Когда Геракл плыл по морю, возвращаясь из Трои, Гера, вознамерившись его погубить, наслала великую бурю. Ее поступок до того взбесил Зевса, что он заковал Геру в оковы и повесил ее между небом и землей, привязав к ногам наковальни. Шторм принес корабль Геракла к острову Кос. На Косе Геракла ранили местные жители, но Зевс ниспослал ему исцеление, и Геракл отправился во Фракию, где на Флегрейских полях сыграл решающую роль в битве богов с гигантами.

Через некоторое время Геракл собрал грозное войско и пошел войной против Авгия, не расплатившегося с ним за очистку конюшен. Авгий назначил своими военачальниками Эврита и Ктеата, сыновей Посейдона и Мелионы, звавшихся Мелионами или Мелионидами. По одной версии, они были с рождения сросшимися, как сиамские близнецы, а по другой версии, имели на двоих одно тело, две головы, четыре руки и четыре ноги. Однако, оказавшись в Элиде, Геракл заболел и заключил с Мелионидами перемирие, но когда они узнали о его болезни, то врасплох напали на его армию и разбили ее. По одной из версий, в этом бою был смертельно ранен брат Геракла Ификл. Геракл отомстил за Ификла: убил Мелионидов, напав на них из засады, когда они шли на третьи Истмийские игры, чтобы принять в них участие. Затем Геракл взял город Элида, убил Авгия и его сыновей и, как утверждают, основал Олимпийские игры (что, правда, противоречит общепринятой датировке первых Олимпийских игр, состоявшихся в 776 году до нашей эры).

Далее Геракл решил отомстить Нелею, отказавшемуся очистить его от убийства. Геракл разграбил Пилос и убил сына Нелея, Периклимена, способного принимать любое обличье — будь то животное или дерево. На сей раз Периклимен обернулся сначала львом, потом змеем, пчелой, орлом, муравьем и, наконец, мухой, но от гибели это его не спасло. Затем Геракл убил Нелея и всех остальных его сыновей, за исключением младшего Нестора, находившегося в то время в Герении. На стороне Нерея сражались Аид, Гера и Арес, и Геракл каждого из них ранил.

Затем Геракл решил наказать Гиппокоонта, царя Лакедемона (Спарты), который, как и Нелей, отказался очистить его от убийства, а, кроме того, вместе со своими двенадцатью или двадцатью сыновьями Гиппокоонтидами сражался против Геракла на стороне Нелея. Вначале Геракл отправился в аркадскую Тегею и стал просить Кефея присоединиться к нему вместе со своими двадцатью сыновьями. Однако Кефей боялся оставить Тегею, опасаясь, что в его отсутствие на город нападет неприятель. Тогда Геракл дал дочери Кефея Стеропе локон Медузы, заключенный в медный кувшин и подаренный ему Афиной. Геракл сказал Стеропе, что ей достаточно трижды показать этот локон с крепостных стен (самой на него не глядя), и с врагом будет покончено. Войско под предводительством Геракла овладело Лакедемоном, и на троне был восстановлен царь Тиндарей. Однако Кефей и все его сыновья погибли в сражении, а по одной из версий, в этом бою погиб и брат Геракла Ификл.

После этих событий Геракл был принят новым царем Тегеи Алеем. Алей назначил жрицей Афины свою дочь Авгу, пригрозив смертью, если она лишится девственности, ибо был предупрежден Дельфийским оракулом, что его сыновья Кефей и Ликург падут от руки сына Авги. Алей принял Геракла радушно, но герой воспользовался гостеприимством по-своему: выпил лишнего и соблазнил Авгу. Когда Алей узнал, что она беременна, то приказал Навплиту, своему приближенному, утопить Авгу. Однако по дороге к морю Авга родила Телефа, и Навплит, вместо того чтобы ее утопить, продал Авгу царю Тевфранту, правившему в Мисии. Тевфрант женился на Авге, а Телефа усыновил.

По другой версии мифа, Навплит продал Тевфранту одну Авгу, а сына ее, родившегося и оставленного на горе Парфении (на священном участке Афины), вскормила лань, потом его нашли пастухи и назвали Телефом, именем, на взгляд Аполлодора, произошедшем от греческих thele(сосок) и elapos(лань) [85].

В драме Софокла «Мисийцы» рассказывается о том, что Тевфрант, купив Авгу, удочерил ее, а «молчаливый» Телеф [86](хранивший обет молчания) прибыл в Миссию к его двору в поисках матери. Телеф помог Тевфранту защитить царство, и за это Тевфрант отдал ему в жены свою приемную дочь. Телеф и Авга не узнали друг друга, и Авга в брачную ночь решила его убить, чему помешали боги, наславшие на брачное ложе огромного змея. Испугавшаяся Авга призналась в намерении убить Телефа и стала взывать к Гераклу. Тогда Телеф узнал мать, а она узнала его. Телеф воцарился в Мисии и, говорят, что из всех сыновей Геракла он был больше всех похож на отца. Известные источники умалчивают о том, убил ли Телеф, согласно пророчеству, сыновей Алея, Кефея и Ликурга.

Затем Геракл отправился в Калидон, где посватался к Деянире, дочери Ойнея. У Геракла нашелся соперник — речной бог Ахелой, способный менять свою внешность. Деянире он был противен. По ее словам, сватаясь к ней, Ахелой являлся к ее отцу в трех обличьях:

В «Метаморфозах» Овидия Ахелой с горечью рассказывает Тесею, что когда он в поединке с Гераклом обернулся змеем,

Когда обличье змея в поединке с Гераклом Ахелою не помогло, он превратился в быка. Однако Геракл ухватил его за рога и стукнул головой оземь, сломав один рог. Геракл женился на Деянире, а Ахелою вернул сломанный рог в обмен на рог козы Амалфеи.

Женившись на Деянире, Геракл выступил с войском своего тестя против города Эфир, находившегося в Феспротии, где одолел и убил царя Филея. Правда, он тут же изменил Деянире, вступив в любовную связь с дочерью Филея, которая родила от него Тлеполема.

Во время пира у Ойнея Геракл случайно убил виночерпия и решил в связи с этим удалиться в изгнание. Взяв с собой Деяниру, он отправился к Кейку, царю Трахины. Когда Геракл с Деянирой подошли к реке Эвен, паромщик кентавр Несс согласился перевезти Деяниру, а Гераклу предложил переправиться через реку вплавь. Когда Геракл поплыл, Несс попытался овладеть Деянирой. Услышав ее крики, Геракл поразил кентавра отравленной стрелой, проговорив после этого:

На землю пролилась кровь кентавра.

Решив, что испачканная кровью одежда кентавра и в самом деле послужит ей в качестве любовного приворота, Деянира забрала эту одежду с собой.

Прибыв в Трахину, Геракл помог Кейку покончить с разбойниками дриопами, а затем помог Эгимию, царю дорийцев, уладить пограничные споры с лапифами. Когда Геракл перебрался в Фессалию, его вызвал на поединок Кикн, сын Ареса, который побежденным противникам отрезал головы и черепами украшал храм своего оцта. Геракл победил Кикна, хотя, по другой версии, в поединок между ними вмешался Зевс, который развел противников, ударив между ними перуном. По другому варианту этого мифа, на стороне Кикна выступил Арес. Геракл ранил его, а Кикна убил.