В ноябре 1902 года в римской судебной хронике появилось сообщение, которое в обществе связывали с именем Мануйлова. Это дело об убийстве русской подданной молодой полячки Зоей Ольшевской на почве ревности 27-летним поручиком Казимиром Дроецким, которому покровительствовал Мануйлов.

Возникшие в Италии обстоятельства принудили Мануйлова покинуть страну, но нисколько не повредили его карьере, наоборот, ему стали давать очень деликатные поручения.

В августе 1903 года министр внутренних дел В К. Плеве санкционировал командировку Мануйлова в Париж на полгода для установления ближайших сношений с иностранными журналистами. В деньгах Мануйлов не нуждался, его труд щедро оплачивался. Он много писал в «Новое время» и «Вечернее время»

В Париже Иван Федорович жил на широкую ногу. Он регулярно посещал казино. Его часто видели в обществе высокой стройной блондинки. Мануйлов много путешествовал по Франции, знакомился с ее старинными городами, увлекался архитектурой, приобретал в салонах картины французских художников.

Русско-японская война поставила перед Мануйловым новые задачи. Военный шпионаж, да еще в период войны — деятельность не только трудная, но и опасная. В справке Департамента полиции от 2 декабря 1904 года сообщалось: "С начала военных действий против нашего отечества Мануйловым была учреждена непосредственная внутренняя агентура при японских миссиях в Гааге, Лондоне и Париже, с отпуском ему на сие 15 820 рублей; благодаря сему представилось возможным, наблюдая за корреспонденцией миссий, получить должное освещение настроений и намерений нашего врага; кроме того, Мануйлову удалось получить часть японского дипломатического шифра и осведомляться таким образом о содержании всех японских дипломатических сношений. Этим путем были получены указания на замысел Японии причинить повреждения судам Второй эскадры на пути следования на Восток. По возвращении в Россию Мануйлов получил от департамента поручение организовать специальное отделение розыска по международному шпионству и наблюдению за прибывающими в столицу представителями некоторых держав, сочувствующих Японии. Энергичная деятельность Мануйлова дала вскоре же осведомленность в отношении английского, китайского и шведского представителей, причем Мануйлов даже сумел проникнуть в тайну их дипломатических сношений, а равно организовал агентуру при турецком посольстве.

В октябре 1904 года, ввиду полученных указаний, что Вена, Стокгольм и Антверпен являются центрами японской военно-разведочной организации, департаментом было признано полезным учредить через посредство Мануйлова в этих городах наблюдение, на что Мануйлову и было отпущено первоначально 770 франков, а затем 800 франков и, наконец, ежемесячно по 5550 франков".

Деятельность Мануйлова была высоко оценена русским правительством. За особые заслуги перед Россией он был награжден орденом Святого Владимира 2-й степени, а в 1905 году — испанским орденом Изабеллы Католической.

Известно, что любимыми героями Ивана Федоровича были д'Артаньян и три его друга, а любимый девиз — «Цель оправдывает средства». Этот девиз, по свидетельству журналиста П. Павлова, был выгравирован на медной пластинке чернильного прибора, сопровождавшего его во всех переездах.

Вот один из любопытных памфлетов, хранящихся в личном деле Мануйлова:

«Во время борьбы за власть Плеве и Витте Мануйлову было поручено раздобыть документы, уличающие Витте в неблагонадежности. Князь Мещерский, игравший тогда заметную роль в высших сферах, ввел Мануйлова к Витте. Здесь Мануйлов каким-то путем выяснил, что нужные документы хранятся у одного из бывших секретарей Витте. Поместившись в номере гостиницы „Бель-Вю“, смежном с номером, занятым этим секретарем, его агент при помощи подобранных ключей проникает в номер секретаря, вскрывает его письменный стол и снимает нужные копии с бумаг. Все это было сделано ловко, бесшумно, результатом чего явилось увольнение Витте от должности министра финансов. На организацию кражи документов у Витте Мануйлову была отпущена Плеве крупная сумма денег, но Мануйлов потребовал увеличить эту сумму „на непредвиденные расходы“, что привело Плеве в бешенство».

1905 год был самым удачным, самым счастливым в жизни Мануйлова. У него все получалось. Новый год он встретил в Санкт-Петербурге на балу у Елисеевых; много танцевал и увез с собой маленькую балерину Мариинского театра Булатову, сыгравшую впоследствии в его жизни роковую роль. Сразу после Рождества, уже в Париже, он снял особняк для очаровательной 18-летней Катрин Изельман, учащейся Высших женских курсов.

Финансовое положение Мануйлова тоже было надежным. Его доход превышал 50 тысяч рублей в год Ему высылали значительные суммы Департамент полиции, Главное артиллерийское управление за сведения о современном вооружении европейских стран, Адмиралтейство за услуги Балтийскому флоту…

В основном капитал он хранил в банках и тратил лишь на собственное содержание, на женщин, на предметы роскоши и картины. В его доме на Большой Морской была ампирная мебель, скульптура, коллекция фарфора.

В 1905 году руководителем розыскного отделения департамента стал старый знакомый Мануйлова Рачковский, который вместе с начальником секретного отделения департамента полиции Гартингом основательно занялись Мануйловым. Они пришли к выводу, что сведения Мануйлова не стоят тех денег, которые он получал. 24 июня 1905 года Гартинг представил в министерство внутренних дел доклад о Мануйлове, заканчивавшийся словами: «Принимая во внимание, что сведения г-на Мануйлова не дают никакого материала секретному отделению, между тем как содержание его в Париже вызывает для департамента весьма значительный расход, имею честь представить на усмотрение Вашего превосходительства вопрос о немедленном прекращении г-ном Мануйловым исполнения порученных ему обязанностей и отозвания его из Парижа, с откомандированием его от Департамента полиции, однако продолжать выдачу ему личного содержания до 1 января 1906 года».

Рачковский праздновал победу. Мануйлову был нанесен жестокий удар. Но еще большие неприятности его ждали впереди.

26 декабря 1905 года министр внутренних дел П. Н. Дурново назначил Мануйлову жалование из секретных сумм в размере 7200 рублей ввиду возложенного на него С. Ю. Витте поручения. Мануйлову предстояло встретиться с Гапоном, одним из вдохновителей рабочих забастовок, и уговорить его выехать за границу. Ивану Федоровичу после долгих бесед удалось склонить Гапона к отъезду. Однако далее началась эпопея с 30 тысячами. Мануйлова стали подозревать в присвоении денег, переданных ему для внесения через Гапона в кассу рабочих организаций. Сам же Иван Федорович говорил, что его просто «подставили». Так или иначе Мануйлов был уволен с государственной службы, причем без права занимать в дальнейшем официальную должность.

Первые дни 1906 года 6 н провел с очаровательной Булатовой. В Рождество встретил неотразимую француженку Анни Дюзель, которой когда-то дал рекомендательные письма в Петербург. Вскоре она переехала в его двухэтажный Дом в Дубках.

Между тем дела авантюриста шли из рук вон плохо. Пытаясь найти выход из создавшегося положения, Мануйлов метался между Москвой, Петербургом и Парижем, принимая сомнительные предложения. 12 апреля 1906 года Булатова сообщила ему, что ждет ребенка. Положение Мануйлова с каждым днем становилось все опаснее. Балерина была дочерью полковника А. С. Булатова и имела в Санкт-Петербурге надежную защиту.

Мануйлов отправил ее в Дубки, где жила Дюзель. Булатова была приветливой, и Анни стала поверять ей свои сокровенные тайны.

28 мая Мануйлова вызвали в Дубки в связи с убийством Анни Дюзель. Вскрытие показало, что она была отравлена, однако следствие удалось прекратить. В протоколе было написано, что смерть наступила в результате несчастного случая.

Гартинг продолжал расследовать деятельность Мануйлова. Он встречался с его агентами, изучал документы. Выяснилось, что многие агенты не получили обещанного вознаграждения.