Уезжая инкогнито в составе Великого посольства в 1697–1698 гг. и надолго оставляя страну, Петр I не колеблясь вверяет охрану престола на время своего отсутствия князю-кесарю. Формально для этого была образована комиссия из боярина Л.К. Нарышкина, князей П.И. Прозоровского, Б.А. Голицына, Т.Н. Стрешнева и ближнего стольника Ф.Ю. Ромодановского, который назначался главой совета и наместником Москвы. Находясь за границей, Петр получает известие о разразившемся в июне 1698 г. Стрелецком мятеже и ответных действиях властей. Почувствовав смертельную угрозу своей власти, в которой он по старой привычке подозревал царевну Софью и «семя Милославских», Петр, оставив инструкции для Великого посольства, с немногочисленной свитой в пяти колясках мчится из Вены в Россию. В Кракове он получает письмо из Москвы, где говорится, что бунтовщики разбиты, мятеж подавлен, зачинщики восстания казнены, остальные взяты под стражу.

Следует сказать, что в обстановке реального, а не вымышленного бунта фактический правитель страны на время отсутствия царя, Ромодановский, оказался не на высоте положения. Вершивший следствие и расправу боярин А.С. Шеин, по мнению царя, провел дело излишне мягко – из более чем 2 тысяч мятежных стрельцов казнено было всего 130, остальные сосланы в отдаленные места. В сентябре 1698 г. под личным руководством Петра начался страшный стрелецкий розыск. Для допросов и пыток такого большого числа обвиняемых было образовано 10 возглавлявшихся боярами следственных комиссий, подчиненных главе Преображенского приказа. Старавшийся загладить вину Ромодановский свирепостью розыска превзошел всех и под пытками быстро вырвал у стрельцов сведения об их замыслах и связях с заточенной Софьей. Цели своей он достиг – Петр вернул свое доверие главному палачу страны. В 1705–1706 гг. глава Преображенского приказа провел крупномасштабный розыск о «ворах» в Астрахани и на Дону, также сопровождавшийся жестокими пытками, в 1706 г. – дело об украинском изменнике Мазепе. Во время последнего князь-кесарь опять оказался не на высоте положения. Произошло следующее. В сентябре 1707 г. в Преображенский приказ явился иеромонах Никанор, посланный генеральным судьей Левобережной Украины В.Л. Кочубеем предупредить царя о замыслах украинского гетмана Мазепы изменить Москве и переметнуться на сторону шведского короля Карла XII. Однако князь-кесарь, посчитав это известие надуманным, не придал ему значения. Тем не менее понимавший реальную опасность заговора Мазепы монах Никанор еще раз явился к Ромодановскому. Назойливого посетителя вновь допросили, заковали в цепи и отправили в ссылку, а верного России Кочубея выдали Мазепе. В июле 1708 г. гетман отрубил генеральному судье голову, а в октябре перешел на сторону шведского короля, вторгшегося в пределы русского государства.

Помимо заведования политическим сыском Ромодановский исполнял целый ряд других обязанностей. Поскольку исход Северной войны во многом определялся количеством и качеством артиллерии, Петр поручил ему снабжение этого рода войск, рассчитывая на свойственные ему крутые меры. Как главный начальник старой столицы, князь-кесарь заботился и о ее благоустройстве: в 1703 г. ведал Аптекарским и Сибирским приказами. Но постепенно из-за преклонного возраста и с выдвижением плеяды более молодых и энергичных сподвижников Петра отходит на второй план, оставив в своих руках лишь одно детище – Преображенский приказ, которым руководил до самой своей смерти. Данный факт красноречиво свидетельствует об искренней и нелицемерной приверженности князя-кесаря к делу политического сыска.

Тайная канцелярия была образована в феврале 1718 г. в Москве как временный следственный орган по делу царевича Алексея, однако после переезда в Петербург, где она разместилась в Петропавловской крепости, 20 марта этого же года была преобразована в постоянное ведомство. Поскольку следствие по делу царского сына было поручено П.А. Толстому, выманившему царевича из-за границы, костяк сотрудников нового учреждения составил небольшой штат помощников этого дипломата. Однако круг подозреваемых по делу царевича оказался достаточно широк, поэтому Петр укрепил руководство Тайной канцелярии своими доверенными лицами. Помимо Г.Г. Скорнякова-Писарева, ведшего следствие по делу матери Алексея, в него вошли гвардии майор А.И. Ушаков, приданный в помощь Толстому, и находившийся в Петербурге генерал И.И. Бутурлин, принявший в марте 1718 г. присланные из Москвы все бумаги по делу царевича. Эти четверо и составили руководство нового органа государственной безопасности.

В 1718–1720 гг. руководители Тайной канцелярии назывались «министрами», в начале 1720-х гг. – «судьями», иногда их именовали «инквизиторами». Формально все четверо «министров» были равны, однако главным среди них, безусловно, являлся П.А. Толстой. Помогавший им штат был весьма немногочислен: секретарь, 6 канцелярских служащих и необходимое количество заплечных дел мастеров. Тайная канцелярия стала первым в отечественной истории узкоспециализированным органом, целиком сосредоточившимся на вопросах политического сыска и ни на какие другие посторонние дела не отвлекавшимся.

С марта по август 1718 г. Тайная канцелярия занимается исключительно делом царевича Алексея, и на протяжении этого периода ее фактическим руководителем является сам Петр. Под его началом следствие было проведено достаточно быстро, широко и досконально. В беседе с Толстым царь сразу очертил круг подозреваемых: «Когда б не монахиня (насильно постриженная его первая жена Евдокия Лопухина. — Прим. авт.), и не монах (епископ Ростовский Досифей. — Прим. авт.), и не Кикин, Алексей не дерзнул бы на такое неслыханное зло. Ой, бородачи! многому злу корень старцы и попы; отец мой имел дело с одним бородачом (патриархом Никоном. — Прим. авт.), а я с тысячами». Действительно, через своего личного духовника Якова Игнатьева, близкого друга епископа Досифея, царевич поддерживал связь с заточенной в Суздальский монастырь матерью. Следствие установило, что кружок приближенных Алексея в сношениях между собой пользовался конспиративными кличками и шифрованной перепиской. Поскольку все эти люди никакого реального влияния не имели и тайнопись была для них наполовину игрой, то гораздо более опасной была деятельность А.В. Кикина – бывшего сподвижника Петра, пойманного царем на воровстве и после наказания примкнувшего к кружку царевича, став главным советчиком наследника. Именно этот человек был инициатором и организатором бегства Алексея в Австрию, и от него тянулись более чем подозрительные нити к лицам, обладавшим действительной военной и административной властью. При аресте у Кикина были найдены «цифирные азбуки» для переписки с князем В.В. Долгоруким, князем Г.Ф. Долгоруким, князем Я.Ф. Долгоруким, генерал-адмиралом Ф.М. Апраксиным, фельдмаршалом Б.П. Шереметевым, дипломатом С.В. Рагузинским, А. Волковым и А. Веселовским.

Для получения подробных признаний царь не остановился перед пыткой сына. Так, например, с 19 по 24 июня 1718 г. Алексея шесть раз подвергали пыткам в каземате Петропавловской крепости, причем в первый день пытали дважды – с полудня до часа и с 6 до 9 вечера. Под пыткой у него удалось вырвать признание, что ради захвата власти царевич готов был даже согласиться на австрийскую интервенцию в пределы Отечества.

Собранные в ходе следствия доказательства были представлены Верховному суду из генералитета, сенаторов и Синода, который 24 июня 1718 г. приговорил сына Петра I к смертной казни. По официальной версии, царевич Алексей скончался в Петропавловской крепости от апоплексического удара, а по ходившим тогда слухам, был задушен, отравлен или забит насмерть кнутом. Хотя этот самый громкий процесс Петровской эпохи и закончился казнью главного виновника и его ближайших помощников, тем не менее, по мнению некоторых исследователей, Петр намеренно не стал доводить расследование до логического конца, поскольку уже имеющиеся материалы указывали на весьма широкий крут высокопоставленных лиц, которые если и не состояли непосредственно в заговоре, то были в той или иной степени оппозиционно настроены по отношению к Петровским реформам.