Новгородцы вновь позвали Александра княжить. Он прибыл с «низовыми полками» (не все русские полки полегли в борьбе с татарами) и разгромил немцев в битве на Чудском озере, о чём речь ниже.

Вскоре Александр разбил в трёх сражениях литовцев, попытавшихся обосноваться на русских землях (сражения у Торопца, у озера Жизца и около Усвята в 1245 г.), и выгнал их за рубеж.

Положение оставалось очень сложным. Разорившие Русь монголы зорко следили за всем, что происходит на русских землях. Отец Александра, князь Ярослав, в 1243 г. ездил к Батыю и получил ярлык на великое княжение. Ситуация вроде бы разрядилась. Но в 1245 г. в Европе был объявлен крестовый поход против татар. Военные действия предполагалось вести на русской земле (и русскими руками), что могло окончательно опустошить её. Князьям надо было трезво учесть обстановку. Кочевники-монголы пока что требовали формального подчинения, не вмешивались в духовную жизнь общества и были заинтересованы в щите, прикрывавшем их с Запада. Угроза из Европы была ощутимей. Многочисленное рыцарство, подкреплённое деньгами Ганзы и руководимое католической церковью, имело более конкретные планы. Ярослав и Александр, рассудив, сочли необходимым признать главенство монголов и обороняться от натиска с Запада. Роль русских князей в жизни Орды и всей Монгольской империи возросла. Князь Ярослав, когда на него пало подозрение в измене, был отравлен, открыто убивать его монголы уже боялись. И владения Ярослава разделили между его сыновьями. Александр стал киевским князем (1248 г.), его брат Андрей — владимирским.

Андрей, настроенный антимонгольски, готовил восстание против них и ждал помощи от Запада. Это могло вылиться в новую кровопролитную войну, от которой выиграли бы только немцы. И Александр поехал в Орду, побратался с сыном Батыя Сартаком (1251 г.) и со вспомогательными татарскими войсками вернулся. Брат его бежал за границу, и Александр стал княжить во Владимире.

Он укрепил западную границу, подписал договор с Норвегией (1251 г.), совершил ещё один поход в финские земли (1256 г.) и подавил восстание в Новгороде (1259 г.).

В 1262 г. готовилось новое восстание против монголо-татар. Александр снова (в 4-й раз) поехал в Орду и путём переговоров предотвратил карательную экспедицию на русские земли.

Возвращаясь, он умер. Это произошло 14 ноября 1263 г. в Городце на Волге. «Зашло солнце Русской Земли», — так отреагировали современники на его смерть. В 1380 г. Александр Невский был объявлен святым. Впоследствии на месте сражения Александра со шведами Пётр I велел воздвигнуть Александро-Невскую лавру.

Самым великим из подвигов Александра (и военных и дипломатических) считается битва на Чудском озере.

Прибыв в Новгород в 1241 г., Александр застал Псков и Копорье в руках Ордена. Не долго собираясь, он начал ответные действия. Воспользовавшись трудностями Ордена, отвлечённого на борьбу с монголами, Александр Невский выступил на Копорье, взял город штурмом и перебил большую часть гарнизона. Часть рыцарей и наёмников из местного населения была взята в плен, но отпущена (немцы), изменники из числа «чуди» перевешаны.

К 1242 г. и Орден, и Новгород накопили силы для решающего столкновения. Александр дождался брата Андрея Ярославича с «низовыми» войсками (Владимирского княжества). Когда «низовое» войско было ещё на подходе, Александр с новгородскими силами выступил под Псков. Город был окружён. Орден не успел быстро собрать подкрепления и выслать к осаждённым. Псков был взят, гарнизон перебит, орденские наместники в оковах отправлены в Новгород.

Все эти события произошли в марте 1242 г. Рыцари смогли лишь сконцентрировать войска в Дерптском епископстве. Новгородцы переиграли их по времени. Александр повёл свои войска на Изборск, его разведка перешла границы Ордена. Один из разведывательных отрядов при столкновении с немцами был разбит, но в целом разведка определила, что рыцари основные силы двинули гораздо севернее, в стык между Псковским и Чудским озером. Тем самым они короткой дорогой выходили к Новгороду и отрезали Александра в районе Пскова.

Александр поспешил со всем своим войском на север, опередил немцев и перегородил им дорогу. Поздняя весна и сохранившийся лёд на озёрах делали поверхность наиболее удобной дорогой для перемещения, а заодно и для манёвренной войны. Именно на льду Чудского озера Александр стал ждать приближения орденского войска. На рассвете 5 апреля противники увидели друг друга.

Войска, противостоявшие рыцарям на льду Чудского озера, имели сводный характер. Дружины, подошедшие из «низовых земель», имели один принцип комплектования. Новгородские полки — другой. Сводный характер войска привёл к тому, что единой системы управления не было. Традиционно в таких случаях собирался совет князей и воевод городовых полков. В данной ситуации неоспоримым было основанное на высоком авторитете главенство Александра Ярославича Невского.

«Низовые полки» состояли из княжеских дружин, дружин бояр, городских полков. Войско, выставленное Великим Новгородом, имело принципиально иной состав. В него входили дружина приглашённого в Новгород князя (т.е. Александра Невского), дружина епископа («владыки»), гарнизон Новгорода, служивший за жалованье (гриди) и подчинённый посаднику (впрочем, гарнизон мог остаться в самом городе и не участвовать в сражении), кончанские полки, ополчение посадов и дружины «повольников», частных военных организаций бояр и богатых купцов.

Кончанские полки именовались так по пяти «концам» города Новгорода. Каждый полк представлял определённый «конец», делился на две сотни, сотня комплектовалась несколькими улицами. По такому же принципу формировались посадские полки.

Принцип набора полка по «концам» осуществлялся следующим образом: двое жителей собирали в поход третьего — пешего воина. Зажиточные выставляли конного воина. Владельцы определённого количества земли должны были выставить определённое количество конников. Единицей измерения была «соха» — количество земли, которую можно было запахать на трёх лошадях при двух помощниках (хозяин — сам-третий). Обычно десять сох давали одного конного воина. В экстремальных ситуациях конника выставляли четыре сохи.

Вооружение новгородских воинов было традиционным для русских земель, но с одним исключением — у новгородцев не было специальных лучников. Лук имел каждый воин. Любая атака предварялась залпом из луков, затем те же воины шли на сближение врукопашную. Помимо луков новгородские воины имели обычные мечи, копья (поскольку пешее войско часто сталкивалось с конными княжескими дружинами, широко распространены были копья с крючьями на конце для стаскивания воинов противника с коня), ножи-засапожники, широко применявшиеся в ближнем бою, особенно когда пехота опрокидывалась конницей; упавшие резали лошадей противника (жилы, брюхо).

Командный состав представляли сотники и воеводы, командовавшие одним или двумя полками; воеводы подчинялись князю, который, кроме того, непосредственно командовал и своей дружиной.

В тактическом отношении эти части составляли на поле боя сторожевой полк, «чело» и «крылья». Каждый полк имел свой стяг — знамя и военную музыку. Всего в новгородском войске было 13 стягов.

Система снабжения была примитивной. Выступая в поход, каждый воин имел с собой запас продовольствия. Запасы вместе с шатрами, стенобитными машинами и пр. возились в обозе («в товарах»). Когда запасы заканчивались, специальные отряды «зажитников» (фуражиров) отправлялись на их сбор.

Традиционно бой начинал сторожевой полк, затем — пешая рать, затем — конное новгородское войско и дружины князей. Широко применялась система засад, выслеживания противника и т.д.

В целом выставленное Великим Новгородом и «низовыми» землями войско являлось достаточно мощной силой, отличавшейся высоким боевым духом, осознающим всю важность момента, значение борьбы с нашествием крестоносного рыцарства. Численно войско достигало 15–17 тыс. В этом исследователи едины. Большую часть его составляли пешие новгородское и владимирское ополчения.