Филиппа II сильно угнетала проблема престолонаследия. Его первенец, дон Карлос, сын португальской принцессы Марии, родился очень слабым ребенком. В юности его отличали раздражительность, тяжелый характер и полная непригодность к умственным занятиям. Тем не менее это не помешало немецкому императору Максимилиану II, приходившемуся испанскому королю кузеном, начать переговоры о браке между доном Карлосом и своей дочерью Анной. Габсбурги с помощью австро-испанских браков хотели сохранить династию и союз. Однако этот брак не осуществился. Герцог Альба в 1562 г. говорил: «Отсутствие здоровья у принца вместе с другими недостатками, как телесными, так и умственными, делают Его Высочество менее зрелым, чем это полагается ему по возрасту». Инфант легко приходил в бешенство по ничтожнейшему поводу, пытался нанести ранения кардиналу Эспиносе и герцогу Альбе. В приступе то ли озлобления, то ли ненависти к отцу он выразил симпатии к нидерландским повстанцам. Легенда о его любви к мачехе Елизавете Валуа появилась значительно позже и, в общем-то, не соответствует действительности, хотя и вдохновила немецкого поэта Фридриха Шиллера на создание прекрасной драмы, а итальянского композитора Джузеппе Верди — замечательной оперы.

Как бы то ни было, состояние дона Карлоса становилось все более опасным. В конце концов, Филипп II решил арестовать сына. В одиннадцать часов вечера 18 ноября 1568 г. странная процессия в составе короля, герцога Ферии, советника Луи Гомеса и других членов Королевского совета прошествовала в спальню двадцатитрехлетнего инфанта. Как только открылась дверь, министры бросились вперед и схватили кинжал и аркебуз, которые дон Карлос всегда хранил рядом с кроватью. После этого Филипп II заявил, что должен вести себя по отношению к инфанту не как отец, а как король. С тех пор дона Карлоса никто не видел. Поступок короля открыто осуждался его подданными, поскольку инфант, каковы бы ни были его поведение и характер, не совершил никакого преступления, и действия короля по отношению к нему были слишком суровы. Сам Филипп II впоследствии так оправдывался: «Это не было наказание, иначе оно имело бы свою цель, но я потерял всякую надежду увидеть моего сына в здравом рассудке». Однако не стремился ли Филипп II, прежде всего, убрать слабоумного и непригодного к государственному управлению наследника? Елизавета Валуа была молода и еще могла родить ему сына. Для Филиппа это был действительно чрезвычайно важный вопрос, ибо зачем еще он тратил столько усилий, стремясь сохранить целостность подвластных ему территорий? Однако в конечном итоге желание короля иметь наследника престола, который мог бы продолжить его дело, так и не исполнилось. Родившийся 14 июня 1578 г. сын Филипп (будущий король Филипп III) оказался ограниченным и неспособным человеком, за которого фактически правил его фаворит герцог Лерма. О втором своем сыне Филипп II говорил так: «Господь Бог, который дал мне столько владений, отказал в сыне, способном управлять ими. Боюсь, что им самим будут управлять другие!» Непреклонную жестокость проявил Филипп II при подавлении восстания морисков. Так называлось арабо-берберское население, оставшееся в Испании после падения Гранадского эмирата в 1492 г. и насильственно обращенное в христианство, но в большинстве тайно продолжавшее исповедовать ислам. Во время восстания комунерос (городских коммун) в 1520–1521 гг. мориски остались на стороне Карла V, и поэтому их не трогали, но во второй половине 60-х гг. XVI в. Филипп II начал опасаться, что они могут стать союзниками турок, и мориски подверглись жестоким преследованиям. Им запрещалось исповедовать ислам, пользоваться арабским языком и иметь арабские имена, носить старинные одежды, придерживаться своих обычаев. Поскольку королевские чиновники злоупотребляли своей властью в этом отношении, те подняли восстание. По сути дела, подавление морисков было продолжением Реконкисты, но со стороны испанского правительства репрессии имели жестокий и несправедливый характер. Испанскому дворянству были нужны земли, которые они занимали, и религиозные преследования, очевидно, были с этим тесно связаны. Выступления морисков таили в себе большую опасность для монархии, поскольку в Андалусии, где в основном проживало арабо-берберское население, находилось мало войск, а морискам могли оказать помощь берберы, алжирцы и даже турки. Восстание продолжалось три года (1568–1570) и лишь после значительных усилий королевской власти, сумевшей собрать большое войско, пошло на убыль.

Огромные массы морисков были выселены во внутренние области Испании, на Кастильское плоскогорье. Согласно данным Томаса Гонсалеса, архивиста в Симанке в конце XIX в., было изгнано 152 115 морисков. Согласно материалам кортесов 1592 г., в изгнание отправилось еще 300 тысяч человек. Страх Филиппа II перед турками дорого обошелся испанской экономике. Ведь мориски в большинстве своем были трудолюбивыми ремесленниками и крестьянами: юг Испании после их изгнания оправился от экономических потерь далеко не сразу.

Говорить, что Филипп стремился только к защите своих владений, было бы не совсем правильно. Например, он совершенно бесцеремонно захватил Португалию. Завоевание этой страны произошло в результате острой династической ситуации, сложившейся там в конце 70-х гг. Летом 1578 г. португальский король Себастьян, племянник Филиппа II, повел свою армию в Марокко, где, потерпев поражение, пропал без вести. Тогда же возникла легенда о том, что он чудесным образом спасся и скоро предъявит права на трон. Дяде Себастьяна кардиналу Энрике было 66 лет, детей он не имел и, процарствовав до января 1580 г., умер. Филипп II, зная, что у Энрике не может быть потомства, добился от папы запрещения на его брак, хотя на этом настаивала португальская знать. Испанский король сумел добиться своего под предлогом того, что Энрике являлся папским нунцием, т. е. послом. Согласно португальским законам, Филипп II не мог стать королем Португалии, так как иностранцы исключались из числа претендентов на престол. Однако испанский король возражал, указывая, что он вовсе не иностранец в Португалии, поскольку его мать Изабелла была португальской инфантой.

В июне 1580 г. армия в 37 тысяч человек под командованием герцога Альбы вторглась в Португалию. Из Кадиса отплыл флот по направлению к Лиссабону. Претендовавший на португальский трон приор де Крату дон Антониу бежал во Францию, и с помощью французов его сторонники оборонялись на Азорских островах до июля 1582 г., пока победа испанского флота над французским у острова Мигель не сделала их дальнейшее сопротивление бесполезным.

Условия, на которых Португалия становилась частью владений Филиппа II, в общем-то не были тяжелыми, их даже нельзя назвать захватническими в прямом смысле этого слова. В апреле 1581 г. Филипп II на заседании португальских кортесов поклялся соблюдать все законы королевства Португалия и был признан его королем. В ноябре следующего года он дал клятву признать широкий объем привилегий населения страны. Он обещал так часто, как это будет возможно, жить в своих новых владениях, а местный королевский совет сформировать по тому же образцу, что и аналогичные региональные учреждения в Испании. В целом в Португалии он вел себя достаточно миролюбиво, усвоив во многом опыт Нидерландов. Постоянную опасность для Испании, особенно значительную в 60-х гг., представляла турецкая экспансия в Западном Средиземноморье. В начале 60-х гг. у Филиппа была возможность закончить начатые ранее переговоры с турками заключением перемирия на 10 или 12 лет, но он решил вести войну в Средиземноморье всеми имеющимися у него средствами. В свете сложного финансового положения в Испании, особенно после начавшегося восстания в Нидерландах, такое решение вряд ли можно назвать разумным. Конечно, в битве при Лепанто 7 октября 1571 г. испано-папско-венецианский флот под командованием дона Хуана Австрийского одержал победу над турецкой эскадрой (кстати, в этой морской битве участвовал будущий знаменитый испанский писатель Мигель Сервантес де Сааведра, потерявший в ней руку). Но из этого успеха не удалось извлечь особых политических выгод, что сыграло на руку Порте, сумевшей восстановить флот за три года. Кроме того, Филипп II отправил дона Хуана в Тунис. Короля беспокоили честолюбивые планы сводного брата, мечтавшего завоевать Константинополь и восстановить старую Византийскую империю (причем дон Хуан пользовался в этом поддержкой папской курии). Когда в конце 1573 г. дон Хуан укрепился в Тунисе и захотел создать там свое государство, Филипп отказал ему в помощи. Тунис стал снова турецким в 1574 г., а Марокко — в 1576 г. После террора, устроенного Альбой в Нидерландах, восстание там приобрело всеобщий характер и в 1576–1577 гг. достигло апогея. Филипп II в этот период перестал активно заниматься турецкой проблемой, надеясь на передышку. Но и сама Турецкая империя уже исчерпала возможности дальнейшей территориальной экспансии.