Осенью 1898 г. из Петербурга для «Александра II» (в Судскую бухту) на одном из пароходов доставили 400 трубок для вспомогательного и 1500 для основного холодильника с тем, чтобы при ближайшей постановке в док их установить. Сам броненосец начал готовиться к своему второму средиземноморскому докованию, которое планировали провести в итальянском порту Пола.
По пути следования в Полу броненосец 12 ноября попал в сильный 9-балльный шторм и, пройдя через него без повреждений, утром следующего дня бросил якорь на красивейшем рейде. 19 ноября «Александра II» ввели в док За время трехнедельной стоянки в доке очистили подводную часть корпуса и покрыли его суриком или, как указывалось в рапорте командира, «особым составом красного цвета». Несмотря на то, что механизмы находились в хорошем состоянии, командование и механики хорошо осознавали, что максимум через год-полтора их придется полностью перебрать и серьезно ремонтировать, и выполнить это будет возможно только дома — в Кронштадте. Однотипные котлы, построенные Балтийским заводом для «Александра II» и «Памяти Азова», уже дослуживали свой предельный десятилетний срок.
24 декабря броненосец ушел на ходовые испытания. Выход прошел успешно. Очистка днища дала свои положительные результаты: «Александр II» всего при 64 оборотах винта легко достиг 11,75-узловой скорости. 26 декабря контр-адмирал Н. И. Скрыдлов убыл со своим штабом с броненосца и перенес флаг на «ветерана» — броненосный фрегат «Герцог Эдинбургский» и в тот же день ушел на нем в Неаполь. С отъездом адмирала напряженность плаваний для «Александра II» ничуть не уменьшилась. В этот же день он вышел из Пола в Наваринскую бухту.
Однообразное течение корабельной жизни нарушилось в начале января следующего 1899 г. На «Александр II» прибыл представитель родственной российской монархии наследник греческого престола королевич Георгий. С ним броненосец совершил переход в Ретимо. Чуть позднее, уже с «особой», представлявшей русскую монархию, великим князем Михаилом Николаевичем, отдыхавшим в Италии, посетил порт Бриндизи, а затем и Полу.
И все же кажущиеся на первый взгляд несложными переходы в теплых и почти всегда тихих средиземноморских водах на самом деле для моряков, и в первую очередь для машинной команды, оборачивались тяжелыми испытаниями. Лишь якорные стоянки позволяли не задействованным на вахтах увидеть ту неописуемую красоту побережья Греции или Италии, с неизгладимыми впечатлениями о которой каждый матрос вернется на Родину.
В начале 20-го столетия произошло заметное изменение обстановки во всем мире. Появляются четко выраженные блоковые политические союзы ведущих стран. Основная тяжесть в российской политике с Средиземного моря переместилась на Дальний Восток Только подобострастная, подобранная исключительно по «удобству» общения с императором, правящая верхушка Российской империи не могла тогда и подозревать, что «несколько» охладившиеся отношения с Японией через несколько лет обернутся войной. Все деяния Мор- ского ведомства ограничились лишь посылкой из Средиземного моря на Дальний Восток новейших кораблей. Их же база — Порт-Артур строилась медленно и не могла технически обеспечить корабли. В середине 1900 г. находившиеся в Средиземном море броненосцы «Полтава» и «Севастополь» отправили в Порт- Артур, что заметно ослабило эскадру. Из-за этого «Александру II», с изношенными механизмами и заметно уступавшему новым кораблям, возвращение домой, о котором уже давно поговаривали в ГМШ отменили. Стоявший на ремонте в Кронштадте «Николай I» еще не был готов. И только ему после ухода на Дальний Восток многих кораблей предстояло заменить «уставшего» в четырехлетнем плавании «Александра II».
В сентябре броненосец в третий раз совершил плавание с королевичем Георгием. Затем с канлодкой «Запорожец» и минным крейсером «Абрек» произвел артиллерийские и минные стрельбы. 18 января 1901 г. «Александр II», стоя в Пирее, провожал идущие на Дальний Восток крейсер «Громобой» и миноносцы «Касатка», «Скат», «Сом», «Кит» и «Дельфин». В апреле командир корабля наконец-то получил приказ готовить броненосец к возвращению в Россию. «Александр II» покинул «греческие воды» и взял курс на испанский порт Барселона, a затем и в Гавр, где ему предписали пройти третье докование. 4 июля броненосец с очищенным днищем вышел из дока, a за день до этого командующий эскадрой контр-адмирал A. А. Бирилев перенес свой флаг с «Александра II» на канонерскую лодку «Храбрый», которая ушла к греческим берегам. Путь броненосца теперь лежал в Копенгаген, a оттуда в Кронштадт.
После прибытия на рейд Копенгагена 21 августа с броненосца увидели строй российских кораблей уже другого периода нашей морской истории — дополнительной программы «для нужд Дальнего Востока», принятой в 1895 г. На якорях застыли крейсер «Варяг», прибывший незадолго до этого из Америки, минные заградители «Амур» и «Енисей» и яхта-крейсер «Светлана». Всем им по «распоряжению» судьбы придется погибнуть в войне, надвигающейся, но еще незаметной для официального Петербурга. A пока они стоят в Копенгагене только для того, чтобы ублажать своим видом находившегося там с визитом российского самодержца. Обширный царский двор прибыл в Данию с необычайным для европейских монархов размахом — его доставили на трех роскошных яхтах. С черными корпусами, желтыми трубами и белыми мачтами, на рейде застыли «Полярная звезда», «Царевна» и «Зарница».
На прибывшем в Копенгаген «Александре II» 24 августа был произведен императорский смотр. После того как все церемонии да и сам визит окончились, корабль ушел в Гельсингфорс — финскую «провинцию» Российской империи. Там его встретили 31 августа. После нескольких дней стоянки курс нашего броненосца наконец-то пролегал в Кронштадт.
Хмурым утром 7 сентября 1901 г. жители города-крепости узнали в двухмачтовом и двухтрубном силуэте медленно двигавшегося во внутреннюю гавань корабля броненосец «Император Александр II». Ошвартовавшись y стенки, он сразу же оказался в центре шумной разночинной публики, встречавшей моряков. На его борту находилось 613 матросов и офицеров под командованием капитана 1 ранга M. А. Броницкого. На нем они прошли около 36 000 морских миль, что равнялось полуторной длине экватора. Топки двенадцати корабельных котлов поглотили 19500 тонн угля — вес, равный более чем двум водоизмещениям «Александра II». Самая большая продолжительность плавания пришлась на 1900 г. В том году броненосец прошел 10943 мили. Затем по продолжительности шли 1896 (6687 миль), 1901 (5961), 1899 (5722), 1898 (3362) и 1897 (3153) годы.
Во время похода, длившегося 61 месяц, экипаж нес бессонные вахты, производил частые авральные погрузки угля, что в условиях жаркого климата было тяжелейшим физическим трудом, который являлся неотъемлемой частью службы простого матроса даже во времена торжества на кораблях паровой машины.
От нелегкой службы с корабля в береговые госпитали отправили 147 человек — почти четверть команды, из которых, на чужбине, умерло 12. Ища лучшей доли в теплых краях, с берега на броненосец не вернулись 4 матроса, что было очень незначительно по сравнению с другими кораблями.
Большую часть похода с гафеля броненосца не спускался флаг командующего Средиземноморской эскадры. Впервые он взвился на нем еще в Кронштадте. В полночь 13 июня 1896 г. со стоявшего рядом броненосца «Наварин» на «Александр II» прибыл контр-адмирал Павел Петрович Андреев, назначенный командовать идущими в Средиземное море кораблями. Лишь дважды во время своего 19-месячного пребывания в этой должности он покидал броненосец. В течение трех дней, с 5 по 8 апреля 1897 г., он держал свой флаг на «Навари- не» и второй раз в продолжение месяца, с 24 мая по 24 июня того же года, на канлодке «Грозящий».
21 февраля 1898 г. П. П. Андреев, передав командование контр-адмиралу Николаю Илларионовичу Скрыдлову, на одном из пароходов уехал в Россию. Флаг Н. И. Скрыдлова подняли над броненосцем 3 марта 1898 г., и развевался он до его отъезда в Россию 22 октября 1899 г. В этот же день в командование эскадрой вступил контр-адмирал Константин Ростиславович Вальронд, также избрав своим флагманом «Александр II». Пробыв в должности всего полтора месяца, он 6 декабря того же года вернулся по болезни в Россию, где вскоре умер в своем имении в Вятке. Последним командующим, державшим флаг на «Александре II,» был контр-адмирал Алексей Алексеевич Бирилев. Он поднялся на борт броненосца 14 февраля 1900 г., a сошел с корабля непосредственно перед его уходом в Россию 3 июля 1901 г.
