К середине 1533 года выкуп был собран. Комнату заполнили сказочно прекрасными золотыми изделиями. Многие из них представляли собой немалую художественную ценность, но для испанцев это был лишь дорогостоящий металл, и все было переплавлено в слитки. Пятая их часть была отправлена королю Испании, остальное разделили между собой конкистадоры, больше всего золота досталось, конечно, Писарро. И несмотря на это, Атауальпа был казнен.

Испанские власти в Панаме осудили казнь. Они считали, что Атауальпа должен был быть доставлен в Центральную Америку или Испанию. Король Карлос также писал Писарро о своем недовольстве насильственной смертью: Атауальпа был все же монархом, и казнь его подрывала веру в божественное происхождение власти.

Итак, покорение Перу началось с захвата и казни его владыки, сражения последовали позже. Во время 800-мильного марша по Великой дороге инков от Кахамарки до Куско отряд Писарро провел четыре сражения против армии Атауальпы. Инки сражались храбро, и какое-то количество захватчиков было убито. Но все же они не могли противостоять оружию и тактике испанцев. Большим тактическим преимуществом конкистадоров были их конные воины — до прихода европейцев в Америке не видели лошадей. Инки думали больше о том, как убить одно такое животное, преследовавшее их, чем десять пеших воинов. И почти на каждого убитого испанца приходились сотни убитых инков.

15 ноября 1533 года Писарро пришел за главным призом — он вступил в столицу инков Куско.

Чтобы закрепить завоеванное, Писарро возвысил одного из уцелевших сыновей Уайна Капаки — Манко, он был коронован в начале 1534 года. Конкистадоры надеялись, что новый Инка станет марионеткой в их руках и окажет помощь испанцам в порабощении своего народа.

Когда Писарро было уже далеко за пятьдесят, он по существу стал правителем, а лучше сказать, грабителем огромной страны. Сокровища Куско были захвачены, переплавлены и распределены между завоевателями. Золота и серебра оказалось даже больше, чем от выкупа Атауальпы. Писарро совсем не имел опыта в управлении государством. Давали себя знать возраст и пережитые тяготы. Чтобы заставить испанцев остаться в этой далекой стране, он выделил каждому офицеру в награду тысячу индейцев. Писарро приказал священнику Куско защищать интересы индейцев, а также издал указ, предусматривающий для испанцев наказания за надругательство над аборигенами. Но это мало помогало, индейцы вымирали катастрофически быстро. Приходило в упадок, так же как ирригационное хозяйство, и террасное земледелие инков.

Главную свою задачу Писарро видел в строительстве городов для испанцев. Он основал семь из них — и все семь сохранились до наших дней. Столицу решено было расположить на побережье, для поддержания морских связей с остальной частью Испанской Америки. Город появился в 1535 году на берегу реки Римак и первоначально носил название Сьюдад-де-лос-Рейес — «город королей». Однако сохранилось не столь претенциозное название, а искаженный топоним самой реки — Лима.

На склоне жизни Писарро занимался прокладкой улиц в городах, раздаривал дома своим друзьям. Индейцы выстроили и его личную резиденцию в испанском стиле, с патио — внутренним двориком, засаженным привезенными оливковыми и апельсиновыми деревьями.

Но спокойное время продолжалось недолго. Младшие братья Писарро и другие испанцы в Куско нарушили договор и оскорбили марионеточного правителя Манко. Взбешенный, он тайно мобилизовал свою армию и приготовил оружие. В апреле 1536 года Манко исчез из Куско и созвал своих вождей на встречу, где они поклялись изгнать ненавистных завоевателей из Перу. И уже в мае 190 испанцев в Куско оказались окруженными индейцами.

Восстание Манко продолжалось до декабря. Четыре экспедиции, посланные Писарро в поддержку своих братьев, потерпели поражение в горах, еще на подходах к Куско. Около 500 испанцев были убиты. И все-таки перуанцам не удалось освободить свою страну. Корабли с подкреплением прибыли из Центральной Америки, и блокада Куско была прорвана. Манко бежал в джунгли Амазонии, к священному городу Мачу-Пикчу, где и правил остатками своей империи вместе с тремя сыновьями в течение 35 лет.

Но еще большие трудности, чем с индейцами, испытал Писарро со своим старинным соратником и даже когда-то другом Диего де Альмагро. Тот всегда организовывал снабжение и пополнял людьми экспедиции Писарро. И был жестоко уязвлен тем, что король назначил его лишь губернатором Перу. Как только представился случай, Альмагро обвинил Писарро в присвоении всех званий.

Тогда Писарро сделал дипломатический ход. Альмагро в награду за усердие предоставлялась земля на юге Перу, но когда Диего прибыл туда, то был разочарован — там нечем было поживиться. Он не знал, что на подвластной ему территории находится Потоси, где позже испанцы откроит богатейшие в мире залежи серебра. Альмагро претендовал на Куско. Схватки между испанцами не заставили себя долго ждать, причем они были не менее яростными, чем битвы с индейцами.

Междоусобицы закончились в Куско в 1538 году, когда Альмагро было нанесено поражение братом Писарро — Эрнандо Неистовый и кровожадный Эрнандо казнил 120 человек, а самого Альмагро убил как предателя. Но это была его ошибка. Вернувшись в Испанию, он был заключен в тюрьму за этот акт мести.

Одержав победу над Манко и Альмагро, Писарро окончательно утвердился в новом городе Лиме. Он занимался обустройством своего дома, ухаживал за садом, прогуливался по улицам, навещая старых солдат, носил старомодное черное одеяние с красным рыцарским крестом на груди, дешевую обувь из оленьей кожи и шляпу. Единственной дорогой вещью у него была шуба из меха куницы, присланная кузеном Кортесом.

Писарро любил играть со своими четырьмя маленькими сыновьями, хотя так и не женился на их матери-индеанке или какой-либо другой женщине. Он безразлично относился к хорошим винам, еде, лошадям. Постаревший и несказанно богатый, этот наиболее удачливый из всех конкистадоров, казалось, просто не знал, что делать с неожиданно свалившимся на него богатством. Он составил несколько завещаний. Главной его заботой было продолжить родословную и прославить имя Писарро. Всем своим наследникам, как мужского, так и женского пола, он наказывал носить эту фамилию.

Но казнь Альмагро повлекла за собой возмездие. Горстка его сторонников в Лиме испытывала горечь от поражения и нищеты. Существует предание, что у них была лишь одна шляпа на всех, поэтому, как настоящие испанские идальго, они могли появляться на улицах только по одному. Они стали союзниками молодого сына Альмагро. Их объединяла ненависть к Писарро, и они решили убить его. До губернатора дошли сведения о готовящемся заговоре, но он не обращал внимания на предупреждения.

Воскресным утром 26 июля 1541 года Писарро принимал в своем дворце гостей, когда в дом ворвалось 20 человек с мечами, копьями, кинжалами и мушкетами. Гости разбежались, некоторые выпрыгивали прямо из окон 63-летний Писарро защищался в спальне мечом и кинжалом. Он дрался отчаянно, убил одного из нападавших, но силы были неравны, и вскоре он упал замертво от множества нанесенных ран.

Место, где он был убит в президентском дворце, теперь покрыто мраморными плитами. На площади Армас в Лиме стоит кафедральный собор, тоже связанный с именем Писарро. В 1977 году во время ремонтных работ собора в кирпичной кладке сводов были обнаружены фобы и свинцовая коробка. В ней оказался череп и рукоятка меча. Снаружи была выгравирована надпись: «Это голова маркиза дона Франсиско Писарро, который открыл и завоевал Перуанскую империю, отдав ее под власть короля Кастилии».