Петр большое внимание уделял и структуре будущей Академии, понимая, что от этого во многом будет зависеть дальнейшая действенность ее работы. В соответствии с указаниями Петра Академия делилась на три отделения (класса):

Отделение математики состояло из шести кафедр (теоретической математики, астрономии, географии, навигации и двух кафедр механики). Второе отделение включало в себя четыре кафедры (собственно физики, анатомии, химии и ботаники). И, наконец, в гуманитарное отделение входило три кафедры (красноречия и древностей, новой и древней истории, права). Число академиков (или «профессоров» Академии) равнялось одиннадцати. Каждый из них, помимо выполнения научно-исследовательской работы, должен был уделять серьезное внимание просветительской деятельности среди населения, «чтоб не токмо художествы и науки размножились, но и чтоб народ от того пользу имел».

Еще более важным, с точки зрения будущего русской науки, был специально оговоренный Петром пункт академического устава, вменявший в обязанность профессорам (на первых порах сплошь иностранцам) подготовку отечественных научных кадров с тем, чтобы в их рядах постепенно готовились русские ученые. Параграф 15 «проекта Академии» гласил: «Сверх того, е. и. в. соизволил оное собрание таким образом учредить, чтобы впредь упалые места академиков домашними наполниться могли. И того ради каждому академику студент, который уже в науках некоторое основание имеет, совокуплен будет, чтоб он между академиками науки свои в совершенство привести мог».

Впрочем, все эти указания не были оформлены и утверждены как Регламент (то есть основное руководство к действию всей Академии), что необходимо иметь в виду при рассмотрении дальнейших, более чем двадцатилетних академических неурядиц и той борьбы, которую придется вести Ломоносову в стенах Академии.

Академия была открыта после смерти Петра I. 15 августа 1725 года Екатерина I устроила в Летнем дворце пышный прием в честь иностранных ученых, приехавших на работу в Петербург. Начались собрания членов Академии. В августе, сентябре, октябре, ноябре ученые уже выступали с программными докладами по своим наукам, а торжественного академического акта не было. Задержка была вызвана тем, что все еще пустовало президентское кресло. Наиболее авторитетными претендентами на главный пост Петербургской Академии наук были барон Христиан Вольф (1679–1754) и князь Дмитрий Константинович Кантемир (1673–1723), но первый запросил слишком большой оклад, который равнялся первоначальной смете на устройство всей Академии (20 000 рублей) и не мог быть ему гарантирован, а второй — в самый разгар предварительной работы по созданию ученого сообщества скончался. Наконец 7 декабря 1725 года Екатерина I подписала сенатский указ о назначении президентом Лаврентия Лаврентьевича Блюментроста (1692–1755).

Первый президент Петербургской Академии наук родился в Москве. Отец его был лейб-медиком царя Алексея Михайловича. Сам Л. Л. Блюментрост, как мы помним, стал лейб-медиком сына Алексея Михайловича. Но до этого он учился: сначала под руководством отца (основаниям врачебного искусства, греческому языку и латыни), потом — в Галльском, Оксфордском и Лейденском университетах. В 1713 году, защитив в Лейдене диссертацию, получил докторскую степень. Он вел переговоры с Ф. Рюишем о покупке его гербария и знаменитой анатомической коллекции, которая произвела сильное впечатление на Петра и поступила затем в Кунсткамеру. Л. Л. Блюментрост, помимо русского, греческого и латыни, хорошо владел немецким и французским языками, был основательно осведомлен в физике, математике, философии (здесь он был поклонником Г.-В. Лейбница). Конечно, Л. Л. Блюментрост не обладал столь энциклопедической широтою взгляда и познаний, как X. Вольф и Д. К. Кантемир, но он много сделал для организации Академии и вполне мог соответствовать своему высокому посту. С другой стороны, было бы неверно и преувеличивать его заслуги: во многом именно с его попустительства в первые же годы создалось то нетерпимое положение, когда ученое собрание лихорадили вопросы, куда как далекие от науки (впрочем, об этом ниже).

27 декабря 1725 года состоялось первое торжественное публичное собрание Академии наук. От академических ученых с приветствием к гостям обратился профессор физики Георг-Бернхард Бюльфингер (1693–1750). Затем перед собравшимися прошел диспут о магнетизме: с сообщением выступил Г.-Б. Бюльфингер, а оппонировал ему профессор математики Якоб Герман (1678–1733), известный своими трудами по геометрии и анализу.

Вообще в Петербургской Академии наук были собраны достойные научные силы. Петр, как уже говорилось, не скупился на науку и старался укомплектовать академическим штат лучшими европейскими учеными (вследствие чего во многом и затянулось открытие Академии). Кроме Я. Германа и Г.-Б. Бюльфингера, в Петербурге работали и другие знаменитости, среди которых были светила первой величины.

Прежде всего здесь следует назвать братьев Николая (1695–1726) и Даниила (1700–1782) Бернулли, талантливых представителей славной династии швейцарских математиков и механиков. По традиции семейству Бернулли отводят в истории точных наук примерно такое же место, какое в истории музыки — семейству Бахов. Достаточно сказать, что, начиная с 1687 года, в течение двух столетий кто-нибудь из Бернулли занимал должность профессора на университетской кафедре математики в родном Базеле (к тому же более ста лет из этого срока Бернулли заведовали кафедрой). В XVII–XVIII веках, на протяжении почти что целого века из восьми мест почетных членов Парижской Академии наук, которые были определены для иностранцев, два места постоянно занимали члены семьи Бернулли. Их было много, и все — талантливы. Самых талантливых судьба связала с Россией.

В пору создания Петербургской Академии наук главою семьи был доктор медицины, профессор математики Гронингенского и Базельского университетов Иоганн Бернулли (1667–1748), который совместно со старшим братом Якобом (1654–1705), развивал методы исчисления бесконечно малых Г. Лейбница и положил начало вариационному исчислению. Сыновья И. Бернулли — тридцатилетний Николай и двадцатипятилетний Даниил, — продолжая семейную традицию, занялись математикой (Даниил еще и физиологией) и заслужили признание крупнейших европейских ученых. Когда Даниилу не было полных шестнадцати, Лейбниц, по достоинству оценивая его яркий математический дар, писал Иоганну: «Я радуюсь, что твой сын носит печать Бернулли и хранит наследственный блеск фамилии».

Когда X. Вольф и Блюментрост вели с И. Бернулли переговоры о желательности участия его и его сыновей в работе будущей Академии наук, произошел курьезный случай, о котором он поведал Христиану Гольдбаху (1690–1764), будущему профессору математики и первому ее конференц-секретарю, в январском письме 1725 года: «Уже несколько месяцев тому назад мне писал славный Вольф, что ему поручено от имени российского императора предложить кафедру математики в Петербургской Академии моему сыну. Поскольку он, однако, не указал имени сына, коему она предназначается, и лишь по некоторым обстоятельствам можно было о сем догадаться, то я решил, что это — младший сын».

Даниилу, о котором идет здесь речь, в ту пору было 24 года. Очевидно, в семье возникло беспокойство (быть может, и сомнения) относительно самой возможности отпустить молодого человека одного в далекую северную столицу. Что касается старшего брата Николая, заведовавшего в ту пору кафедрой права в университете Берна, то он прямо высказал свое отношение к этому, о чем свидетельствует сам Даниил в послании к тому же X. Гольдбаху: «Я только что в эту минуту получил письмо от брата: он, из дружбы истинно братской, говорит, что не решается отпустить меня в Московию, а ежели я уже непременно хочу отправиться туда, то и он готов пожертвовать своими выгодами (у него кафедра, которая ему приносит по крайней мере 150 луидоров) и сопутствовать мне. Я полагаю, что было бы легко найти обоим нам место в Петербурге тем более, что нет ничего обширнее математики. Если вы можете способствовать осуществлению этого предположения, то окажите услугу, устранив разлуку двух братьев, которых так сильно соединяет самая тесная дружба».