Захваченная силой оружия власть Елизаветы Петровны на первых порах не была стабильной. Соблазн в очередной раз произвести переворот был велик, готовых принять в нем людей, обделенных чинами и наградами, было достаточно, так что без работы Канцелярия тайных розыскных дел не оставалась. Ведомство Ушакова проводит следствие по нескольким делам, связанным с попытками новых переворотов с целью освободить из заключения и возвести на трон малолетнего «законного» императора Иоанна VI (Ивана Антоновича). За преданность и усердие главу Канцелярии тайных розыскных дел ждала очередная награда: в июле 1744 г. императрица жалует ему графское звание.

Наряду с действительным преемником Анны Иоанновны на русский престол беспокойство дочери Петра I доставляли различные самозванцы. В 1742 г. в Тобольске сыном Петра I объявил себя флотский лейтенант И. Дириков, в 1747 г. то же самое заявил гвардейский подпоручик Д. Никитин. После проведения следствия этих и им подобных других самозванцев заточали в монастыри «неисходно до смерти». Личная жизнь императрицы и неизбежные слухи об этом интересном предмете также доставляли немало работы Канцелярии тайных розыскных дел. Поручик Ростовского полка А. Кучкин прямо заявил на допросе Ушакову: «Ее императорское величество изволит находиться в прелюбодеянии с его высокографским сиятельством Алексеем Григорьевичем Разумовским». Еще большую осведомленность проявил капитан-поручик гвардии Г. Темирязев. Своему сослуживцу он поведал о том, что Петр I был «великий блудник», а его дочь сначала любила «арапа Аврамку», затем сына генерал-полицмейстера Девиера, потом безвестного «ездового», «а четвертого Алексея Шубина; и пятого ныне любит Алексея Григорьевича Разумовского, да это де не довольно». Репутация у Елизаветы Петровны была такая, что гренадер Преображенской роты П. Лахов мог спокойно приврать друзьям, что он «с ея императорским величеством жил блудно». Эти и многие подобные им дела приходилось разбирать Ушакову.

За время долголетней службы на поприще политического сыска при пяти государях и государынях Ушаков скопил значительное состояние и спокойно умер в Петербурге на 77-м году жизни. Похоронен был в Благовещенской церкви Александро-Невской лавры.

Новое ведомство было учреждено 24 марта 1731 г. и стало полноправным преемником петровской Тайной канцелярии и Преображенского приказа. От первой оно унаследовало название и узкую специализацию на политических преступлениях, от второго – место пребывания (Преображенский генеральный двор) и бюджет (3360 рублей в год при общем бюджете Российской империи в 6–8 миллионов рублей). Штат новой службы государственной безопасности также остался компактным и в 1733 г. состоял из двух секретарей и 21 канцеляриста. К этому времени П.А. Толстой уже потерпел поражение в политической борьбе того бурного времени и был заточен в Соловецкий монастырь, где и умер. Начальником Канцелярии тайных розыскных дел был назначен его бывший сподвижник А.И. Ушаков, успевший поработать в обоих петровских сыскных ведомствах. Рабски преданный императрице Анне Иоанновне, Ушаков вел два самых громких политических процесса в ее правление – «верховников» Долгоруковых и Голицыных и кабинет-министра А.П. Волынского, попытавшегося положить конец бироновщине. Когда в начале 1732 г. двор во главе с императрицей вернулся из Москвы в Санкт-Петербург, туда же со своей канцелярией, получившей название «Походная канцелярия тайных розыскных дел», переехал и Ушаков. Чтобы не оставлять без присмотра старую столицу, в ней открыли «от оной канцелярии контору», разместившуюся на Лубянке. Во главе московской конторы был поставлен родственник царицы генерал-адъютант С.А. Салтыков, немедленно развернувший бурную деятельность. Только за первые четыре года своего существования руководимая им контора рассмотрела 1055 дел и арестовала 4046 человек. Понимая значение политического сыска для укрепления своей власти, ненавидимой значительной частью населения, Анна Иоанновна придала Канцелярии тайных розыскных дел статус выше, чем любой коллегии империи, и подчинила ее лично себе, категорически запретив вмешиваться в ее деятельность любым другим государственным органам. Руководивший Канцелярией Ушаков не был обязан отчитываться в своих действиях даже перед Сенатом, но зато регулярно являлся с докладами к самой императрице.

В развернувшемся после смерти Анны Иоанновны в 1740 г. очередном туре борьбы в верхах за власть руководитель политического сыска сознательно не принял никакого участия, довольствуясь, по словам историка, «ролью беспринципного исполнителя воли любого лица, в чьих руках на данный момент оказывалась власть». Беспощадно расправившись при прежней императрице с противниками Бирона, Ушаков затем вел следствие над этим некогда всесильным временщиком, после того как его свергли фельдмаршал Миних и вице-канцлер Остерман. Когда же вскоре свергли их самих, то оба они также попали на допрос к руководителю Канцелярии тайных розыскных дел. Благодаря подобному конформизму и рабской преданности любому власть предержащему, А.И. Ушаков сохранил свой пост и при Елизавете Петровне, воцарившейся на русском престоле с 1741 г. Дочь Петра Великого оставила в полной неприкосновенности орган политического сыска, который при ней расправился со сторонниками свергнутой Брауншвейгской династии, руководителем башкирского восстания 1755 г. Батыршем и вел целый ряд других процессов по «слову и делу». Эта сфера государственной деятельности не была обделена вниманием новой правительницы, и, несмотря на отмечаемую современниками ее склонность к лени, Елизавета периодически заслушивала доклады Ушакова, а когда тот состарился, отправила ему в помощь брата своего фаворита Л.И. Шувалова, который в конечном итоге и сменил Ушакова на его посту. На момент восшествия новой императрицы на престол в 1741 г. штат Канцелярии тайных розыскных дел состоял из 14 подчиненных Ушакова: секретаря Николая Хрущева, четырех канцеляристов, пяти подканцеляристов, трех копиистов и одного «заплечных дел мастера» – Федора Пушникова. Еще 14 сотрудников насчитывалось в московской конторе. Объем их работы постоянно расширялся. Подсчет сохранившихся в архивах к началу XIX в. дел этого ведомства показывает, что от эпохи бироновщины осталось 1450 дел, а от времени царствования Елизаветы Петровны – 6692 дела. Помимо политических дел о «первых двух пунктах», этот орган государственной безопасности рассматривал также дела о взяточничестве и злоупотреблениях властей на местах, придворных интригах и ссорах. Выполняла Канцелярия тайных розыскных дел и контрразведывательную функцию. «В частности, – пишет историк, – в 1756 году императрица Елизавета Петровна поручила ей (Канцелярии. — Прим. авт.) расследовать дело о подозреваемом в шпионаже французском миссионере Валькруассане и бароне Будберге. В 1761 г. сюда было передано дело по подозрению саксонского уроженца генерала русской службы Тотлебена в сношениях с пруссаками. В январе 1762 г. здесь велось большое дело о шпионаже в русских войсках в Пруссии».

В 1754 г. порядок проведения розыска в Канцелярии был регламентирован специальной инструкцией «Обряде како обвиняемый пытается», утвержденной лично императрицей. Если подозреваемый на допросе и очной ставке с доносчиком сразу не признавал за собой вины, то для выбивания из него правдивых показаний в первую очередь применяли дыбу и кнут. Дыба представляла собой два вертикально вкопанных столба с перекладиной наверху. Палач связывал длинной веревкой руки допрашиваемого за спиной, второй конец перекидывал через перекладину и тянул за него. Связанные руки выходили из суставов, и человек повисал на дыбе. После этого жертве наносили 10–15 ударов кнутом. Работавшие в застенках палачи были «настоящими мастерами кнутобойного ремесла»: «Они могли класть удар к удару ровно, как бы размеряя их циркулем или линейкой. Сила ударов такова, что каждый пробивает кожу и кровь льется ручьем; кожа отставала кусками вместе с мясом».