На завершающем этапе хрущевских гонений в 1965 году у Русской Церкви оставались чуть более 7 тысяч храмов, столько же священнослужителей, около 70 епископов, 3 духовные семинарии, 2 духовные академии и 16 монастырей.

В XX веке благодаря коммунистическому режиму Православная Церковь испытала самое большое гонение, когда-либо происходившее во всей ее истории. Только недавнее открытие государственных архивов СССР, включая принадлежавшие КГБ, позволило родственникам части жертв узнать число и обстоятельства смерти их близких, место захоронения которых в большинстве остается неизвестным. Останки этих христианских мучеников, осужденных умирать в ГУЛАГе от голода, болезней, плохого обращения, пыток и нечеловеческих условий жизни, не имея даже «права переписки» с их семьями, покоятся сейчас сваленные в огромных братских могилах, которыми коммунистический режим хотел стереть из памяти их существование и их мученичество. Из останков этих мучеников только некоторые были обнаружены. Тысячи простых сельских священников, над которыми кто только не иронизировал в России, оказались великими героями. С какой верой и верностью, с каким самопожертвованием прошли они свой жизненный путь! Количество действительно святых мучеников и исповедников, которых дала Русская Церковь в XX веке, исчисляется десятками тысяч человек.

Патриарх вспоминал: «Я верил, что «врата адовы Церковь не одолеют» (Мф. 16,18), но время действительно было трудное. Например, помню, когда власти приняли решение о закрытии Пюхтицкого монастыря и тридцати шести эстонских приходов как «нерентабельных». «Нерентабельность» храмов была распространенным предлогом для их закрытия в годы хрущевского наступления на Церковь. В монастыре по решению властей должен был быть размещен Дом отдыха шахтеров. Оставалось уже мало времени до назначенной даты закрытия – 1 октября 1961 года.

Слава Богу, им не удалось провести в жизнь эти решения. Уговорами мне удалось затянуть время. Я попытался им объяснить, что молодой епископ не может начать служение с закрытия монастыря: это дискредитация всей его будущей деятельности. Так наступил апрель 1962 года. В то время я уже почти полгода был заместителем председателя Отдела внешних церковных сношений. Пользуясь служебным положением, я направил в Пюхтицы первую иностранную делегацию – лютеран из ГДР.

В те дни мой отец лежал с инфарктом, которого так и не перенес. А я должен был его покинуть, чтобы сопровождать иностранных гостей. Помню, как мне было трудно расстаться с ним, но речь шла о спасении обители единственно возможным тогда способом. Впервые я сопровождал иностранную делегацию. У меня не было никакого опыта, лишь сильное желание спасти монастырь. И мой отец понял меня, как никто другой. Когда мы прощались, он пожелал мне успеха. Несмотря на болезнь, он продолжал молиться, чтобы Бог мне помог. И был рад узнать о хорошем результате этого дела. Даже его самочувствие значительно улучшилось от этой радости.

Вскоре газета «Нойес цайт» опубликовала восторженные отзывы лютеран от этой поездки и их фотографии. Вслед за первой делегацией приехали вторая, третья… и вопрос о закрытии монастыря и храмов, слава Богу, больше не поднимался».

Впоследствии епископ Алексий (Ридигер) потратил много сил на восстановление и укрепление Пюхтицкого монастыря, который неизменно сохранял значение центра духовной жизни женского монашества не только Эстонской епархии, а всей Русской Церкви, а также продолжал играть роль связующего звена между эстонцами и русскими.

Именно здесь будущий Патриарх проводил семинары, на которые он, в качестве председателя Конференции Европейских Церквей, приглашал представителей всех конфессий СССР, являвшихся членами этой Конференции: Армянской Апостольской Церкви, Грузинской Православной Церкви, Всесоюзного совета евангельских христиан-баптистов, евангелическо-лютеранских Церквей Латвии, Литвы и Эстонии и Закарпатской реформатской Церкви. Епископ Алексий часто служил литургию в этом монастыре, собирая по этому случаю русский и эстонский клир республики. «Единение эстонских и русских клириков, – вспоминал Патриарх, – в общем богослужении, а затем и в простом человеческом общении давало многим священнослужителям, особенно тем, кто нес свое послушание в труднейших материальных и моральных условиях вымирающих приходов, чувство взаимной поддержки».

Много сил положил будущий Патриарх и для спасения собора Святого Александра Невского. Патриарх вспоминал: «9 мая 1962 года мой отец ушел из жизни, я похоронил его на кладбище Александра Невского, рядом с моей милой матушкой. Помню, что сразу после похорон уполномоченный Совета по делам Русской Православной Церкви предложил мне подумать о том, какой из таллинских храмов должен стать новым кафедральным собором в связи с решением городской молодежи переоборудовать собор Святого Александра Невского в планетарий. Нужно было начинать бороться, не теряя ни минуты. Я попросил его немного подождать с решением, до праздника Святой Троицы, а сам начал готовить материалы в защиту собора. Пришлось обратиться к изучению прошлого и подготовить для власти исчерпывающую справку по истории собора. В частности, я рассказал о том, как немецкие силы в Эстонии пытались закрыть храм, свидетельствующий о нерушимой духовной связи Эстонии и России. Самым серьезным политическим аргументом оказался тот факт, что сразу после оккупации Таллина немецкими войсками в 1941 году собор был закрыт и бездействовал все время оккупации. «Вот обрадуются реваншисты в Германии, – написал я в записке, – и то, что они не сумели сделать, свершила Советская власть!» Видимо, из Москвы последовала определенная директива, и уполномоченный мне сурово заметил: «Мало чего молодежь хочет…»

Такой же мотивировкой (обращением к историческим фактам и национальному самосознанию) епископ Алексий сумел сохранить самое древнее деревянное здание в городе – храм Казанской иконы Божией Матери 1721 года постройки. По плану развития эстонской столицы новая городская артерия должна была пройти по территории храма, но после аргументов владыки Алексия светские власти изменили городской план и произвели более дорогие работы, чтобы дорога прошла вокруг храма.

Такой же инцидент произошел в 1964 году, когда районный исполнительный комитет Йыхви решил экспроприировать у Пюхтицкого монастыря храм преподобного Сергия Радонежского и бывшую летнюю резиденцию князя С. В. Шаховского, основателя этого монастыря, представив епископу в качестве обоснования наличие других храмов для «удовлетворения Ваших религиозных нужд». Епископу удалось продемонстрировать, что разрушение или иное использование храма, в котором находилась усыпальница князя Шаховского, губернатора Эстляндии, потратившего столько сил на укрепление союза между Эстонией и Россией, не было бы необходимо ни с исторической, ни с политической точек зрения.

В 1960-е годы в Эстонии некоторые церкви были закрыты не только из-за давления политической власти, но также из-за резкого уменьшения числа верующих среди эстонского сельского населения, поскольку новое поколение было воспитано в атеизме и в пренебрежении к Церкви.

Епископ Алексий выплачивал суммы налогов для выживания этих храмов из доходов епархии или из собственных средств, если в деревнях оставалось хотя бы небольшое количество верующих. По данным 1965 года, Таллинско-Эстонская епархия имела 90 приходов (57 эстонских, 20 русских и 13 смешанных), которые содержали 50 священников. Во всей епархии было 6 диаконов и 42 клирика, находившихся на покое. Приходы были разделены на 9 благочиний и 2 монашеские общины. С 1965 года епархия начала ежегодно публиковать на эстонском языке «Православный календарь» тиражом 3 тысячи экземпляров, поздравительные послания епископа на эстонском и русском языках, распечатки песнопений богослужений.

С 1969 по 1986 год, когда епископ Алексий был переведен на Ленинградскую кафедру, став митрополитом Ленинградским и Новгородским и временно сохранив управление Эстонской епархией, он совершал около 120 богослужений в год, более двух третей из которых – в Эстонии. Только в 1973 году был нарушен этот порядок, когда владыка Алексий, получив инфаркт миокарда, не мог служить в течение нескольких месяцев. С 1983 по 1986 год владыка Алексий совершал до 150 богослужений в год. В своих богослужебных заметках будущий Предстоятель Русской Православной Церкви указывал, например, что в Эстонии во время литургии в соборе Святого Александра Невского на праздник Входа Господня в Иерусалим 11 апреля 1971 года он причастил 500 верующих из 600 присутствовавших.