Его успехи привлекли внимание в СССР. В конце 39 г. Кереса приглашают принять участие в тренировочном турнире Ленинград — Москва. Он хочет познакомиться с советскими шахматистами, их стилем игры, шахматными исследованиями, а московское руководство желает присмотреться к нему, возможному опасному сопернику советского претендента на мировую шахматную корону. Такой претендент уже запланирован: во время турнира АВРО комментатор газеты «Правда», давая обзор происходящего в Голландии, пишет, что «только Ботвинник и Керес имеют моральное право претендовать на звание чемпиона мира». Естественно, запланирован не Керес.
Уже на этом этапе проблема переходит в область политики и решается на самом высоком уровне, не спортивными инстанциями, еще до захвата Прибалтики Советским Союзом. С подачи спортивного начальства вопрос рассматривает Совнарком СССР, а затем Политбюро ЦК ВКПб: «Протокол N 9<…>пункт Повестки дня — 120, от 24 декабря 1939 г. О приеме чемпиона Эстонии по шахматам Пауля Кереса. Утвердить следующее Постанпвление Совнаркома Союза ССР: Совнарком Союза ССР разрешает Всесоюзному Комитету по Делам Физкультуры и Спорта при СНК принять чемпиона Эстонии по шахматам Пауля Кереса в ноябре — декабре 1939 года в гг. Свердловске, Москве и Ленинграде» (Хеу279).
Поездка оказалась для Кереса неудачной. В одной из статей он писал: «Вместо того, чтобы после такого напряжения (турнир АВРО- ПР) немного отдохнуть, я совершил ту же ошибку, что и в 1936 году после Наугейма, и поехал на турнир в Россию. Но сил для удвоенного напряжения не хватило и пришлось мириться с двенадцатым-тринадцатым местами из восемнадцати. Какое падение после такой большой победы!» Следует добавить: для поддержки Керес хотел взять с собой своего старого друга, Юри Ребане, но тому не дали визы. Керес оказался одиноким, не знающим русского языка, в незнакомой среде, совсем не дружественной, что, конечно, входило в замысел приглашающих (Хеу279-80).
Таким образом, уже в конце 30-х гг. началась закулисная борьба советских властей, направленная против Кереса. Это важно, чтобы уяснить несостоятельность довольно широко распространенной (распространяемой) версии о якобы плохом поведении Кереса во время войны, об его сотрудничестве с немецкими оккупантами, как причине недоброжелательства к нему руководящих советских инстанций.
А Керес продолжал играть. Большей частью удачно. Иногда не совсем. Остро, рискованно. С комбинациями, не всегда верными. Нередко с юношеским легкомыслием. Но с каждым соревнованием набирая опыт и силу.
В 40-м году советские войска захватили Эстонию (см. 5-ю главу) и начали наводить новые порядки. Вся структура политической, экономической, общественной жизни страны была разрушена. Возникли проблемы и у шахматистов. Был распущен их союз, из-за его «реакционной деятельности», не учитывающей интересы «рядовых любителей». Такая же судьба постигла шахматные клубы. Керес потерял издаваемый им на призовые деньги от турниров шахматный журнал, так как закрыли его банковские счеты. Не обошлось и без доносов любителей теплых местечек, торопившихся зарекомендовать себя перед новой властью. Автор одного из них писал: «Я узнал, что есть намерение предложить Кересу работу советника на новом месте работы. Мне кажется, что он не подходит к перестройке шахматной жизни». На положении Кереса донос, как будто, не сказался, но его автор получил солидную должность инспектора (Хеу305- 6).
Кереса, как и большинство эстонцев, все происходящее травмировало. Но выхода не было. Через много лет он признавался: «Я должен был играть в шахматы и ждать. Это перст судьбы» (там же). Через два месяца ему предстояло играть в чемпионате СССР. Перед этим он тяжело болел, но на чемпионат поехал. Его встретили как важного общественного деятеля. Во время открытия чемпионата болельщики его приветствовали бурными аплодисментами. Один из них позднее вспоминал: «Худой, стройный, спортивный. Трогательно молодой джентльмен. Шагал как-то застенчиво. Играл королевский гамбит. Зал следил за ним как зачарованный. (Хеу306). Композитор Сергей Прокофьев громко аплодировал Кересу. Ботвинник сердился: он не может сосредоточиться. Прокофьев будто бы сказал в ответ на его протесты: я имею право выражать свои чувства. Над всем маячила альтернатива: Ботвинник или Керес? Кто будет представлять СССР на мировом первенстве? Начали оба неудачно. Но после десяти туров оба выправились. Друг с другом сделали ничью. В итоге Керес оказался на четвертом месте, но Ботвинник в турнирной таблице стоял еще ниже, на шестом. Вопрос о том, кто должен выступать против Алехина, Ботвинник или Керес, на этом чемпионате так и не был решен.
И тогда начальство придумало вариант „абсолютного“ чемпиона. Матч должен был состоятся между шестью победителями прошедшего первенства в четыре круга. Почему шести? Иначе туда не попадал Ботвинник. В мемуарах Ботвинник говорит о возникновении этого варианта. Преодолев осадок от прошедшего турнира он начал серьезно исследовать „вариант защиты Нимцовича и почувствовал, что дело пошло“. Одновременно послал письмо Снегиреву, одному из шахматных организаторов, „где иронизировал по поводу того, что чемпионом страны должен стать победитель матча Бондаревский — Лилиенталь (разделившие первое-второе место-ПР) <…> Снегирев и сам сознавал, что этот матч для противоборства с Алехиным значения не имеет, он понял мой намек и взялся за дело, как всегда, бесшумно и энергично. Как он сумел убедить начальство, не знаю, он этого не рассказывал, но месяца через два было объявлено об установлении звания ''абсолютного'' чемпиона <…> Смысл, который вложил Снегирев в понятие ''абсолютный'', был ясен: именно абсолютный чемпион СССР должен играть матч с Алехиным“ (Хеу313).
Приказ Всесоюзного комитета по физической культуре и спорту опубликован 14 февраля 41 г., 18 марта состоялась жеребьевка, а 23 в Ленинграде началась первая половина матча на звание „абсолютного чемпиона“. На первый взгляд, матч не задевал интересов Кереса, давал ему еще один шанс завоевать право играть с Алехиным. На самом деле матч был в интересах только Ботвинника. Он — единственный из участников, кто узнал о матче заранее. По сути сам Ботвинник был инициатором матча, подсказал идею его проведения (не очень-то красиво). Он имел время хорошо подготовиться к нему и использовал его с максимальной возможностью. Для всех других участников матч оказался неожиданностью. Лилиенталь спокойно уехал в Сибирь давать сеансы одновременной игры; известие о матче, присланное по телеграфу, было для него „словно удар обухом по голове. Я был крайне зол: такого турнира просто не ожидал. Да и не подготовлен я был к такому соревнованию“. „Я был просто малоопытным, надо было просто отказаться и все!“ — жаловался через много лет Бондаревский (Хеу314). Плохо подготовился к матчу и Керес. Он явно не придавал ему важного значения, не понимал роли его, советских традиций, закулисных сторон происходящего, пошел на него без особой подготовки (ограничился анализом партий в тартуских кафе, со слабыми шахматистами). Не было и физической подготовки. Даже местный комментатор писал: „Керес пошел на ответственное соревнование, не подготовившись, и усталый“ (Хеу324). И проиграл уже в третьем туре первого круга решающую партию Ботвиннику, как раз тот вариант защиты Нимцовича, который Ботвинник готовил особенно тщательно, начав с него подготовку к турниру, „проанализировал вариант весьма глубоко“. А Керес принял решение играть вариант в последний момент, уже сидя за доской. Он попался на домашнюю заготовку и Ботвинник его разгромил. Игра была решена на восьмом — девятом ходу, партия „завершилась молниеносной матовой атакой“, и Керес признал поражение. Его выбили из колеи. Такого проигрыша у него в жизни еще никогда не было. Керес не оправился от этой травмы до конца турнира, а, возможно, последствия давали о себе знать гораздо дольше. Ботвинник выиграл матч. Начальство ликовало. Сразу после окончания тура за сцену, где находился Ботвинник, „Врывается Снегирев и, сжимая руки, бегает вокруг и приговаривает: ''Эм-Эм (так он величал меня всегда, когда был чем-то взволнован), вы сами не знаете, что сделали''. Видимо, Владимир Николаевич, настаивая на организации матч-турнира, предсказывал мой успех и теперь торжествовал“ (Хеу317). Торжествовал, очевидно, и Ботвинник, сделав существенный шаг в борьбе за место чемпиона мира. Ведь речь шла не об одной выигранной партии, но и о деморализации на долгое время главного противника. До этого Ботвинник играл с Кересом в двух турнирах и оба раза был позади. Ныне он получил реванш, а в подсознании Кереса стал развиваться какой-то комплекс Ботвинника (Хеу319).