Наиболее популярным лозунгом борьбы против идеологии колонизаторов было, однако, не единение с мусульманами, а призыв вернуться к вере отцов, т. е. к старой, преимущественно анимистической религии, которая господствовала на Филиппинах до прихода испанцев.

В 1621 г. в ответ на насильственное сселение крестьян, проводившееся монахами на острове Бохоль, здесь возникло мощное антииспанское и антихристианское движение. Идеологами его стали носители старой религии — жрецы, бежавшие в горы от преследований миссионеров. Начало восстания было приурочено к декабрю 1621 г., когда почти все бохольские иезуиты со своей охраной уехали на Себу, чтобы отпраздновать возведение знаменитого миссионера XVI в. Франциска Ксавье в святые. Местный жрец Тамблот объявил в этот момент, что ему явилась богиня Дивато и обещала изобильную жизнь без налогов и податей всем, кто откажется от христианства и поднимет знамя восстания против испанцев. На призыв Тамблота ответили почти все без исключения жители острова, вокруг жреца собралось значительное войско. Католические церкви были преданы огню, христианские реликвии уничтожены. Малочисленный испанский гарнизон не смог справиться с восставшими. Но здесь, как и во многих других колониальных войнах, колонизаторам помогла изолированность отдельных районов страны, отсутствие общенационального сознания у филиппинцев. Испанцы перебросили на Бохоль 1 тыс. солдат, завербованных в Пампанге и Себу, которых они снабдили современным оружием. Бохольцы же, несмотря на свое численное превосходство, были вооружены лишь заостренными палками, камнями и луками. Тем не менее подавить восстание на Бохоле удалось лишь с большим трудом. Последним очагом сопротивления на острове стал храм Дивато, вокруг которого повстанцы успели за короткий срок возвести целую крепость [44, т. I, с. 176; 53, с. 180; 94, с. 85].

Восстание на Бохоле еще не было подавлено, когда аналогичное по характеру восстание вспыхнуло на острове Лейте. Его возглавили престарелый вождь Банкао, бывший князь острова Лимасава, крещенный еще самим Легаспи, но в старости вернувшийся к религии предков, и его сын Пагали, принявший звание верховного жреца Дивато. Восставшие и здесь отстроили заново храм Дивато и разрушили христианские церкви. Первая попытка испанцев подавить это восстание оказалась безуспешной. Весь остров вооружился, женщины и дети сражались наравне с мужчинами. Тогда на Лейте была брошена эскадра из 40 кораблей. Командующий карательной экспедицией Аль-карасо загнал восставших в узкое ущелье и перебил их там всех без исключения. Победители посадили голову Банкао на кол, сын его также был обезглавлен [62, с. 38, с 87–94; 159, с. 315].

После этого испанцы на Висайских островах некоторое время могли чувствовать себя в относительной безопасности. Однако в 1622 г. на другом конце страны, в Кагаяне, вспыхнуло новое восстание, которое возглавили Кутапай и Дайяг. Восставшие предложили монахам-доминиканцам (здесь, как и почти всюду, кроме Манилы, монахи были единственной испанской властью на местах) мирно убраться из их страны. Доминиканцы думали воспользоваться терпимой политикой вождей восстания и всячески затягивали переговоры. Более того, монаху Педро де Сан Томасу удалось расколоть восставших и восстановить в провинции испанское господство.

Опыт этого «умиротворения» был, несомненно, учтен Ланабом и Абабабаном, которые три года спустя подняли восстание в той же провинции. Повстанцы первым делом убили местного священника и разрушили церковь. Аналогичные восстания, ставившие своей целью не только истребление испанских солдат, но и физическое уничтожение миссионеров, имели место в 1630: и 1639 гг. на Северном Минданао [44, т. I, с. 117].

Наиболее широкий размах приняло вспыхнувшее в июне 1649 г. восстание на острове Самар, которое возглавил крестьянин Хуан Суморой. Первой жертвой восстания пал иезуит Понсе, с особой жестокостью выколачивавший налоги и выгонявший население на государственную барщину. Другим иезуитам Суморой сохранил жизнь и даже позволил беспрепятственно уехать. Эта ошибка едва не обошлась ему дорого. Один из отпущенных миссионеров, Дамиани, вскоре опять пробрался в лагерь повстанцев в отсутствие Сумороя и пытался расколоть их ряды, обещая помилование. Своевременное возвращение предводителя положило конец подрывной работе иезуита. Повстанцы сожгли монастырь и церкви и разрезали церковные одеяния, чтобы сделать себе тюрбаны. С Самара восстание перекинулось на Себу, Масбате, охватило северные районы Минданао и Юг Лусона. Генерал, присланный из Манилы для подавления восстания, был в полной растерянности. Он боялся концентрации собственного вспомогательного флота с филиппинскими гребцами. Существовало серьезное опасение, что они тоже восстанут. Попытка объявить награду за голову Сумороя тоже ни к чему не привела. Повстанцы в ответ на это прислали генералу голову свиньи. Испанцам удалось справиться с Сумороем только 14 месяцев спустя, натравив на него незадолго до того крещенное племя лутау с Минданао [94, с. 87–88; 159, с. 412–413].

Кровавое подавление восстания Сумороя приостановило освободительное движение филиппинцев. Но в 1660–1661 гг. по стране прокатилась новая волна восстаний. На этот раз основные очаги сопротивления переместились на Северный и Центральный Лусон. Здесь восстания приобретают ряд новых черт, связанных с относительно высоким социальным развитием этих районов. Вожди восставших провозглашают себя королями, формируют правительство, движение носит более организованный характер. Немаловажную роль играло и то, что среди повстанцев, особенно в Пампанге, было немало людей, получивших военную подготовку на испанской службе. Наконец, если раньше идеологическая программа повстанцев обычно включала в себя тотальное отрицание христианства, то теперь повстанцы иногда выступают и под знаменем христианства, вернее, христианской ереси (точно так же, как и многие участники антифеодального движения в средневековой Европе). Так, один из вождей филиппинских повстанцев провозгласил себя богом-отцом назначил своего наследника богом-сыном и распределил прочие «божеские» и «ангельские» звания среди своих приверженцев [94, с. 90–91; 164, с. 321].

Испанцам с огромным трудом удалось подавить эти разрозненные восстания, прежде чем они слились в одно (вождь восстания в Пампанге Франсиско Маньяго уже начал переговоры с вождями Пангасинана, Илокоса и Кагаяна о соединении сил и избрании общего короля). Но подавление восстания отняло у испанцев много сил, они не только не могли уже вести наступательные операции на Южных Филиппинах против Сулу и Магинданао, но, более того, под натиском султана Магинданао Кударата были вынуждены очистить Северное Минданао. На Северное Минданао испанцы вернулись только в 1718 г., а окончательное покорение Южных Филиппин произошло лишь во второй половине XIX в. [26, с. 69; 94, с. 91–97].

В середине февраля 1646 г. султан Агунг умер. Ему наследовал его сын Амангкурат I (1646–1677). Начало его правления было ознаменовано многими бурными событиями. Едва Амангкурат I взошел на трон, вспыхнуло восстание на крайнем Востоке Явы. Его возглавил бывший князь Баламбангана Таванг Алун. На помощь повстанцам поспешил правитель Бали. В короткое время весь Баламбанган отпал от Матарама и создалась угроза для земель, расположенных западнее. Амангкурат I послал на восток большую часть своих войск во главе с лучшим полководцем своего отца Туменггунгом Вира Гуной. Военные действия пошли неудачно для матарамцев, В одной из стычек Вира Гуна погиб, видимо попав в засаду. Между тем в столице, пользуясь отсутствием большей части правительственных войск, поднял мятеж младший брат Амангкурата I Пангеран Алит. Он ворвался со своими сторонниками во дворец и едва не убил брата, прежде чем пал под ударами мадурских лейб-гвардейцев [132, с. 209; 135, т. I, с. 27; 263, с. 174].