В декабре 1506 года секретарю Чезаре, Федериго, который возил его письма в Италию, было поручено наблюдать за ситуацией на полуострове. Поступивший на службу к папе, маркиз Мантуанский только что сверг Бентивольо в Болонье. Но Романья не забыла своего герцога, и, возможно, Чезаре там мог бы действовать с большей выгодой для себя, чем во Фландрии. Но никаких сообщений не поступало, потому что папа приказал арестовать Федериго в Болонье.

Чезаре не мог распоряжаться своим движимым имуществом и крупными денежными вкладами в банках Генуи — этому воспротивился Юлий II. Тогда он вспомнил, что является французским принцем, герцогом де Валентинуа и сеньором Иссудена. Ему остается получить ежегодные выплаты доходов от своих владений. Он по-прежнему не имел ответа на свое требование в мае 1505 года выплатить приданое его жены. Поэтому в январе 1507 года посылает своего мажордома Рекесенса к Людовику XII, чтобы потребовать долг и просить разрешения короля занять полагающееся ему место при дворе и ему служить. Король совершенно не готов благосклонно отнестись к этим просьбам и издает 18 февраля в Бурже грамоты, по которым де Валентинуа лишается Иссудена и его соляного амбара: этим король хочет наказать Чезаре за угрозы в адрес его союзницы Флоренции, за согласие на протекторат Пизы и попытки изгнать из Болоньи его протеже Джованни Бентивольо. Но особенно он его винит в отказе участвовать в захвате королевства Неаполитанского и в помощи его противникам. За «злые поступки» и «величайшую неблагодарность» он приказывает, чтобы все его прибыли и жалованья, некогда дарованные Чезаре, были возвращены короне. Теперь речь идет о жестоком сведении счетов и оскорблении де Валентинуа. Воинственно настроенный, в полном расцвете молодости — ему только что исполнилось 30 лет, Чезаре пытается отомстить всем тем, кто ему вредил: Его Католическому Величеству, Юлию II, наконец, Людовику XII, отказывающемуся теперь признать свои бесчисленные долги по отношению к герцогу. Де Валентинуа пытается воздействовать на своих врагов, живя в маленьком королевстве своего шурина короля Жана Наваррского. Со стороны Испании Наварре угрожает Фердинанд Арагонский, а со стороны Франции — Людовик XII. Эта ситуация является следствием сложного процесса урегулирования наследования трона, отмеченного соперничеством семей Арагонов и де Фуа. Жан д’Альбре, ставший преемником Франциска Феба де Фуа, вынужден противостоять мощной оппозиции, во главе которой находится Луи де Бомон, граф де Лерен и коннетабль Наварры. Он борется за возвращение Наварры Фердинанду Арагонскому.

Король Жан Наваррский назначает Чезаре главным капитаном своих армий и посылает его воевать с графом де Бомоном. Это грозный противник. Он маленького роста, но знаменит своей кровожадностью. Об этом говорится в его эпитафии в монастыре Веруэлы: «В таком маленьком теле никогда еще никто не видел столько силы». Его ничто не останавливает: ради удовлетворения собственных амбиций он развяжет подряд три войны в Наварре, не побоявшись помощи из-за границы. Он будет заочно приговорен к смертной казни за оскорбление величества. А пока он занимает крепость Вианы, из которой его нужно изгнать. Король Жан и Чезаре подходят к крепости. Они опираются на поддержку города, чтобы осадить замок, отделенный от домов дикими песчаными равнинами, изрезанными оврагами.

Де Валентинуа командует 1000 всадников, 200 дворянами и 5000 пеших солдат, осадной и полевой артиллерией. Он осаждает замок, в котором не хватает продовольствия. Лагерь графа де Бомона находится на некотором расстоянии отсюда, в Мендавиа, по дороге на Логроньо. Там стоит армия в 200 групп копьеносцев и 600 пеших солдат, ведущая беспокоящие действия против осаждающих. В ночь на 11 марта сильная буря разогнала часовых Чезаре. Воспользовавшись этим, Бомон смог провести караван из 60 вьючных животных с мукой в ложбину недалеко от города. Он приказывает внести это продовольствие в крепость через ворота, которые позже назовут Puerto del Socorro, Ворота Помощи. Уловку приходится повторить дважды, но осаждавшие ничего не замечают. На заре, когда он уже возвращается в лагерь в сопровождении хорошо вооруженной охраны, то сталкивается с отрядом кастильцев — подкреплением, шедшим по дороге на Логроньо. Их направил к королю Наваррскому его союзник — герцог де Нахера, друг графа Бенавенге. В городе дан сигнал тревоги. Чезаре, застигнутый врасплох, спросонья поспешно надевает свои доспехи и прыгает в седло, не дожидаясь преследователей.

Ругаясь и богохульствуя, де Валентинуа несется прямо на врага через открытые для него ворота Солана, наталкивается на арьергард и убивает троих. Обернувшись, Бомон замечает этого неистового человека, похожего на одинокого хищника, и бросает против него отряд всадников. Во главе маленького войска в 20 человек — Луис Гарсиа де Агредо и Педро де Алло. Они завлекают де Валентинуа туда, где местность особенно изрезана и его не увидят люди гарнизона Вианы и войска де Бомона. Де Валентинуа героически сражается в одиночку. Ударом в подмышечную впадину он выбит из седла и, пронзенный насквозь, падает, окровавленный. Нападающие забирают его оружие и сверкающие доспехи. Они уводят его коня и догоняют своего повелителя, придавив обнаженный труп большим камнем.

Бомон, увидев в руках своих людей великолепную кольчугу, понимает, что их жертвой стал какой-то принц. Он тут же приказывает отправиться за трупом и перенести в его шатер в Мандавии. Но на месте боя всадники слышат крики людей короля Наваррского. Они поспешно удаляются, уводя с собой юного конюшего, в страшном отчаянии бродившего по равнине. Его приводят к Бомону. Он разрыдался, когда ему показали сверкающие доспехи: еще утром он отдал их своему хозяину — монсеньору Чезаре Борджиа Французскому, герцогу Романьи.

Тем временем король Жан Наваррский нашел обнаженное и окровавленное тело своего шурина. Он приказал прикрыть его накидкой и перевезти в Виану. Прах Чезаре помещен в приходской церкви Санта-Мария, где прошли пышные похороны. В том же 1507 году была поставлена гробница с памятником. Мраморные барельефы изображают скорбящих библейских царей. Поэт Сориа позже напишет пышную эпитафию, которая будет включена в Romancero espanol, Испанские эпические песни — сборник кастильской поэзии, опубликованный в 1511 году. В этих стихах воспевается знаменитый сын папы Александра VI:

Но сегодня в церкви в Виане пусто. В конце XVII века епископ Калахорры приказал уничтожить склеп, чтобы стереть из памяти воспоминание о том, кого мрачная легенда окружила ореолом скандальности. Это надругательство стало ответом на преступление, совершенное двумя столетиями ранее против несчастного Педро де Аранда, епископа Калахорры, заключенного в 1498 году в замок Сант-Анджело, где он и умер. Несколько костей, погребенных под ступенями церкви, два пилястра с гробницы с тонкими украшениями в стиле эпохи Возрождения, врезанные в главный алтарь, — вот и все, что осталось на испанской земле после того, кто в течение стольких лет заставлял трепетать мир.