был предложен уже дополненный и доработанный план. От предыдущего его отличали еще большая экономичность и снижение финансовых затрат. Главная идея состояла в том, чтобы соединить уже построенные русские железные дороги более коротким путем через Манчжурию. Речь шла о Сибирской железной дороге и об Уссурийской. По замыслу проектировщиков новой линии, Китайско-Восточная железная дорога (КВЖД), как назвали этот участок, помогла бы «выпрямить» Сибирскую магистраль, сократив тем самым ее длину на целых 514 верст.

Как и многие другие рациональные идеи, предложение нашло отклик у державного преобразователя русской земли, и вскоре после того Министерством финансов Российской империи был предоставлен заем Китаю в 400 млн. французских франков в качестве вклада в уставный капитал Русско-Китайского банка — одного из проектообразующих финансовых столпов будущей железной дороги. Учрежденная концессия по согласованию с китайским правительством давала русским право экстерриториальности полосы отчуждения и формально заключалась с китайцами от имени Русско-Азиатского банка для Общества КВЖД, акционерного предприятия, созданного для извлечения коммерческой выгоды. Контрольный пакет общества размером в одну тысячу акций передавался по согласию акционеров в руки российского правительства.

22 мая 1896 года по старому стилю в Москве между уполномоченными двух стран был подписан соответствующий секретный договор, по которому правительство Китая разрешило Русско-Китайскому банку приступить к финансированию строительства и участвовать в управлении и последующей эксплуатации железной дороги на территории Северо-Восточного Китая.

Дипломатические представители Китая, обсуждавшие с представителями МИД России этот документ на переговорах, не были особо щепетильны с российскими коллегами, постаравшись сразу же насытить содержательную часть договора такими условиями, чтобы, получив от российской дороги максимум экономических выгод, постараться загнать партнеров в рамки многочисленных обязательств. Российские дипломаты с сожалением вспоминали, что подобный тон переговоров китайцы не позволили бы себе при обсуждении с державами Запада и, в меньшей степени, с Японией. Для примера можно рассмотреть лишь две статьи из подписанного соглашения, чтобы понять неуместность, а порой даже абсурдность китайских претензий. Так, в Статье 4-й говорилось о том, что перспективное соединение будущего железнодорожного пути с российской веткой дороги не должно никоим образом послужить предлогом к каким-либо возможным действиям по использованию китайской территории в российских коммерческих интересах. В Статье 5-й отмечалось, что лишь в мирное время Россия будет иметь права на транзитный провоз своих войск и боеприпасов по линии, да и то лишь с теми остановками в пути, которые могут быть обусловлены крайней технической необходимостью.

Опасения китайских дипломатов относительно возможной военной интервенции, как показало время, были напрасны. Вплоть до Первой мировой войны из военизированных российских структур в Маньчжурии размещалась лишь Пограничная стража Заамурского округа, да немногочисленные подразделения жандармерии и полиции. Согласно все тому же договору с Китаем, русские войсковые части размещались для охраны арендованной на 99 лет полосы Китайско-Восточной железной дороги, и главным их предназначением являлось противодействие участившимся случаям грабежей и разбоев, которыми в тех местах промышляли хунхузы. Как известно, к моменту заключения договора в северной части Манчжурии продолжали действовать жестокие банды «краснобородых» или «хунхузов», появлением своим обязанные вполне конкретным историческим обстоятельствам. В 1898 году в ответ на расширенный приток иностранного капитала в Китай, вступление иностранных армий под предлогом охраны национальных концессий и попутную насильственную «христианизацию» местного населения в Северном Китае поднялось так называемое Боксерское восстание, направленное против иностранцев вообще. Русские подданные в Северо-Восточном Китае, трудившиеся на строительстве дороги, именовали этих «повстанцев» хунхузами или просто бандитами. Хунхузы, объединившиеся в банды, продолжали устраивать свои набеги на русские и китайские поселения и после подавления Боксерского восстания. Еще в течение длительного времени во многих районах Северо-Восточного Китая они серьезно угрожали своими бесчинствами, грабежами и убийствами не только постоянно проживающему населению или случайно оказавшимся здесь немногочисленным путешественникам, но и транзитным железнодорожным составам.

В 1896 году Российской империей был заключен военный союз с Китаем, за коим последовала ратификация сторонами договора о строительстве железной дороги. Правда, постоянное военное присутствие в регионе, пусть и в ограниченном виде, обусловленное борьбы с хунхузами, оказалось для России весьма затратным делом с учетом сопряженных с этим делом дополнительных хлопот полицейского и судебного характера.

Защищать полицейскими, чинами корпуса Пограничной стражи и специально присланными для охраны порядка казаками от нападений местных банд приходилась все большее число объектов, так как на всем протяжении строящейся линии дороги постоянно возводилось значительное количество новых технических сооружений. Ежегодно на всем протяжении дороги проектировались и строились депо, станционные больницы, жилые и технические помещения для служащих, ремонтные мастерские для паровозов и вагонов, а также известное количество административных зданий, необходимых для ведения дел и управления различными участками дороги и ее интенсивными транспортными потоками.