Весною 1740 года взаимная неприязнь между Генкелем и Ломоносовым достигла поистине критической точки. Примирение между ними стало невозможным. Если Ломоносов прекрасно понимал истинные мотивы вражды Генкеля, знал (уже знал!) потолок его возможностей как ученого и педагога, то фрейбергский профессор не понимал и не хотел понимать, что движет его самолюбивым и беспокойным студентом, не знал и не хотел знать, куда устремлена его творческая мысль. Генкель встречал в штыки любые новые варианты решений тех или иных химических и инженерных задач, которые рождались в голове Ломоносова, видя в них только одно: нежелание русского студента работать по его, Генкеля, методе, и объяснял это врожденной строптивостью, а также предосудительным стремлением легко и быстро достичь высокого положения в науке. Ничего иного его мозолистый мозг (в течение многих лет трудившийся во славу горного дела — честно и добросовестно, однако «без божества, без вдохновенья») придумать не мог. Генкель имел или предпочитал иметь дело с выдуманным Ломоносовым.

А действительный Ломоносов окончательно убедившись в полной бесполезности и невыносимости своего дальнейшего пребывания во Фрейберге, в начале мая 1740 года решил покинуть европейски известного специалиста.

С момента ухода Ломоносова от Генкеля начинается, если так можно сказать, «приключенческая» полоса в его биографии.

Оставив часть своих вещей у Виноградова, он отправился на ярмарку в Лейпциг, где, по слухам, находился в те дни русский посол в Саксонии барон Г. К. Кайзерлинг (в 1733 году полгода бывший президентом Петербургской Академии), чтобы тот помог ему вернуться на родину. Добравшись до Лейпцига, Ломоносов узнал, что посланника там нет. Случившиеся на ярмарке «несколько добрых друзей из Марбурга» посоветовали ему поехать с ними в Кассель, куда, как говорили, отправился Кайзерлинг. Однако, прибыв в Кассель, он и там не нашел посланника. Тогда Ломоносов решает ехать в Марбург — город, где осталась его семья, где жил Вольф, где он надеялся одолжить денег «у своих старых приятелей», чтобы ехать в Петербург самому. Прожив некоторое время в марбургском доме своей тещи, он направляется в Гаагу просить теперь уже посла в Голландии графа Головкина отправить его в Россию.

Тем временем Генкель посылает в Петербургскую Академию письмо о «непристойном» поведении Ломоносова во Фрейберге и о его побеге. Академическая канцелярия обращается в Дрезден к посланнику Кайзерлингу с просьбой обеспечить Ломоносова деньгами на проезд до Петербурга и вручить ему приказ о возвращении на родину. Ломоносова ищут. Ищет посол, ищет и Генкель. 12 сентября 1740 года последний сообщает в Петербург, что ему неизвестно, где находится его бывший студент.

Пока идет перекрестная переписка между Петербургом, Дрезденом и Фрейбергом, Ломоносов спешит в Голландию. Головкин, выслушав Ломоносова, отказался ему помочь. Тогда, отчаявшись найти поддержку у официальных русских властей за границей, Ломоносов решает, что сам на попутном корабле поплывет на родину, и с этой целью отправляется в амстердамский порт. Здесь он встречает... «несколько знакомых купцов из Архангельска». Рассудительные земляки отсоветовали ехать в Петербург без разрешения. И легла дорога Ломоносова опять в Марбург.

На обратном пути (частью на лошадях, частью пешком) «саксонский студент», как рекомендовал себя Ломоносов, посетил в Лейдене горного советника и металлурга Крамера, показавшего ему свою лабораторию и местные металлургические заводы. Этот эпизод лишний раз показывает, насколько не прав был Генкель, упрекая Ломоносова в уклонении от повседневной работы в науке.

По дороге из Лейдена с Ломоносовым произошло одно приключение, о котором живописно рассказывается в его академической биографии 1784 года: «На третий день, миновав Диссельдорф, ночевал поблизости от сего города, в небольшом селении, на постоялом дворе. Нашел там прусского офицера с солдатами, вербующего рекрут. Здесь случилось с ним странное происшествие: путник наш показался пруссакам годною рыбою на их уду. Офицер просил его учтивым образом сесть подле себя, отужинать с его подчиненными и вместе выпить так ими называемую круговую рюмку. В продолжение стола расхваливана ему была королевская прусская служба. Наш путник так был употчеван, что не мог помнить, что происходило с ним ночью. Пробудясь, увидел на платье своем красной воротник; сиял его. В карманах ощупал несколько прусских денег. Прусский офицер, назвав его храбрым солдатом, дал ему, между тем, знать, что, конечно, сыщет он счастье, начав служить в прусском войске. Подчиненные сего офицера именовали его братом.

«Как, — отвечал Ломоносов, — я ваш брат? Я россиянин, следовательно, вам и не родня...» — «Как? — закричал ему прусский урядник, — разве ты не совсем выспался или забыл, что вчерась при всех нас вступил в королевскую прусскую службу; бил с г. порутчиком по рукам; взял и побратался с нами. Не унывай только и не думай ни о чем, тебе у нас полюбится, детина ты добрый и годишься на лошадь».

Таким образом сделался бедный наш Ломоносов королевским прусским рейтаром. Палка прусского вахмистра запечатала у него уста. Дни через два отведен в крепость Вессель с прочими рекрутами, набранными по окрестностям.

Принял, однако же, сам в себе твердое намерение вырваться из тяжкого своего состояния при первом случае. Казалось ему, что за ним более присматривают, нежели за другими рекрутами. Стал притворяться веселым и полюбившим солдатскую жизнь...

Караульня находилась близко к валу, задним окном была к скату. Заметив он то и высмотрев другие удобности к задуманному побегу, дерзновенно оный предпринял и совершил счастливо.

На каждый вечер ложился он спать весьма рано; высыпался уже, когда другие на нарах были еще в перьвом сне. Пробудясь пополуночи и приметя, что все еще спали крепко, вылез, сколько мог тише, в заднее окно; всполз на вал и, пользуясь темнотою ночи, влекся по оному на четвереньках, чтобы не приметили того стоящие на валу часовые. Переплыл главный ров... и увидел себя наконец на поле. Оставалось зайти за прусскую границу. Бежал из всей силы с целую немецкую милю. Платье на нем было мокро».

На Ломоносове еще не успело обсохнуть платье, вымокшее во рву везельской крепости, а он уже снова в пути. И снова Ломоносов не может устоять перед искушениями познания: во время остановок в Гессене и Зигене он посещает местные рудники, изучает здешнюю технологию добычи (нет, все-таки Генкель был заурядным педагогом: ведь о таком студенте, как Ломоносов, о такой преданности делу можно только мечтать!).

В октябре 1740 года Ломоносов опять в Марбурге. Опять живет в доме тещи. Опять изыскивает пути к возвращению в Россию (академический приказ об этом ему все еще неизвестен), ломает голову, где достать деньги, чтобы не быть в тягость родственникам жены.

Как ни тяжело было Ломоносову входить в сношения с врагом, он все-таки решил использовать Генкеля в самую, может быть, критическую минуту своего пребывания в Германии. Несмотря на его уход из Фрейберга, рассудил он, Академия продолжает высылать Генкелю жалованье на трех студентов: поэтому востребовать свою долю из общей суммы не будет унизительным, и новый контакт с профессором станет просто официально деловым. С этой целью Ломоносов посылает письмо Райзеру (не Генкелю!), где рассказывает о своих приключениях и просит товарища передать бергфизику, чтобы тот переслал ему в Марбург пятьдесят талеров, причитающихся на его долю. Генкель ответил Райзеру, что без согласия Академии не может выдать Ломоносову такую сумму.

Без денег, без документов, без отчетливого представления о том, что его ждет в будущем, но не без надежды вернуться в Россию и хоть когда-нибудь принести ей пользу, Ломоносов и в Марбурге продолжает (!) самостоятельно заниматься науками... 5 ноября 1740 года он берется за перо, чтобы поведать Академии о своих злоключениях. Вот что пишет Ломоносов в конце его: «В настоящее время я живу инкогнито в Марбурге у своих друзей и упражняюсь в алгебре, намереваясь применить ее к химии и теоретической физике». То есть он подчеркивает, что описанные им (да и без него, в изложении его недоброхотов известные Академии) приключения никак не отразились на объеме и качестве его знаний, на том, ради чего он и был послан в Германию.