В качестве ответа власти распорядились, чтобы «неудобный» митрополит был смещен с поста Управляющего делами Московской Патриархии и направлен в почетную ссылку в Ленинград. 29 июня 1986 года будущий Патриарх был, таким образом, назначен на Ленинградскую и Новгородскую кафедру, сохраняя управление Таллинской епархией. «Первый раз я приезжал в город на Неве в 1946 году, – вспоминал Патриарх, – чтобы поступить в Ленинградскую духовную семинарию. В 1986 году я был назначен на Ленинградскую кафедру. Тогда Церковь была игнорирована властями. Когда сразу после приезда я высказал уполномоченному Совета по делам религий свое желание нанести визит мэру города, то получил категорический отказ: мол, этого никогда не было и не будет. Только через год мне удалось встретиться с властями. Тогдашний мэр с удивлением спросил: «Вы что, первый раз в исполкоме?» – «Да, – я ответил, – не пускали». А он мне в ответ: «Отныне двери для Вас всегда открыты, и днем и ночью». В первые месяцы я остро ощущал, что никто не признает Церковь, никто не замечает ее. И главное, что мне удалось сделать за четыре года, – это добиться того, что с Церковью стали считаться: положение в корне изменилось».

Сильная личность, предприимчивость и новаторство митрополита Алексия способствовали уважению и признанию его авторитета со стороны местных властей. Представители политической власти начали наносить ему визиты, и таким образом старая стереотипная советская модель поведения была поколеблена.

Необходимо отметить, что в конце 1980-х годов Советская власть начала значительно смягчать жесткость своей позиции по отношению к Церкви. Митрополиту Алексию удалось возвратить Церкви часть бывшего монастыря Святого Иоанна Рыльского на Карповке, в которой поселились монахини из Пюхтицкого монастыря, начавшие восстановление обители. Митрополиту Алексию удалось также вновь открыть и освятить часовню на могиле блаженной Ксении Петербургской. Он сделал так, чтобы в управляемых им епархиях (Ленинградской, Новгородской, Таллинской и Олонецкой) возвращались храмы, монастыри и некоторые религиозные принадлежности. В частности, были возвращены мощи святого Александра Невского и святых Зосимы, Савватия и Германа Соловецких. Возрождение церковной жизни начинало медленно вызревать, оформляться и распространяться, и развитие этого движения являлось главной заботой будущего Патриарха.

В апреле 1988 года встреча Патриарха Пимена и постоянных членов Синода Русской Церкви с М.С. Горбачевым обозначила шаг навстречу в отношениях между Церковью и государством. На встрече, в которой участвовал также и митрополит Алексий, была обсуждена серия проблем, относящихся к нормализации деятельности Русской Православной Церкви в СССР. В 1989 году митрополит Алексий был избран народным депутатом СССР от Фонда милосердия и здоровья, руководящим членом которого он был. «Парламент – место, где у людей нет уважительного отношения друг к другу, – вспоминал Патриарх. – Я категорически против того, чтобы сегодня избирались священнослужители, потому что на себе испытал, насколько мы к парламентаризму не готовы, и думаю, что и многие другие страны еще не готовы. Там царствует дух противостояния, борьбы, и я после заседания Съезда народных депутатов возвращался просто больным – так влияла эта атмосфера нетерпимости, когда «захлопывали», закрикивали выступающих. Но я думаю, что мое депутатство также было и полезным, потому что я был членом двух комиссий: по пакту Молотова – Риббентропа (об участии в этой комиссии меня попросили эстонские делегаты) и по закону о свободе совести. В комиссии по закону о свободе совести были юристы, которые считали Положение о религиозных объединениях 1929 года эталоном и не понимали, отказывались понимать, что надо отходить от норм этого закона. Конечно, было очень сложно, – я ведь не специалист в юриспруденции, – но старался переубедить даже этих советских юристов, и нередко это удавалось».

3 мая 1990 года скончался Патриарх Пимен. Для избрания нового Предстоятеля было оглашено решение собрать Поместный собор, которому предшествовал Архиерейский Собор, собравшийся в Патриаршей резиденции в Свято-Даниловом монастыре. Митрополит Алексий, который в течение двадцати двух лет был Управляющим делами Московской Патриархии и хорошо представлял положение, в котором находилась Русская Православная Церковь, оставил Ленинград, чтобы отправиться в Троице-Сергиеву Лавру. Он еще не знал, что там быть ему избранным Патриархом Московским и всея Руси.

Патриарх так вспоминал это время: «Я не ехал на Собор с чувством, что могу вернуться Патриархом. За четыре года управления Петербургской митрополией я слишком сроднился с ней. Поэтому я ехал в Москву на Собор, имея перед глазами большие задачи, открывшиеся, наконец, для архипастырской и вообще церковной деятельности в Петербурге. Никакой, говоря светским языком, «предвыборной кампании» я не вел. Только после Архиерейского Собора, состоявшегося накануне открытия Поместного, где я получил больше всех голосов архиереев, я подумал: есть опасность, что чаша сия меня может и не миновать. Я говорю «опасность», потому что

будучи двадцать два года Управляющим делами Московской Патриархии при Святейших Патриархах Алексии I и Пимене, я прекрасно знал, насколько тяжел крест Патриаршего служения. Но я положился на волю Божию: «Если будет воля Господня на мое Патриаршество, то, видимо, Он даст и силы». Потому что говорит Господь: «Мои мысли – не ваши мысли, ни ваши пути – пути Мои. Но как небо выше земли, так пути Мои выше путей ваших, и мысли Мои выше мыслей ваших» (Ис. 55, 8–9)».

По свидетельству Патриарха Алексия II, Собор 1990 года был первым, в котором не было вмешательства со стороны Совета по делам религий. После оглашения окончательных результатов выборов местоблюститель митрополит Киевский Филарет спросил: «Владыко Алексий! Освященный Поместный Собор Русской Православной Церкви избрал тебя Патриархом Московским и всея Руси. Приемлешь ли ты это избрание?» Патриарх ответил: «Избрание меня освященным Поместным Собором Русской Православной Церкви Патриархом Московским и всея Руси со благодарением приемлю и нимало вопреки глаголю».

Это было первое каноническое назначение Предстоятеля Русской Православной Церкви с избрания святителя Тихона Патриархом на Поместном Соборе 1917–1918 годов.

Будучи избранным Поместным Собором Святейшим Патриархом, митрополит Алексий (Ридигер) отслужил благодарственный молебен, после которого обратился к соборянам со словом: «Я сознаю трудность и подвиг предстоящего мне служения. Жизнь моя, которая была от юности посвящена служению Церкви Христовой, подходит к вечеру, но освященный Собор возлагает на меня подвиг первосвятительского служения. Я приемлю это избрание, но прошу в эти первые минуты Высокопреосвященных и Преосвященных архипастырей, честной клир и всю боголюбивую паству всероссийскую своими молитвами помогать мне и укреплять меня в предстоящем служении.

Много вопросов встает сегодня перед Церковью, перед обществом и перед каждым из нас. И в их решении нужен соборный разум, нужно совместное решение и обсуждение их на соборах. Соборный принцип должен распространяться и на епархиальную, и на приходскую жизнь, только тогда мы решим те вопросы, которые стоят сегодня перед Церковью и обществом. Деятельность церковная сегодня расширяется. От Церкви, от каждого ее служителя ожидаются и дела милосердия, и благотворительности, и воспитание самых разных возрастных групп наших верующих. Мы должны служить примиряющей силой и тогда, когда нашей жизни станут сопутствовать разделения. Мы должны сделать все, чтобы способствовать укреплению единства Святой Православной Церкви. Я сознаю в этом свою человеческую немощь и уповаю на ваши святые молитвы и помощь в предстоящем мне служении».