На следующий день, получив приказ по радио от адмирала Сергеева, капитан Макаров приказал Белой флотилии следовать в Баку, куда благополучно все прибыли некоторое время спустя. Через день на шхуне туда прибыл и капитан 2-го ранга Борис Николаевич Бушен. Его корабль стал на якорь на внешнем рейде против острова Нарген. Контр-адмирал Сергеев снова созвал в кают-компании всех командиров судов и объявил, что по его сигналу на всех кораблях должны быть спущены Андреевские флаги, после чего вслед за флагманским кораблем всем остальным войти в Бакинскую гавань, где азербайджанские власти должны были принять русские корабли и поставить на них свою охрану. Адмирал объявил своим офицерам, что все орудия, запасы и все флотское имущество будет продано Азербайджану. Личный состав, кто пожелает, может остаться на службе у Азербайджана, кто же не захочет служить, тому азербайджанскими властями будут выданы деньги, и он может ехать на все четыре стороны. Почти все командиры заявили Сергееву, что такого приказания они не исполнят, Андреевский флаг ни перед кем не спустят, а оружие свое никому не продадут, тем более Азербайджану, который всегда противодействовал Добровольческой армии, и теперь, после ее очевидного поражения, не замедлил снестись с большевиками, предлагая им самые добрососедские отношения. Адмирал пытался грозить офицерам, но вскоре увидел полную безуспешность своих угроз и удалился к себе в каюту, приказав спустить свой адмиральский флаг.

На следующий день собравшиеся в кают-компании офицеры передали адмиралу Сергееву свои условия, на каких они согласны были войти со своими судами в Баку. Все офицеры подчеркнули, что они готовы продолжать борьбу с красными, для чего все укрепления и все средства для обороны Баку с моря должны быть переданы им и что действовать они будут под русским флагом. Сухопутные военачальники также присоединились к морским офицерам, и вечером снова все собрались у адмирала. К Сергееву был вызван и генерал Драценко, находившийся со своим штабом на берегу в Баку. Приехав на корабль, генерал Драценко пригрозил своим подчиненным, что их решение присоединиться к инициативе морских офицеров было равносильно бунту, и после распеканий и упреков заставил их все же подчиниться приказу самораспуститься. Морские офицеры же по-прежнему стояли твердо на своем. Видя, что ему не сломить воли своих подчиненных, адмирал тут же заявил, что он передает командование присутствовавшему на собрании капитану 2-го ранга Бушену, а сам уезжает в Батум с докладом «об офицерском бунте». Больше Аполлинария Ивановича Сергеева его офицеры не видели. В ноябре 1920 года он отбыл в Югославию, откуда его извилистый путь лежал во французский Марсель. Там, прожив совсем недолго, он вернулся в Белград, а после Второй мировой войны осел в Германии, где тихо отошел в мир иной в 1952 году.

Война на Каспии окончилась, несмотря на готовность офицерского корпуса Белого флота продолжить борьбу. У командования флотом не хватило самостоятельности и воли реорганизовать ресурсы для продолжения борьбы. Впрочем, в этом его трудно упрекнуть, памятуя, что ресурсы Вооруженных сил Юга России были почти на исходе.

Взаимоотношения с союзниками давали мало поводов для надежды, что снабжение Вооруженных сил Юга России будет продолжено, а отток военных специалистов всех уровней к щедро оплачивавшим их услуги большевикам приводил к упадку Белого движения. Все это способствовало постепенному формированию пораженческих настроений в верхних эшелонах белого командования. Цепная реакция безнадежности продолжавшейся борьбы постепенно охватывала белых военачальников. Не стали исключением и высшие командиры флота. И если их пассивность на берегах Каспия можно было условно оправдать местными особенностями и преобладанием вокруг недружелюбно настроенных горских народов и военных частей союзников, призванных ослабить влияние русских в том жизненно-важном для британской короны регионе, то об этом не приходилось говорить на берегах великой русской реки Волги. Между тем Белый флот на Волге погиб, так и не развернувшись в полноценную боевую единицу. Главная причина была в том, что у его руля так и не встала сильная личность, которая бы руководствовалась, прежде всего, интересами своего Отечества.

Чешские легионы, состоявшие из пленных солдат австро-венгерской армии, некогда сдавшиеся русским войскам на Юго-Западном фронте, перешли речку Самарка и после небольшого боя, разогнав отряды тогда еще плохо организованной Красной армии, вошли в Самару. Чехи интересовались Самарой лишь как железнодорожным узловым центром, дававшим им возможность обеспечить свое дальнейшее продвижение на Владивосток и далее, водным путем, к себе домой. Большевики, официально согласившись на их передвижение по России далее на восток, на деле всячески им препятствовали, на том основании, что чехи не желали сдавать оружие и двигались многочисленными воинскими эшелонами. Чехи в свою очередь понимали, что, как только они сдадут оружие и перестанут быть воинской частью, передвижение их прекратится под давлением большевиков, которые могли выдвинуть им новые и, вероятно, мало приемлемые условия возвращения домой.

В те времена на русских железных дорогах происходило что-то невероятное, и по ним в различных направлениях передвигались лишь те, кто обладал оружием. Пребывание чехов в Самаре дало возможность организовать вооруженные отряды для борьбы с большевиками. Образовалась так называемая Народная армия под командой подполковника Генерального штаба Владимира Оскаровича Каппеля, а также Волжская боевая флотилия. Как бы в противодействие этим начинаниям, там же немедленно образовалось и «правительство» из находившихся в Самаре членов разогнанного большевиками Учредительного собрания.

Первой заботой чешского штаба в Самаре было обеспечение провиантом собственного Самарского отряда и постепенно подтягивающихся к ним чешских отрядов со всех сторон. От местных жителей они узнали, что за день до своего бегства из Самары большевики увели вниз по Волге груженную мукой баржу, которая будто бы стоит на якоре верстах в двадцати от Самары. Энтузиасты решили баржу эту достать. Среди записавшихся в Народную армию русских оказались два моряка, оба мичманы: один военного времени, другой только что произведенный из Морского корпуса. Вскоре к командующему Белой флотилией пришла первая боевая единица Волжской флотилии.

История перехода парохода в распоряжение белых добровольцев была вполне в духе времени. Капитан этого неторопливого судна пришвартовал свой пароход к пристани, снял фуражку и, по русскому обычаю, перекрестился, поблагодарив Бога за благополучно совершенное путешествие. В рулевой рубке его примеру последовали лоцман и рулевой. В следующую минуту он уже сожалел о приходе в Самару, так как появившийся на мостике один из мичманов заявил ему, что и сам он, и пароход его со всей командой реквизированы Народной армией. После формально выраженного протеста капитан сдался. Во время переговоров двое его матросов сбежали на берег, но оставшихся было вполне достаточно для управления судном. В течение некоторого времени Волжская флотилия обрела еще несколько пароходов и буксиров. Их вооружили пулеметами, которые могли найти, а некоторые даже небольшими орудиями.

Настала пора проводить подготовительные операции. Они заключались в очищении акватории Волги от красной флотилии, возросшей к этому времени до семи-восьми вооруженных пароходов, и в отправке экспедиций из отряда подполковника В. О. Каппеля вдоль правого берега Волги. За исключением нескольких боев, красная флотилия упорного сопротивления Белому флоту не оказывала, но тот факт, что противник в любой момент мог перейти в наступление, постоянно держал в напряжении весь личный состав белых судов. Речная война во многом похожа на действия двух бронепоездов, находящихся на одном и том же пути. Уйти от боя можно, но лишь отступая в одном направлении — на свою базу. Маневрировать в бою можно только в пределах ширины реки. Таким образом, и в стратегическом, и в тактическом отношении можно лишь двигаться в двух направлениях: вперед и назад.