Как пишет Валишевский, «Елизавета не любила англичан и относительно Бестужева питала чувства, сходные с физическим и нравственным отвращением. Она всегда старалась избегать его общества. Он был ей неприятен, скучен, раздражал её, вместе с тем импонируя ей знаниями, которые она долго считала выдающимися, и дарованиями, казавшимися ей незаменимыми до тех пор, пока её не приучили обходиться без них».

Валишевский, оценивая деятельность Бестужева на посту канцлера негативно, явно преувеличивал степень неприязни императрицы к своему вице-канцлеру. Очевидно, что она не питала к нему тёплых чувств, но её отношение к нему вряд ли доходило до степени физического или нравственного отвращения. При дворе были более отвратительные типы, с которыми императрица была вынуждена общаться и поддерживать отношения. Возможно, она была бы и рада обойтись без Бестужева-Рюмина, но не могла. Так что все уговоры и нашёптывания Шетарди и Лестока о замене его Румянцевым или Нарышкиным на неё не подействовали.

Шетарди, неофициальный посол Франции, потерпевший крах в деле заключения мира со Швецией в конце 1742 года, был отозван домой, но торжествовать победу вице-канцлеру было ещё рано. Надвигалось так называемое лопухинское дело, или дело о заговоре де Ботты, непосредственно угрожавшее безопасности братьев Бестужевых, но, слава Богу, и сам Алексей Петрович, и его брат, обер-гофмаршал двора и кавалер ордена Андрея Первозванного (он получил его в коронацию Елизаветы Петровны) Михаил Петрович, вышли из него целыми и невредимыми. Помог всесильный А.Г. Разумовский (1709—1771). По всей видимости, императрица всё-таки проявила «респект» к Бестужевым, оказавшим ей и государству немалые услуги.

21 июля 1743 года по Петербургу разнёсся слух об открытии важного антиправительственного заговора. Императрица, находившаяся в Петербурге инкогнито, отложила свой отъезд в Петергоф, откуда в столицу немедленно прискакал Лесток. Ночью везде по улицам ходили патрули.

В беспокойном ожидании прошли три дня, а 25 июля в пятом часу пополуночи генерал начальник Тайной канцелярии Ушаков, генерал-прокурор Трубецкой и капитан гвардии Григорий Протасов арестовали подполковника Ивана Степановича Лопухина, сына бывшего генерал-кригскомиссара С.В. Лопухина (1685—1748), близкого к опальному гофмаршалу Левенвольде человека и с приходом Елизаветы к власти попавшего в опалу. К матери арестованного, Наталье Фёдоровне Лопухиной, урождённой Балк, племяннице известной Анны Монс и бывшей статс-даме при дворе Анны Иоанновны и Анны Леопольдовны, приставили караул.

…Всё началось с того, что Н.Ф. Лопухина решила послать с оказией, поручиком Бергером, записочку своему возлюбленному — сосланному Елизаветой в Сибирь графу и бывшему обер-гофмаршалу Р.-Г. Левенвольде. Записку Наталья Фёдоровна передала Бергеру через своего сына Ивана. Бергер, поручик лейб-кирасирского полка, курляндец, отправлялся в Сибирь в качестве главного охранника Левенвольде, но ехал он туда с большой неохотой.

Лопухина была близкой подругой обер-гофмаршальши А.Г. Бестужевой, а потому хитрый курляндец, показавший себя уже прежде ненадёжным человеком, в записочке Лопухиной сразу усмотрел возможность доноса и шанс на то, чтобы остаться в столице. Он немедленно отправился с запиской к Лестоку, и тот от неё чуть не подпрыгнул от радости. Лесток уже страдал от нереализованной мести к вице-канцлеру Бестужеву, и сразу принялся за дело. Ничего, что речь шла о жене М.П. Бестужева, — семья-то одна.

Сама записка на заговор явно не тянула, но Лестоку подвернулся сын Лопухиной Иван, камер-юнкер при дворе Анны Леопольдовны, а теперь потерявший место и топивший свою тоску в трактирах. Бергеру по заданию Лестока предстояло в присутствии свидетеля выпытать у Ивана Лопухина более подробные сведения, послужившие основанием для отправления указанной записки. Бергеру не составило особого труда войти в контакт, а потом и в доверие к подвыпившему графу Ивану и узнать от него, что тот очень тоскует по старым временам, и что настоящим царём России он считает царевича Ивана Антоновича. Вот этого было уже достаточно, чтобы Бергер явился в Тайную канцелярию и заявил «слово и дело». Свидетелем на беседе Бергера с Лопухиным выступил адъютант принца Гессен-Гомбургского майор М. Фалькенберг.

25 же июля Бергер и майор Фалькенберг были допрошены.

Бергер показал, что 17 числа он в трактире познакомился с Иваном Лопухиным, а после трактира их беседа была перенесена в дом Лопухиных, где хозяин стал жаловаться, что после свержения Анны Леопольдовны его понизили в чине, а новая государыня — незаконнорожденная и занимает русский престол не по закону. Караул, который был приставлен к царевичу Иоанну Антоновичу в Риге, проявлял к узнику симпатии, так что освободить законного наследника и возвести его на русский престол не представляло никаких трудностей. Иван Лопухин намекнул, что через несколько месяцев в России произойдут большие перемены.

Фалькенберг, со своей стороны, рассказал, что Иван Лопухин критиковал нынешнее правление, особенно Лестока, называя его «канальей», и хвалил «бывших» — Остермана и Левенвольде; утверждал, что прусский король окажет помощь Иоанну Антоновичу, а «наши, надеюсь, за ружьё не примутся». На вопрос майора, скоро ли всё это будет, Лопухин ответил утвердительно и обещал в случае удачного переворота не забыть и про Фалькенберга. Фалькенберг поинтересовался, не было ли в этом деле других сообщников, и Лопухин, поколебавшись с минуту, назвал австрийского посланника де Ботта д'Адорно (1693—1745) как верного слугу и доброжелателя рижского узника.

Немедленно допросили И.С. Лопухина, и тот после очной ставки с доносчиками во всём признался. 26 июля он дополнительно показал, что отец и мать сильно обижены отношением к ним Елизаветы и что к его матери перед своим убытием из России к месту новой службы в Берлин приезжал маркиз де Ботта. Австриец сказал ей, что не успокоится до тех пор, пока не освободит из заключения всё брауншвейгское семейство. Он добавил, что прусский король также будет помогать Анне Леопольдовне. Все эти слова Н.Ф. Лопухина передала своей подруге Анне Гавриловне Бестужевой-Рюминой, когда та была у Лопухиной в гостях вместе с дочерью Настасьей.

Н.Ф. Лопухина, которую допрашивали пока дома, подтвердила факт беседы с де Ботта и его намерение вернуть на престол Анну Леопольдовну, а также посвящение в содержание разговора А.Г. Бестужевой-Рюминой.

Допросили жену обер-гофмаршала М.П. Бестужева. Анна Гавриловна подтвердила, что всё, что она слышала в доме Лопухиных, де Ботта говорил и у неё в доме. Но жена Михаила Петровича Бестужева-Рюмина оказалась крепким «орешком» и много о своём участии в описанных выше разговорах не рассказала:

— Говаривала я не тайно: дай Бог, когда бы их (то есть брауншвейгское семейство. — Б. Г.) в отечество отпустили.

Более разговорчивой оказалась её дочь Настасья Михайловна (по родному отцу, первому мужу Анны Гавриловны, Ягужинская), подтвердившая показания Н.Ф. Лопухиной.

После этих предварительных допросов Н.Ф. Лопухину, её сына Ивана и А.Г. Бестужеву отвезли в крепость, а дочь Бестужевых оставили под домашним арестом. В крепости Лопухина рассказала следователям, что муж её тоже посвящен в планы австрийского посланника, а сын Иван в свою очередь вспомнил о том, что говорила А.Г. Бестужева его матери:

— Ох, Натальюшка! Ботта-то и страшен, а иногда и увеселит.

Потом к следствию привлекли прочих, второстепенных участников «заговора»: поручика Машкова, А. Зыбина, вице-ротмистра конной гвардии Лилиенфельда и его беременную жену Софию Васильевну, урождённую Одоевскую, адъютанта полка конной гвардии С. Колычева и др. Офицеры-гвардейцы не показали ничего нового, а вот СВ. Лилиенфельд рассказала, что с де Ботта она встречалась в домах Лопухиной и Бестужевой и там слушала разговоры о бывшей правительнице Анне Леопольдовне, что дамы высказывали сожаление о судьбе всего брауншвейгского семейства и о своей собственной участи, что Елизавета Петровна живёт «непорядочно», всюду беспрестанно ездит и бегает, что при Анне Леопольдовне им жилось куда вольготней.