Одной из самых трудных проблем, с которыми архиепископу Алексию приходилось сталкиваться в качестве управляющего делами, были проблемы с совершением Таинства Крещения. Местные Советские власти прибегали к любым уловкам, чтобы воспрепятствовать крещению взрослых и детей. В 1966 году в Куйбышеве будущий Патриарх оказался в такой ситуации: крещение разрешалось властями без ограничения возраста, но школьники, например, обязаны были представить справку, в которой школьное начальство заявляло бы, что не возражает против совершения таинства. «И мне пришла в голову мысль, – вспоминал Патриарх, – сказать уполномоченному: «Это именно вы нарушаете декрет Ленина об отделении Церкви от государства и Церкви от школы!» Он, разумеется, все понял и попросил меня не говорить об этом его нововведении в Москве, обещав прекратить эту практику в течение недели, что он, к счастью, и сделал».
Еще более скандальной была практика, существовавшая в Уфе, о которой епископ Феодосий (Погорский) информировал архиепископа Алексия. Для совершения крещения требовалось заявление в исполнительный орган, в котором крещаемый просил разрешения креститься в православной христианской вере, и два свидетеля с удостоверениями личности, готовые письменно подтвердить, что на крещаемого не оказывалось никакого давления и что он был психически здоров. Архиепископ Алексий отправился в Совет по делам религий и добился отмены этой практики.
25 февраля 1968 года архиепископ Алексий был возведен в сан митрополита.
В 1971 году на Поместном Соборе Русской Православной Церкви был избран преемник скончавшегося Патриарха Алексия I – Пимен (Сергей Михайлович Извеков, 1910–1990). Митрополит Алексий (Ридигер) вспоминал, что иногда ему оказывалось трудно работать с новым Патриархом: «Святейший Патриарх Пимен – человек монастырского склада, благоговейный совершитель богослужений и молитвенник, нередко тяготился нескончаемым многообразием административных обязанностей. Это порождало осложнения с епархиальными архиереями, не всегда находившими у Предстоятеля ту действенную поддержку, на которую они надеялись, обращаясь в Патриархию. Это способствовало усилению влияния Совета по делам религий, зачастую вызывало к жизни такие негативные явления, как интриги и фаворитизм. И все же я убежден, что в каждый период Господь посылает необходимых деятелей и что в период «застоя» необходим был именно Святейший Патриарх Пимен. Ведь если бы на его месте оказался кто-нибудь другой, сколько бы дров он мог наломать. А Святейший Патриарх Пимен с присущей ему осторожностью, консервативностью и даже опасением перед какими-либо новациями многое сумел сохранить в нашей Церкви».
Патриарх Алексий II с особым старанием занимался в свое время созывом европейских Церквей, которые способствовали безопасности и сотрудничеству в Европе. Именно этим проблемам было посвящено его выступление на пленуме Советского комитета по безопасности и европейскому сотрудничеству 18 февраля 1975 года, в котором он, в частности, сказал: «Представители нашей Церкви вместе с представителями других Церквей и религиозных объединений нашей страны оказывают общеевропейскому Совещанию систематическую поддержку путем еще более широкой мобилизации христианской общественности Европы вокруг обсуждаемых этим Совещанием проблем. Проблема европейской безопасности и сотрудничества на протяжении последних лет постоянно обсуждается в рамках Конференции Европейских Церквей. В последние годы миролюбивые силы медленно, но верно преодолевают сопротивление еще существующих в некоторых странах поборников «холодной войны». И этот ободряющий перевес все более укрепляет нас в убеждении, что и «холодные», и «горячие» войны развязываются людьми, и люди же имеют власть их устранить из жизни…»
12 апреля 1984 года состоялась церемония присвоения митрополиту Таллинскому и Эстонскому Алексию степени доктора богословия. Он представил трехтомную диссертацию на тему: «Очерки по истории Православия в Эстонии» на соискание степени магистра богословия, но ученый совет академии единогласно решил присвоить ему степень доктора, поскольку «диссертация по глубине исследования и по объему материала значительно превосходит традиционные критерии магистерской работы… и в преддверии 1000-летия Крещения Руси этот труд может составить особую главу в исследовании об истории Русской Православной Церкви».
В 1980-е годы среди различных дел, которыми приходилось заниматься митрополиту Алексию, первостепенное место занимала подготовка к празднованию 1000-летия Крещения Руси. Для будущего Патриарха это событие стало очень важным этапом, принимая во внимание и то, что 23 декабря 1980 года он был назначен заместителем председателя Комиссии по празднованиям Тысячелетия и председателем Организационного комитета этой комиссии.
В эпоху Брежнева гонения на религию ослабли, но в то время Советская власть была еще тверда, враждебна к Церкви и заняла позицию явного противостояния празднованию этого события, которое, напротив, было воспринято интеллигенцией как одно из самых важных в XX веке. В этом отношении весьма значительную роль сыграло русское православное Зарубежье, которое, посредством организации широкой кампании за эти празднования, привлекло внимание мировой общественности к положению Церкви и ее верующих в России.
Митрополит Алексий 25 мая 1983 года был назначен председателем Комиссии по реставрации Даниловского монастыря, самого древнего в Москве (XIII в.), который был возвращен Советским правительством Русской Церкви для создания на его территории богословского и административного центра.
С приходом к власти М.С. Горбачева и началом перестройки отношения между государством и Церковью изменились в сторону потепления, но в основе все же оставался, хотя и ослабленный, Совет по делам религий.
Как епископ Русской Церкви и как Управляющий делами Патриархии, митрополит Алексий понял, что наступил нужный момент для того, чтобы представить вниманию советских властей необходимость произвести радикальные изменения в отношениях между государством и Церковью. И вот 17 декабря 1985 года в своем смелом послании М.С. Горбачеву он впервые в истории Русской Православной Церкви поставил перед Советской властью проблему необходимости пересмотра этих отношений. Митрополит Алексий изложил суть своей позиции по этой проблеме в своей работе «Очерки по истории Православия в Эстонии»: «Моя позиция тогда и сегодня заключается в том, что Церковь должна быть реально отделена от государства. Я считаю, что в дни Собора 1917–1918 годов духовенство еще не было готово к реальному отделению Церкви от государства, что отразилось в документах, принятых на Соборе. Главный вопрос, который ставился в переговорах с советской властью, был вопрос о том, чтобы не отделять Церковь от государства, потому что многовековая тесная связь Церкви с государством создавала очень сильную империю. И в советский период Церковь также не была отделена от государства, а была им придавлена, и вмешательство государства во внутреннюю жизнь Церкви было полным: даже в такие сакральные области, как, скажем, можно или нельзя крестить, можно или нельзя венчать, – создавались возмутительные ограничения в совершении Таинств и богослужений. Общегосударственный террор зачастую усугублялся просто безобразными, экстремистскими выходками и запретами уполномоченных «местного уровня». Все это требовало немедленных перемен. Но я осознавал, что у Церкви и государства есть и общие задачи, ибо исторически Русская Православная Церковь всегда была со своим народом в радостях и испытаниях. Вопросы морали и нравственности, здоровья и культуры нации, семьи и воспитания требуют объединения усилий государства и Церкви, равноправного союза, а не подчинения одного другому. И в связи с этим я поставил самый насущный и кардинальный вопрос о пересмотре устаревшего законодательства 1929 года о религиозных объединениях. Горбачев тогда не понял и не принял мою позицию, мое письмо было разослано всем членам Политбюро ЦК КПСС, одновременно Совет по делам религий указал, что поднимать такие вопросы не следует, и секретариатом Коммунистической партии Советского Союза ему было поручено объяснить мне, «нахальному архиерею», что Церковь не имеет никакого отношения к «решению вопросов социально-экономического или культурного характера»».
