Флагманом этой «эскадры» стал «Стефан Левицкий», вооруженный двумя клиновыми пушками образца 1877 года, стрелявшими еще дымным порохом. Скорость их стрельбы, конечно, не могла быть большой. Подобные пушки были установлены по одной на носу и на корме палубы на особых деревянных платформах, вращавшихся целиком вместе с орудием и номерами при нем на толстом железном шкворне. Таким образом, «наводить» орудие нужно было, приводя в движение всею орудийную платформу. Кроме этих орудий, на флагмане были три-четыре тяжелых пулемета. По бортам положены были мешки с песком и поставлены тяжелые железные листы (которые, как показал опыт, легко пробивались ружейной пулей и потому оказались не только бесполезными, но даже вредными, так как перегружали пароход). Пароход «Александр Бубнов» был вооружен более новой пушкой образца 1900 года и двумя тяжелыми пулеметами. Он был меньшего размера, чем «флагманский», более подвижный и лучше вооружен, так как его трехдюймовка была гораздо действеннее, чем пушки-«старушки» времен 3-й турецкой войны, вытащенные энтузиастами белой борьбы из недр Читинского музея снова «на службу Родине». Пароходы обслуживались обычной вольнонаемной командой, ходившей с ними в мирное время по Шилке в Амур к Хабаровску и Благовещенску.
Вскоре пароходы Шилкинской флотилии были отправлены к Усть-Каре, где бросили якорь недалеко от пристани, ожидая возможности подойти к ней за дровами. Был жаркий, безветренный день. У пристани шла погрузка раненых и разгрузка боеприпасов и прочего снабжения, там кипела работа. Большинство разбрелось по каютам, но многие моряки остались на палубе и, развалившись на разостланной шинели где-нибудь в тени, сладко спали сном младенцев. Неожиданно с ближайшей сопки раздалась пулеметная и ружейная стрельба. Пули щелкали по палубе, как рассыпанный горох, прошивали железные листы укрытий и борта парохода. Началась паника. Красные партизаны, укрывшиеся за деревьями, стреляли сверху вниз, и укрыться на корабельных палубах от их выстрелов было невозможно. Нужно было отвести пароходы на дистанцию, которая позволила бы обстреливать их если не из орудий, то хотя бы из пулеметов.
Машина заработала, но пароход стоял на якоре, который требовалось выбрать из воды. Палубная команда матросов не появлялась, боясь получить шальную пулю. Создалось весьма неприятное положение, в котором шилкинский флагман представлял из себя неподвижную и совершенно безопасную цель для большевистских стрелков. Тогда войсковой старшина Николай Михайлович Красноперов, а вместе с ним гардемарин Алексей Евгеньевич Белкин после короткого совещания выскочили из своего укрытия и бросились к лебедке. Пустить ее в ход для них не представляло особого труда. Заработала якорная лебедка, застучала цепь, и пароход стал медленно отходить от берега. Этим трагикомическим происшествием и закончился поход Шилкинской флотилии на Усть-Кару. На следующий день флотилия, выполнив свою задачу, возвратилась в Сретенск и была расформирована. Оставлен был для патрульной службы от Сретенска до Усть-Кары один лишь «Стефан Левицкий». Спустя какое-то время суда Шилкинской флотилии получили предписание отбыть в Нерчинск.
26 мая 1921 года объединенными усилиями антибольшевистских организаций во Владивостоке был произведен переворот. Восставшие в городе каппелевцы получили подкрепление: со стороны моря на барже, шедшей на буксире катера, показался десантный отряд под командой капитана 2-го ранга Алексея Васильевича Соловьева. Этот отряд, состоявший исключительно из моряков, был встречен сильным ружейным и пулеметным огнем с большевистских судов. Впрочем, все же очень скоро, несмотря на понесенные потери, отряд умудрился высадиться у памятника адмиралу и путешественнику Невельскому и постепенно овладел городским портом. Через два дня во Владивостоке снова воцарилось полное спокойствие. Командующим Белыми войсками и флотом был назначен генерал-лейтенант Вержбицкий, а командующим Сибирской флотилией — отважный капитан 2-го ранга Соловьев. В период, последовавший за переворотом, Сибирская флотилия насчитывала 25 судов.
18 июня 1921 года вступил в командование Сибирской флотилией прибывший во Владивосток контр-адмирал Георгий Карлович Старк. Командующий флотилией созвал военный совет под своим председательством для обсуждения текущего положения дел и выработки программы совместных действий гражданской администрации, сухопутных сил и флота на Дальнем Востоке. В состав совета вошли два контр-адмирала: Вениамин Иванович Подъяпольский, оставшийся во время будущей эвакуации в городе, и Василий Викторович Безуар, ушедший вместе с эскадрой Старка и обосновавшийся впоследствии в Китае. Был приглашен и инженер-механик генерал-лейтенант Андрей Иванович Ухлин. Вместе с ним в совет вошли военный инженер, полковник морской строительной части в Либаве в годы Первой мировой войны Александр Иванович Ярон и три капитана 1-го ранга: Александр Николаевич Пелль, оставшийся в РСФСР и погибший в лагерях в 1930-е годы, Николай Георгиевич Фомин, бывший начальник команды ледоколов на озере Байкал, входивший в окружение атамана Семенова и доживавший остаток дней своих на Австралийском континенте, и Николай Сергеевич Харин, успешно воевавший в составе Сибирской флотилии с 1918 года. В состав совета был принят и старший лейтенант Георгий Семенович Серебренников.
После совещаний и обсуждений дальнейших шагов флота командующий Сибирской флотилией контр-адмирал Старк отдал по флотилии приказ, закончив его требованием от всех чинов флота и Морского ведомства полного подчинения, забвения личных интересов и спокойной и дружной работы на общее благо. Это позволило вывести флотилию из сферы политических распрей, царивших во Владивостоке, и заняться текущей флотской работой.
К осени 1921 года корабли имели некоторое вооружение и винтовки, неофициально полученные от японского морского командования под предлогом необходимости вооружения морской милиции. В октябре того же года из добровольцев была сформирована отдельная рота морских стрелков. 23 сентября 1921 года во Владивосток прибыл пароход «Франц Фердинанд». На нем приехали из Месопотамии интернированные русские беженцы, среди которых был и личный состав Каспийской флотилии под командой капитана 1-го ранга Пышнова, числом около 80 офицеров и свыше 200 матросов всех специальностей. Этот отряд, отступивший в свое время через Энзели и Персию в Месопотамию, после крушения южно-русского правительства генерала Врангеля был интернирован британцами. Они содержали русских людей на положении пленных в лагере Танум, вблизи порта Басра. Впрочем, в августе 1921 года британцы посадили весь отряд на уходивший из Месопотамии транспорт «Франц Фердинанд» и отправили во Владивосток.
С прибытием месопотамских сидельцев боеспособность Сибирской флотилии значительно повысилась не только в смысле уровня технических знаний в среде личного состава, но также возрос и боевой дух. Люди этого отряда, из которых часть участвовала в походе генерала Корнилова, часть происходила из Морской роты капитана 1-го ранга Потемкина и большинство являлись офицерами Балтийского флота, — были чужды приморской политике и потому, не раздираемые никакими внутренними интригами, принесли с собой особое дружное настроение, необходимое для успеха любой работы. Прибытие нескольких молодых штаб-офицеров и лейтенантов позволило командующему флотилией произвести замену ряда чинов своего штаба, а также некоторых командиров кораблей. Временно исполняющим обязанности начальника штаба и флаг-капитана по распорядительной части был назначен вновь прибывший, получивший чин капитана 2-го ранга Анатолий Павлович Ваксмут. Капитан 2-го ранга, начинавший свою службу еще в Гвардейском экипаже, Сергей Николаевич Гарковенко был назначен командующим флаг-капитаном по оперативной части. Работа по усилению кадрового состава флота продолжалась полным ходом. Были сделаны некоторые назначения. Капитан 2-го ранга Сергей Яковлевич Ильвов, лейтенант Иван Васильевич Тихомиров и старший лейтенант М. Сафронов волей командующего были отправлены командовать миноносцами «Твердый», «Инженер-механик Анастасов» и «Бойкий».
