Предпринятая в ходе подготовки операции «Везерюбунг» попытка создания объединенного командования всеми принимавшими в операции силами была первой в истории Вермахта. Однако отсутствие опыта и сложность взаимодействия армии, авиации и флота требовали особого подхода к его организации. На проводимых учениях отрабатывалось согласование частных задач сил, участвующих в операции; способов ведения боевых действий; взаимной поддержки, опознавания, оповещения и связи; определялись тактика совместных действий, объекты и время нанесения ударов. Взаимодействие отрабатывалось как на оперативном, так и на тактическом уровне и включало в себя постановку и согласование задач частей и соединений, подготовку командования и штабов по этим вопросам, подготовку систем управления и связи.

Немецкие разведывательные службы оказались неготовыми к предстоящей операции: их основные усилия были сосредоточены против западных стран, агентурная сеть в Скандинавии была развита слабо. Желающим подробно ознакомиться с деятельностью Абвера в Норвегии можно порекомендовать работу норвежского историка Сверре Хартмана «В сетях шпионажа». Но и его вывод достаточно красноречив: «Учитывая военный опыт прошлого, Германия по крайней мере до середины 30-х годов не считала Норвегию страной вероятных военных действий. Поэтому деятельность германской военной разведки в Норвегии носила довольно ограниченный характер».

Успех операции в значительно большей, чем на других театрах военных действий, степени зависел от погодных условий. Поэтому требовалось организовать метеорологическую службу в районе предстоящих сражений. Как пишет в своих мемуарах небезызвестный Вальтер Шелленберг, в филиалы германо-норвежских пароходных компаний и рыболовецких предприятий направлялись агенты, которые должны были регулярно сообщать сводки погоды, маскируя их под сведения о состоянии курсов на рыбных рынках.

На Кригсмарине в ходе операции возлагались следующие задачи: переброска и высадка десантов с немедленным возвращением кораблей в базы; перевозка основной части сил ХХI армейской группы и военных грузов в Южную Норвегию; постановка минных заграждений; защита коммуникаций. Оперативные группы флота на период высадки десанта подчинялись командованию ХХI армейской группы. При этом непосредственное управление ими на переходе осуществлял главнокомандующий ВМС, он же руководил действиями подводных лодок, прикрывавших корабли на переходе. После высадки десантов все силы флота переходили в его полное подчинение, а их взаимодействие с другими родами вооруженных сил на театре организовывалось OKW. Каждая корабельная группа имела собственного командира, который поддерживал связь с командованием группы «Вест» и штабом ХХI армейской группы от начала операции до высадки десанта.

Оперативное руководство силами Кригсмарине, действующими против Норвегии, осуществлял MGB «Вест» генерал-адмирал Альфред Заальвехтер; датским направлением руководил MGB «Ост» адмирал Рольф Карльс. Для последующего руководства военно-морскими базами и силами охранения в Норвегии учреждалась должность «Адмирала Норвегии» (адмирал Бём), которому подчинялись «Адмирал западного» (контр-адмирал Шредер) и «Адмирал южного (контр-адмирал Шенк) норвежского побережья».

К операции привлекалось 2 линкора, 7 крейсеров, 14 эсминцев, 8 миноносцев и большое число более мелких кораблей — практически весь наличный состав флота. Для переброски личного состава и материальной части вторых эшелонов формировалось три транспортных отряда, подчиненных MGК «Вест», в состав которых входило 45 транспортов (суммарная вместимость 249,7 тыс. брт). Все силы были разделены на шесть боевых групп, в задачу каждой из которых входил захват одного порта и прилегающего к нему района на побережье Норвегии; для захвата Дании было сформировано еще четыре группы из кораблей, обладавших невысокой боеспособностью. Группа минных заградителей под командованием капитана 1 ранга Курта Бёмера получила задачу поставить минные заграждения на входе в Скагеррак.

Ввиду слабости германского флота основная тяжесть борьбы с британскими ВМС ложилась на Люфтваффе, которым ставились задачи нападения на неприятельские корабли в море и на базах, борьбы с морскими перевозками союзников, нанесения ударов по их портам. Ограниченные силы морской авиации предназначались главным образом для разведки и борьбы с подводными лодками. Однако военно-морское командование было лишено возможности напрямую ставить перед авиацией задачи и организовывать с ней взаимодействие. Не было предусмотрено истребительное прикрытие кораблей в море.

Подготовка сил и средств к операции производилась главным образом в балтийских портах. Она велась на основе частных распоряжений и началась задолго до утверждения окончательного плана кампании. Подготовка предусматривала изучение норвежских баз — объектов захвата и навигационных условий плавания во фьордах, тренировку войск в посадке на корабли. В качестве лоцманов на боевые корабли привлекался личный состав торгового флота. Учитывая серьезную опасность, которую представляли для кораблей с десантом британские военно-морские силы, был проведен ряд мероприятий по оперативной маскировке. Подготовка операции держалась в строжайшем секрете, к документации по ней допускался крайне ограниченный круг лиц. Даже командиры кораблей, выходивших в море, получали приказ в опечатанных пакетах, вскрыть которые разрешалось только с получением условного сигнала. С той же целью плавание шведских кораблей вне трехмильной зоны территориальных вод в Каттегате было запрещено.

Парадоксально, но факт: из-за географических особенностей и желания достичь максимальной внезапности успех высадки скорей был бы достигнут в результате десантирования войск с боевых кораблей непосредственно в порты (пусть даже без тяжелого вооружения), чем с десантных судов на необорудованное побережье. В принципе, Норвежская десантная операция была первой в истории стратегической акцией, где нападающая сторона планировала достичь успеха используя лишь малочисленные подразделения, вооруженные почти исключительно стрелковым оружием.

Мероприятия по приведению в готовность к кампании подводных лодок начались 4 марта, когда BdU получил приказ штаба Руководства войной на море, предписывающий задержать их выход из баз. Были отозваны лодки, находившиеся на позициях, в результате чего потери торгового тоннажа союзников на коммуникациях в Атлантике резко упали. Верховное командование пошло на этот шаг несмотря на протесты Дёница: стратегическое значение возможного успеха в Норвегии считалось несоизмеримо выше.

30 марта командующий подводными силами отдал боевой приказ № 120 (план «Хартмут») на участие подводных сил в операции против Норвегии. Главная задача лодок состояла в прикрытии с моря отрядов надводных кораблей с десантом, когда они подойдут к пунктам высадки. В дальнейшем лодки должны были действовать против английских кораблей близ норвежского побережья. Представлялось целесообразным, чтобы на первых порах группы подводных лодок занимали исходные позиции в открытом море поблизости от районов, находящихся под угрозой британских контрдесантов. Эти группы можно было бы использовать для ударов по коммуникациям противника, чтобы изолировать его десанты от баз снабжения.

Всего в Северном и Норвежском морях развертывалась 31 подводная лодка в четырех районах:

— для обеспечения высадки десантов: 4 ПЛ к югу от Нарвика, 2 — на подходах к Тронхейму, 5 — у Бергена (по две ПЛ для обеспечения обоих главных выходов из базы и одна — на позицию у самого порта), 2 — у Ставангера (одна непосредственно у гавани, другая — у внешнего входа, одновременно обеспечивая Хёугесунн);

— для нападения на корабли противника на коммуникациях Англия-Норвегия: северная группа (6 ПЛ) — северо-восточнее Шетландских островов, южная (3 ПЛ) — восточнее Оркнейских островов;

— 4 ПЛ занимали позиции к востоку и западу от Пентленд-Фёрта, где также было возможно движение крупных боевых кораблей;