В 1986 году ООП начала посылать наиболее многообещающую радикальную молодежь на специальное обучение в лагеря моджахедов в Пакистане, где у всех исламистских партий были благоприятные условия для тренировок. Палестинцы вступали в такие организации, как египетская партия «Такфир ва-аль-Хиджра» (в ней состояли убийцы Садата), сирийский и ливанский филиалы Мусульманских братьев. При поддержке Абу-Джихада «Братья-мусульмане» в Иордании также поощряли стремление своих членов воевать в Афганистане.

Хотя арабские моджахеды — особенно египтяне, палестинцы и иорданцы — проходили интенсивную тренировку в финансируемых МВР лагерях, не всех их посылали сражаться в Афганистан. Многие из них после завершения обучения и последующего периода практики исчезали из виду, чтобы затем стать элитными кадрами международного исламского терроризма. Эти иностранные добровольцы проходили специальную подготовку в таких областях, как обращение с ручными зенитными ракетами и проведение диверсий, — особенно с использованием сложных детонаторов с дистанционным управлением и усовершенствованной пластиковой взрывчатки. Их также интенсивно знакомили с идеологией исламизма, благодаря чему они становились набожными и сверхпреданными. Роль таких палестинских стажеров в системе «ООП — Исламский джихад» всплыла на поверхность при аресте члена «Исламского джихада» в Израиле в начале августа 1987 года. Он готовился взорвать технически сложную бомбу, заложенную в автомобиле в центре Иерусалима или Тель-Авива.

Иранцы быстро отреагировали на распространение панисламистских настроений в Пакистане. В начале декабря 1985 года аятолла Ибрагим Амини, вице-председатель Совета экспертов Ирана, заявил, что Иран «счастлив наблюдать усилия, предпринимаемые в Пакистане для установления исламской системы». Подчеркивая значение иранского опыта и особенно его панисламистский характер, Амини советовал пакистанцам следовать подобным путем. Он подчеркивал, что «при установлении исламской системы важно избегать незначительных различий. Следует действовать согласно установленным догмам ислама, заниматься вопросами молитвы и поста вместо того, чтобы ссориться из-за мелких различий… Если мы погрязнем в шиитско-суннитских распрях, среди мусульман не будет единства». Амини давал понять, что Иран поддерживает подход «Джамаат-и-Ислами» (главная пакистанская исламистская партия, идеологии которой придерживается Зия-уль-Хак), нацеленный на исламизацию Пакистана, и добавлял, что поскольку «религиозный и конституционный долг Ирана — оказывать помощь всем мусульманским странам», Тегеран поможет соответствующим силам в Пакистане завершить процесс исламизации. После этого помощь из Ирана потекла широким потоком — первоначально через Джундулла, террористическую организацию Гулбаддина Хекматияра.

Джундулла возникла как ответвление поддерживаемой МВР партии «Хизб-и-Ислами», чтобы взаимодействовать с иранцами, минуя официальный Исламабад.

В Афганистане и Пакистане исламистские организации откровенно поддерживали глобальную миссию своих иностранных «добровольцев». Преданный идее построения утопического мусульманского государства Гулбаддин Хекматияр обращался с призывами к консервативному арабскому миру, заявляя, что «Хизб-и-Ислами» «с падением кабульского режима еще не достигла своей цели. Даже после полного вывода советских войск «Хизб-и-Ислами» продолжит джихад, пока не будет построено исламское государство». Гулбаддин Хекматияр руководил «Хизб-и-Ислами» в соответствии с догмами «Братьев-мусульман», члены которого были убеждены, что война с отступниками важнее войны с иностранным врагом. Чтобы джихад шел успешно и свершилась исламская революция, сначала было необходимо очистить ряды моджахедов от отступников и прислужников империализма. Фанатично следуя этой утопической идее, «Хизб-и-Ислами» начала бороться с другими группами сопротивления, передавала их руководителей и оружие Советам и заключала локальные договоренности о прекращении огня с властями ДРА. Ради достижения своей экстремистской, идеалистичной и долгосрочной цели Гулбаддин Хекматияр шел на заключение «временных» компромиссов с неверными, способствуя тем самым сдерживанию и конечному подавлению настоящего Афганского сопротивления. Советы манипулировали «Хизб-и-Ислами» преимущественно с помощью своих многочисленных агентов в военном совете Хекматияра — в нем состояли не только представители «Братьев-мусульман», но и советники из Ливии, Ирана, а также члены ООП. В начале 1980-х стало известно, что Гулбаддин Хекматияр посетил Ливию и Иран; поговаривали также, что он посещал и НДРЙ. Пока «Хизб-и-Ислами» продолжала подавлять националистические и этнические организации моджахедов в Афганистане, Гулбаддин Хекматияр продолжал получать мощную пакистанскую, саудовскую и американскую поддержку, несмотря на свое участие в братоубийственной войне.

Подобные идеологические процессы в индийском Кашмире начались примерно в 1984 году. Тогда в Кашмире внезапно стал популярным лозунг «Ислам — в опасности», и именно это чувство, а не национализм, стало побуждающим фактором для кашмирской молодежи. В то время мощная учебная инфраструктура МВР, созданная якобы для афганских повстанцев, примиряла между собой различные региональные группы, прививая при этом чувство товарищества и солидарности, равно как и лояльности к Пакистану. И вскоре афганские террористы начали тайком проникать в Индию для организации местных террористических отрядов. Первые афганцы были взяты в плен в Кашмире в начале 1984 года.

К концу 1980-х годов МВР развернула полномасштабную подрывную деятельность в Кашмирской долине. Когда война в Афганистане стала утихать, разветвленная сеть учебных лагерей для афганских моджахедов по всему Пакистану была преобразована в центр для исламистских террористов со всей Южной Азии, а также стала плавильным котлом для суннитского джихада. Первоначально акцент делался на использовании пакистанской инфраструктуры помощи афганцам для поддержки кашмирских милитаристов. Во время крупнейших вспышек исламистского насилия в индийском Кашмире в середине 1988 года Пакистан помогал в подготовке и вооружении кашмирских террористов, а также помогал повстанцам бежать за границу. В то время помощь МВР кашмирским исламистам осуществлялась через «Хизб-и-Ислами», минуя официальный Исламабад. Десять лет спустя, в конце 1990-х, афганцы и пакистанцы составили большинство высококвалифицированных бойцов, убитых и взятых в плен индийскими силами безопасности в Кашмире.

В 1980-е годы благодаря наличию оружия, главным образом из запасов для афганских повстанцев, Карачи превратился в центр международного исламского терроризма. Сюда стекались и палестинцы, и «множество людей из Бангладеш, Индии, Непала, Афганистана, Бирмы, Таиланда, Шри-Ланки, Филиппин и Африки, которые жили в Карачи под видом «мусульман»», как сетовал доктор Ясин Ризви, ведущий пакистанский журналист. Все они представляли собой превосходные человеческие ресурсы для осуществления дерзких диверсий и террористических операций.

Поскольку учебная инфраструктура МВР использовалась и другими исламистскими террористами, главным образом арабами, такие совместные тренировки и, во многих случаях, опыт боев в Афганистане создавали дружеские связи между исламистами, которые вели к тесному сотрудничеству между их организациями. Ближневосточные милитаристские организации активно поддерживали кашмирских исламистов с конца 1980-х годов. К примеру, две поддерживаемые Пакистаном кашмирские организации — «Хизб-уль-Муджахиддин» и военизированное отделение «Ихван аль-Муслимин» — в их борьбе против Индии получают финансовую помощь и консультации экспертов от «братьев из Палестины». Эти формы сотрудничества и взаимопомощи в исламистском повстанческо-тер-рористическом движении в Кашмире очень важны, принимая во внимание непрерывное развитие и интернационализацию инфраструктуры по подготовке террористов в Пакистане.

17 августа 1988 года пакистанский президент Зия-уль-Хак, посол США Арнольд Рейфл, американский военный атташе, шеф МВР генерал Ахтар Абдул Рахман и еще двадцать восемь человек погибли: только что взлетевший самолет «Геркулес» неожиданно рухнул на землю. Эта «авиакатастрофа», считающаяся одной из наиболее эффективных тайных стратегических операций Советского Союза, также резко изменила мир международного исламистского терроризма.