5 июня 1943 года И.В. Сталин подписал секретное постановление Государственного комитета обороны «Об утверждении мероприятий по улучшению зарубежной работы разведывательных органов СССР», в котором религиозные организации впервые были отнесены к объектам, «представляющим интерес для органов внешней разведки СССР». Примером такого интереса может послужить деятельность Русской Православной Церкви на Балканах и на Ближнем Востоке, где через Московский Патриархат распространялось советское влияние, к серьезной озабоченности Запада. Накануне Тегеранской конференции, состоявшейся в конце 1943 года, Сталину необходимо было сделать публичный жест и продемонстрировать свою лояльность к Церкви в стремлении увеличить помощь Запада.
4 сентября 1943 года произошла встреча И.В. Сталина с Патриаршим Местоблюстителем Сергием (Страгородским) и митрополитами Ленинградским Алексием (Симанским) и Киевским Николаем (Ярушевичем). На встрече Сталиным было заявлено, что Церковь может рассчитывать на всестороннюю поддержку Правительства во всех вопросах, связанных с ее организационным укреплением и развитием внутри СССР. Также было принято решение о создании специального правительственного органа – Совета по делам Русской Православной Церкви. Уже 8 сентября 1943 года в резиденции бывшего германского посла в Чистом переулке состоялся Собор епископов, избравший Сергия Патриархом Московским и всея Руси. В тот же день был образован Священный Синод, в состав которого вошли 3 постоянных члена: митрополит Ленинградский Алексий (Симанский), Киевский Николай (Ярушевич) и архиепископ Горьковский и Арзамасский Сергий (Гришин). Патриаршая Церковь была легализована и получила свое нынешнее официальное наименование – Русская
Православная Церковь. Патриаршество было воссоздано без предусмотренного Собором 1917–1918 годов Высшего Церковного Совета, но Священный Синод как орган был сохранен и его существование закреплено в Положении об управлении РПЦ, принятом на Соборе 1945 года. Новый Синод отличался от Временного Синода при Заместителе Местоблюстителя тем, что становился органом власти, а не являлся только совещательным органом при Первоиерархе.
12 сентября 1943 года возобновилось издание «Журнала Московской Патриархии». В том же году была переиздана Библия в своей полной версии, поскольку было решено, что Священная книга не оскорбляет советского режима. 12 октября 1943 года И.В. Сталиным было принято решение о ликвидации обновленческих церковных структур. Преемником Патриарха Сергия, скончавшегося в 1944 году, с согласия Сталина, стал в 1945 году Алексий I (Симанский, 1877–1970).
Открытые германскими властями храмы, как правило, не закрывались. Было открыто некоторое количество прежде закрытых храмов, в том числе и Троице-Сергиева Лавра, а также духовные учебные заведения. При Священном Синоде были организованы Издательский отдел (1945), Учебный комитет и Отдел внешних церковных сношений (1946).
В 1948 году Совет по делам Русской Церкви представил в Политбюро статистику, согласно которой на 1 января отчетного года в СССР было более 14 тысяч действующих церквей и молитвенных домов. Увеличение числа действующих церквей произошло по следующим причинам: а) в период войны на территории, подвергавшейся немецкой оккупации, было открыто более 7 тысяч церквей; б) в 1946 году перешел в православие 2491 приход униатской (Греко-католической) Церкви в западных областях УССР; в) за 1944–1947 годы вновь открыто с разрешения Совета более 1 тысячи церквей, главным образом в РСФСР, откуда были многочисленные и настойчивые просьбы верующих. Снова стали действовать 67 монастырей, 8 семинарий и две духовные академии для образования клира. «Советское правительство предложило средства для ремонта и строительства новых церквей и для организации семинарий. Патриархат отказался. Они предпочитают, как мне сказали, в деле восстановления двигаться медленно, но делать это собственными средствами, которые в конце концов являются пожертвованиями верующих», – писал посол Италии в Москве Пьетро Куарони.
Сталинское государство способствовало международным отношениям Церкви и ее деятельности за пределами СССР и вовлекло Церковь в борьбу за мир. В 1948 году в Москве состоялось Совещание Глав и Представителей Поместных Православных Церквей.
Однако, несмотря на «потепление» в отношениях Церкви и государства, Церковь непрестанно пребывала под государственным контролем, и любые попытки расширения ее деятельности вне стен храмов встречали отпор, вплоть до административных санкций. С 1945 по 1958 год последовал краткий период отношений между государством и Церковью, которые можно было бы определить как нормальные. Однако уже с конца 1950-х годов наметилась новая волна давления на Церковь. Обоснованием теперь уже были не политические обвинения, а борьба против «религиозных пережитков» в сознании людей. С 1958 года началось противостояние официальной Церкви с помощью жесточайших репрессивных мер и резко антирелигиозной политики, характеризовавшей всю эпоху Н.С. Хрущева. Была начата программа антирелигиозной борьбы по новым критериям, бюрократическим и «научным». Вновь стали закрывать храмы. Начала осуществляться целенаправленная кадровая политика по качественному изменению состава духовенства. Власти опасались всесторонне подготовленных священнослужителей, которых лишали государственной регистрации и, соответственно, возможности зарабатывать на жизнь. Верующих увольняли с работы.
Численность зарегистрированного духовенства не только была резко сокращена, но его устранили от непосредственного контроля над финансово-хозяйственной деятельностью приходов. Было закрыто 40 монастырей (в частности, в Молдавии из 15 уцелел 1), 5 духовных семинарий из 8, причем прием в каждую из оставшихся был ограничен. Контроль преследователей за верующими стал столь интенсивным, что сократил посещаемость церквей, ограничив ее только пожилыми женщинами. Между 1961 и 1965 годами в СССР по религиозным мотивам были осуждены более тысячи человек.
Преследования с 1958 по 1964 год считаются одними из самых жестоких, которые Русская Церковь должна была испытать. Чтобы осуществлять максимальный контроль за верующими, в 1958 году была установлена обязанность регистрации любого культового акта, как крещение, венчание, отпевание и т. п. Против тех, кто заказывал эти требы, принимались обычно самые строгие репрессивные меры. Этот новый тип гонений на веру хрущевской антирелигиозной политикой не был кровавым. Православные уничтожались не физически, как раньше, а административно. Все средства информации – пресса, радио и телевидение – извергали как можно больше всевозможной клеветы на христианскую веру, а политическая власть преследовала верующих. Смертных казней не было, но методы были режима террора. Два примера: для закрытия Почаевской Лавры монахов вызывали в КГБ, отнимали документы, угрожали судить за несовершенные преступления, многих признавали душевнобольными и заключали в сумасшедшие дома, где низводили до «растительной жизни». Для закрытия Глинской пустыни 16 июня 1961 года были задействованы двести пятьдесят милиционеров, агентов КГБ, партийных активистов и двадцать три автотранспортных средства. Военными блокпостами пустынь была изолирована и сделана недоступной для верующих.
В 1960-е годы, столь трудные для Русской Православной Церкви, уже ушло старшее поколение епископов, рукоположенных в священный сан в дореволюционной России. Новые епископы, к которым относился и будущий Патриарх Алексий II, начинали свое служение в стране, задавленной игом Советской власти, где систематически уничтожали любое богопочитание и последовательно утверждали атеизм в общественной жизни, изобретая ежедневно все новые и новые репрессивные, угрожающие и полицейские системы против верующих. Церкви же в ответ нечего было противопоставить, кроме верности уже немногих православных.
На Рождество 1962 года при открытии новой атеистической кампании Н.С. Хрущев заявил: «Религия в течение 15–20 лет будет ликвидирована». И даже если этого не произошло, его антирелигиозной политике действительно удалось практически полностью изолировать Русскую Православную Церковь от общественной и национальной жизни страны. Атеистическая пропаганда в это время становилась все более распространенной. В 1963 году тиражи атеистической литературы превышали 5 миллионов экземпляров, а ежегодный календарь Русской Церкви печатался 50-тысячным тиражом.
