В апреле 1754 г. умирает Чоглоков, гофмейстер двора великого князя Петра Федоровича. На его место императрица назначает «по совместительству» А.И. Шувалова. Новая должность не доставила начальнику Канцелярии тайных розыскных дел приятных ощущений. Сам факт, что начальником их двора является глава страшного ведомства политического сыска, явно приставленный к ним императрицей Елизаветой с целью надзора, чрезвычайно нервировал как наследника Петра Федоровича и его окружение, так и великую княжну. Впоследствии Екатерина II вспоминала, что встречалась с Шуваловым каждый раз «с чувством невольного отвращения». По ее словам, выходило, что глава Канцелярии тайных розыскных дел пытался окончательно рассорить ее с Петром Федоровичем, чтобы полностью подчинить наследника трона своему влиянию и после смерти Елизаветы Петровны через него управлять государством. Учитывая умственные способности Шувалова, подобные обвинения Екатерины II кажутся весьма сомнительными, однако подобные планы действительно могли вынашивать его родной и двоюродный братья.

За успешное выполнение обоих этих ответственных поручений императрица в августе 1760 г. назначает главу Канцелярии тайных розыскных дел сенатором.

Смерть Елизаветы Петровны 25 декабря 1761 г. и восшествие на престол Петра III поначалу не ослабили влияния партии Шуваловых. Что касается А.И. Шувалова, то уже вскоре после своего воцарения новый император пожаловал ему чин генерал-фельдмаршала и полковника Измайловского полка. 21 февраля 1762 г. был издан манифест императора, по которому Канцелярия тайных розыскных дел формально ликвидировалась, а фактически политический сыск передавался в ведение Сената. В апреле Петр III освобождает А.И. Шувалова от обязанности надзирать за томившимся в тюрьме свергнутым Иоанном Антоновичем и другими членами Брауншвейгской фамилии. 9 июня 1762 г., за две недели до своего низложения, Петр III награждает А.И. Шувалова двумя тысячами крепостных за верную службу. Близость к новому императору естественным образом предопределила его позицию в начавшемся 23 июня 1762 г. государственном перевороте в пользу Екатерины. Новоиспеченный генерал-фельдмаршал однозначно принимает сторону Петра III и, как заявляла впоследствии Екатерина II, взялся за дело, которое решительно должно было переломить ход событий: «Потом приехали... из Петергофа князь Трубецкой и граф Александр Шувалов: они хотели увериться в расположении войск и убить меня». Проверить это утверждение невозможно, но, во всяком случае, увидев, что сила на стороне Екатерины, оба эмиссара ее свергнутого супруга поспешили присягнуть и, бросившись к ее ногам, стали молить о прощении, которое им и было даровано. Девятилетнее общение с Екатериной II в качестве гофмейстера и занятая во время переворота позиция не оставляли никаких шансов Шувалову на продолжение карьеры в новое царствование. В 1763 г. он был отстранен от всех занимаемых официальных должностей.

В феврале 1762 г. взамен уничтожаемой Канцелярии тайных розыскных дел Петр III учредил при Сенате Особую экспедицию, ведающую вопросами политического сыска. Однако власть Петра III была настолько непопулярной в обществе, особенно в армейской среде, что ее не могли спасти органы безопасности ни в прежнем, ни в реформированном виде. В июне 1762 г., опираясь на гвардию, Екатерина осуществляет переворот против собственного мужа и берет власть в свои руки. Ненавидя мужа, новая императрица при каждом удобном случае старалась подчеркнуть глупость и безумство его поступков, однако его решение о сохранении политического сыска под крышей Сената глупостью ей не показалось. Своим указом от 19 октября 1762 г. Екатерина II почти дословно повторяет манифест Петра III от 21 февраля того же года, полностью солидаризируясь с ним. Лицемерием новая правительница ничуть не уступала своему супругу. Еще в бытность свою великой княгиней, имея основания опасаться главы Канцелярии тайных розыскных дел А.И. Шувалова, Екатерина как-то заявила окружающим: «Не знаю, но мне кажется, что у меня на всю жизнь будет отвращение к назначению чрезвычайной комиссии, особенно когда эта комиссия должна оставаться негласною... Преступление и производство дела должно быть оглашено, чтобы общество, всегда судящее беспристрастно, могло распознать правоту».

Однако, став императрицей, она быстро забыла свои мысли относительно гласности при расследовании важнейших преступлений и, как и ее предшественники, вновь сделала ставку на тайный орган госбезопасности, замаскированный на этот раз от посторонних глаз. Позднее, в законодательной записке о будущем устройстве Российской империи, Екатерина II так сформулировала свое мнение по поводу функций данного органа. Тайная экспедиция, по ее убеждению, во-первых, должна собирать сведения «о всех преступлениях противу правления» и, во-вторых, «велит преступников имать под стражу и соберет все обстоятельства», т.е. осуществляет арест злоумышленников и проводит расследование по их делам. Исследователь проблемы Н.Б. Голикова так оценивает результаты проведенной императрицей реорганизации: «Передача Тайной экспедиции в ведение генерал-прокурора обеспечивала органам политического сыска максимальную централизацию, независимость от других учреждений и сохранение наиболее полной секретности при расследовании политических процессов». Не следует думать, что замаскированный орган госбезопасности был подчинен собственно Сенату как высшему государственному учреждению, при котором он формально числился. Как и раньше, структура политического сыска вновь замыкалась напрямую на персоне самодержца, на этот раз благодаря посредству генерал-прокурора Сената, игравшего, по большому счету, роль передаточного звена.

Как свидетельствуют источники, Екатерина II действительно знала толк в политическом сыске и лично вникала во все тонкости того, «что до Тайной касается». Причина подобного пристрастия императрицы вполне объяснима, поскольку власть ее первоначально не была особенно прочна. Это впоследствии время правления Екатерины стало восприниматься дворянством как счастливый «золотой век», а вначале оно далеко не единодушно признало ее право на власть. Часть дворян вообще желала видеть на престоле малолетнего сына Екатерины II Павла, причем совершеннолетие последнего дало новый толчок подобным настроениям. Спустя два года после воцарения Екатерины офицер В. Мирович попытался осуществить государственный переворот и освободить заключенного в Шлиссельбургской крепости Иоанна Антоновича, также имевшего все права на корону, поскольку после смерти Анны Иоанновны именно он был провозглашен императором. Скоропостижная смерть мужа Екатерины Петра III была более чем подозрительна даже для непосвященных и закономерно породила слухи о том, что законный император жив, но где-то скрывается. Подобные настроения привели к появлению целого ряда самозванцев, несших в себе огромную потенциальную угрозу неверной супруге. «Золотой век» дворянства обернулся для крестьян дальнейшим усилением крепостного гнета, на что ответом стала последняя грандиозная крестьянская война 1773–1775 гг. под предводительством Е. Пугачева, который также объявил себя императором Петром III. Расследованием причин восстания, потрясшего сами устои Российской империи, также занималась госбезопасность. Поскольку личная жизнь императрицы была весьма далека от аскетизма, то многочисленные слухи, сплетни, шутки и прибаутки, ходившие по этому поводу в народе, также составляли предмет неослабевающего интереса политического сыска. И это были лишь некоторые причины, побуждавшие Екатерину II сохранять специальный орган для осуществления этого специфичного вида государственной деятельности.

Подавляющее большинство дел, по которым вел следствие этот «новый-старый» орган госбезопасности, как и прежде, были так или иначе связаны с «первыми двумя пунктами» указов 1715 и 1730 гг. Через Тайную экспедицию прошли в основном разбирательства по всем политическим процессам того времени. Являвшийся формально главой Экспедиции генерал-прокурор Сената А.И. Глебов лично докладывал о ее деятельности императрице, от которой получал указания, и, помимо нее, не был обязан отчитываться по этим вопросам ни перед кем. В 1764 г. Екатерина сместила А.И. Глебова и назначила генерал-прокурором князя А.А. Вяземского. Фактически же политическим сыском в империи руководил обер-секретарь Экспедиции С.И. Шешковский, бессменно занимавший этот пост в течение целых 30 лет.