Трагедия Севастополя на этом не завершилась, и следом за людьми печальная участь в скором времени ожидала и корабли. Еще 16 декабря 1917 года было заключено перемирие Германии с Россией, а 3 марта 1918 года подписан Брест-Литовский мир. 13 марта 1918 года Одессу, а 17 марта 1918 года русскую военно-морскую базу в городе Николаеве заняли германские и австрийские войска. В середине апреля того же года германцы повели наступление на Севастополь, где стоял почти весь Черноморский флот под командованием Саблина. Согласно Брест-Литовскому мирному договору, русские военные корабли надлежало разоружить представителями германской армии. Саблин с флотом намеревался остаться в Севастополе и там разоружить корабли, если германский главнокомандующий разрешит поднять украинский флаг, показывающий переход флота к дружественной германцам Украинской республике. Но делегация не была принята. 30 апреля 1918 года адмирал Саблин вышел в море с обоими новейшими дредноутами («Свободная Россия» и «Воля»), пятнадцатью современными эсминцами, десятью пароходами и ушел в Новороссийск. 2 мая 1918 года германский линейный корабль «Гебен» без боя пришел в Севастополь, где стояли оставшиеся корабли Черноморского флота. На базе в Севастополе остались семь линкоров старого типа, крейсер «Очаков» («Кагул»), «Память Меркурия», несколько не готовых к выходу в море новейших эсминцев, миноносцы, 14 подводных лодок, вспомогательные и торговые суда, перевернутый дредноут «Императрица Мария» с взорванной носовой частью.

Германцы поставили «Гебен» в док. На позицию перед Новороссийском была послана германская подводная лодка, приславшая сообщение 3 июня о том, что у русских кораблей, стоявших в Цемесской бухте, на гафелях развеваются Андреевские флаги, а на фор-стеньгах — красные. Кроме того, с лодки доносили, что командует флотом Саблин. 13 июня 1918 года правительство кайзеровской Германии и большевики договорились о том, что русские корабли должны вернуться в Севастополь через 6–10 дней. Корабли признавались германской стороной собственностью России и должны были быть ей возвращены после заключения всеобщего мира. Большевистское правительство послало в Новороссийск приказ о переходе кораблей. Адмирал Саблин сложил с себя командование, его заменил капитан 1-го ранга Александр Иванович Тихменев. 3 июня 1918 года в Новороссийск приехал член учрежденной большевиками морской коллегии И. И. Вахрамеев, бывший матрос подводного плавания, с документами чрезвычайной секретности об уничтожении судов Российского флота, подписанными адмиралом Беренсом. Этот документ был также подписан Лениным, Троцким и начальником Морского генерального штаба Альтфатером. Для приведения в исполнение приказа уничтожить суда прибыл член Морской коллегии Ф. Ф. Раскольников. 17 июня 1918 года линкор «Воля», шесть эсминцев, вспомогательный крейсер «Траян», яхта «Крита» под командой временно командующего флотом капитана 1-го ранга Тихменева ушли в Севастополь, где до конца войны должны были быть интернированы немцами. После этого в Новороссийск прибыл Раскольников, который 24 июня совместно с Глебовым-Авиловым, Вахрамеевым и старшим лейтенантом В. А. Кукелем, командиром эсминца «Керчь», руководили взрывами и потоплением оставшихся военных и гражданских судов. Линкор «Свободная Россия» на глубине 26 метров взорван минным залпом миноносца «Керчь», эсминцы в количестве десяти единиц топились на внешнем рейде на небольшой глубине через кингстоны. По настоянию своих консулов были утоплены иностранные пароходы, которые война застигла на Черном море.

27 июня 1918 года в Новороссийск победоносно вошел «Гебен» с эсминцами, чем ознаменовалось полное крушение бывшего русского Черноморского флота. Не зря еще в начале декабря 1917 года на Балтийском флоте контр-адмирал Михаил Александрович Беренс настоятельно советовал молодым энергичным офицерам отправляться на Дон, в Новочеркасск, чтобы принять участие в начинающейся военной организации для борьбы с большевиками.

Отток наиболее энергичных и пылких морских офицеров, гардемаринов, мичманов и лейтенантов на юг особо усилился после того, как 22 июня 1918 года по обвинению в саботаже, по приговору «военно-революционного» трибунала и с санкции Троцкого, был расстрелян адмирал Алексей Михайлович Щастный. Ускоренное следствие по «делу» Щастного, проводимое В. Э. Кингисеппом, предъявило ему обвинение из одиннадцати пунктов, большинство из которых так и остались недоказанными. Тем не менее Щастный был предан суду Верховного революционного трибунала, который начался в Кремле. Обвинителем выступал Н. В. Крыленко, приложивший много усилий для фальсификации процесса. Адвокатом Щастного был опытный юрист В. Л. Жданов, в прошлом неоднократно защищавший известных революционеров. Несмотря на официальную отмену в республике смертной казни, Щастного приговорили к расстрелу. Кассационная жалоба адвоката в Президиум ВЦИК была отклонена Я. М. Свердловым в два часа ночи 21 июня. Через четыре часа Щастного расстреляли во дворе Александровского военного училища.

Большевики словно бы мгновенно позабыли, что еще недавно он организовал и провел знаменитый Ледовый переход Балтийского флота из Гельсингфорса в Кронштадт, спас от германцев 200 вымпелов. Как известно, в связи с начавшимся после прекращения Брестских переговоров о мире наступлением германских войск, в Прибалтике возникла угроза захвата ими основных сил Балтийского флота, находившихся в Ревеле и Гельсингфорсе и скованных льдами. По указанию Ленина Коллегия Морского комиссариата передала 17 февраля директиву Центробалту — увести из Ревеля в Гельсингфорс все корабли. Несмотря на тяжелые условия, 19 февраля из Ревеля начали выходить отдельные корабли, а 22 февраля — отряды кораблей в сопровождении ледоколов. 25 февраля в Ревель вступили германские войска, но значительная часть оставшихся кораблей уже успела выйти на внешний рейд. К 5 марта все корабли, кроме одной подлодки, раздавленной льдами, достигли Гельсингфорса. Однако в Финляндии после восстания Свинхувуда — Маннергейма началась местная гражданская война, и Балтийский флот снова оказался под угрозой. 12 марта из Гельсингфорса вышел 1-й отряд с ледоколами «Ермак» и «Волынец». Форсируя тяжелые льды и пройдя 330 км, 17 марта отряд прибыл в Кронштадт. 21 марта финны все же захватили ледокол «Тармо», а 29-го — «Волынец» и заняли острова в Финском заливе. 3 апреля у Ганге (Ханко) высадился германский десант и германское командование предложило кораблям саморазоружиться. Из Петрограда в Гельсингфорс по железной дороге, отбиваясь от обстреливавших его германцев, прорвался эшелон с 500 моряками торгового флота. По прибытии в столицу они были распределены по кораблям.

5 апреля в Петроград выехал 2-й отряд. Через три дня он был встречен экипажами ледокола «Ермак» и крейсера «Рюрик» и уже 10 апреля вместе с ними достиг пределов Кронштадта. В течение пяти дней шла отправка 3-го отряда, который 22 апреля того же года прибыл в Кронштадт. 2 мая пришел туда и 4-й отряд, доселе находившийся в Котке. В мае из Гельсингфорса пришли остававшиеся там корабли. В итоге операции в Кронштадт было перебазировано 236 кораблей, в том числе 6 линкоров, 5 крейсеров, 59 эсминцев и миноносцев, 12 подлодок и др., которые послужили основой большевистского Балтийского флота, что сыграло большую роль в обороне Петрограда и действиях на других театрах Гражданской войны. Расправы большевиков над честными боевыми адмиралами и офицерами лишь укрепляли уверенность в правильности своего выбора тех, кто хотел постоять за честь Отечества, и поток офицеров, текущий к Черному и Каспийскому морям, в Мурманск и Архангельск, на Волгу, к Онежскому озеру и даже на далекие сибирские реки, лишь возрастал. Там, в этих конечных пунктах, формировались из ничего первые белые флотилии. Но самым основным пунктом сбора продолжал оставаться Новочеркасск, где росли ряды Добровольческой армии и где из прибывших гардемаринов был сформирован 4-й взвод Юнкерского батальона. Морской взвод сразу включился в боевые действия против большевиков, приняв свое «степное» крещение в новочеркасских просторах. Один из исторических очеркистов того времени писал об их участии в первых сражениях Гражданской войны: «Так, кровью морских кадетов и гардемарин, перемешанной с кровью других русских детей — кадетов сухопутных корпусов и гимназистов, обагрилась русская земля в первом бою, положившем основание Добровольческой армии и последовавшей затем многолетней упорной борьбе русских национальных сил против красных предателей»[27].