Продолжала обостряться борьба за власть не только между Севером и Югом, но и внутри самого «Народного фронта». На севере, в Ленинабадской области, с лета предпринимался ряд мер, призванных обеспечить устойчивость власти в критической ситуации: создавались параллельные душанбинским органы государственного управления, науки, культуры и другие, должности в которых предоставлялись эмигрантам северотаджикского происхождения из Душанбе. В Ходженте все громче раздавались голоса о неспособности Душанбе стабилизировать ситуацию в республике, а в сознании населения укоренялась идея о необходимости создания в Ленинабадской области свободной экономической зоны. Под предлогом защиты территории от вооруженных исламистов по решению руководства области в конце августа были взорваны два моста через реки Ягноб и Зеравшан на трассе, соединяющей Душанбе с Ходжентом через Гиссарский, Зеравшанский и Туркестанский хребты. Операцией по взрыву руководили лично начальник областного управления КНБ Эргали Курбанов, военком Мамаджонов и один из заместителей председателя Ленинабадского облисполкома. Тем самым процесс реального отделения Ленинабадской области от юга Таджикистана продолжал углубляться.
Свидетельством противоречий между кулябцами и ходжентцами стало письмо бывшего спикера парламента Таджикистана, выходца с севера С. Кенджаева, направленное им 6 сентября руководству республики и носившее антикулябский характер. В письме Кенджаев в ультимативной форме требовал отправить в отставку председателя КНБ С. Захурова, министра внутренних дел Я. Салимова, министра обороны А Шишлянникова и первого заместителя председателя Верховного Совета А. Достиева. Там же содержалось требование отправить к прежним местам жительства всех кулябцев, самовольно захвативших квартиры в Душанбе после установления нового режима. Показательно, что эти же требования уже выдвигались в конце августа на митинге в Гиссаре и были направлены против «Народного фронта».
Появилась информация о том, что в различных областях Российской Федерации, по неполным данным, скопилось около 145 тысяч беженцев из Таджикистана, в других республиках бывшего СССР и в Афганистане — 634 тысяч, всего же за пределами Таджикистана — 778,5 тысячи беженцев. На фоне сообщений о продолжающихся исчезновениях и арестах бывших активистов оппозиционных партий прозвучало заявление Э. Рахмонова об окончании гражданской войны в республике, сделанное им в преддверии визита министра иностранных дел России А. Козырева в Таджикистан, и о намечавшейся на 24 ноября, но отложенной сессии Верховного Совета республики.
Однако с текстом заявления не согласились лидеры оппозиции, подписавшие 7 декабря на встрече, организованной для обсуждения и координации совместных действий, предпринимаемых для ведения переговоров и политического урегулирования ситуации в Таджикистане, совместное заявление. От Движения исламского возрождения Таджикистана заявление подписал А. Тураджонзода, от движения «Растохез» — А. Холикзода, от Демократической партии — А. Сатторов, от Координационного центра демократических сил Таджикистана в странах СНГ — О. Латифи. Лейтмотивом заявления была мысль о том, что лишь переговоры способны разрешить ситуацию в республике. В заявлении содержалось 9 пунктов, в числе которых было и предложение о создании Госсовета и Временного правительства из числа компетентных и нейтральных лиц.
Обострившаяся в Таджикистане борьба внутри правящих группировок завершилась в конце года победой кулябцев, для которых это была последняя возможность сохранить единую государственность на всей территории Таджикистана при явных попытках ходжентцев или вернуть свои руководящие позиции, или заявить о своей не только экономической, но и политической самостоятельности. Поэтому сессия Ленинабадского областного Совета, где А. Хамидов предполагал поставить вопрос о восстановлении в республик поста президента и объявлении Ленинабадской области свободной экономической зоной, закончилась полным провалом. Кулябцы, мгновенно отреагировав на ситуацию, выбросили в Ходжент вертолетный десант и силой заставили ходжентцев отказаться от сепаратистских намерений и принять участие в работе Верховного Совета Таджикистана в Душанбе. В результате подобных акций ушел в отставку премьер-министр Таджикистана А. Абдуллоджанов. На состоявшейся в Душанбе 27 декабря сессии Верховного Совета Таджикистана новым премьер-министром был утвержден Абдужалил Самадов.
В январе — феврале 1994 года существенно обострилась обстановка в Душанбе, где нередко возникали перестрелки. В городе было совершено покушение на нового генерального прокурора республики М Салихова. С начала кровавых событий в результате терактов были Убиты более тысячи работников правоохранительных органов, а свыше двух с половиной тысяч из них покинули республику.
В конце февраля 1994 года ситуация как внутри самого Таджикистана, так и на таджикско-афганской границе еще более осложнилась. С 19 по 22 февраля посты пограничников и 8-я застава Пянджского погранотряда были обстреляны тяжелой артиллерией и реактивными снарядами. Однако Совет исламского сопротивления Таджикистана, находившийся в г. Тулукане, опроверг заявление МИД Таджикистана о том, что боевые группы исламистов обстреливают с территории Афганистана местоположение правительственных формирований. На территории республики произошло несколько крупных столкновений, причем в ряде случаев между правительственными отрядами. Внутри этих сил начались разногласия не только на региональной, но и на межэтнической основе. Наиболее яростными столкновениями были перестрелки 19 февраля недалеко от Душанбе между милиционерами-кулябцами и узбеками-локайцами, а также в Джиликульском районе между узбеками-кунградами и выходцами из Кулябской области.
К этому времени численность коллективных миротворческих сил составляла 25 тысяч человек. При этом численность узбекского батальона, занявшего позиции в тылу Пянджского погранотряда, достигала 350 человек, киргизский батальон в 286 человек занял позиции на Памире. На начало марта Казахстан свой батальон так и не прислал. Из 65 млрд рублей, потраченных за полгода на содержание пограничников и контингента миротворческих сил, 57 млрд взяла на себя Россия. Этим силам в самом Таджикистане противостояли: вооруженное подполье в Душанбе — 4500 бойцов, в бывшей Кулябской области — около 2000 человек, в Курган-Тюбе — 3500 бойцов, в Горном Бадахшане — 7000.
Подобные факты свидетельствовали о неспособности или нежелании официального Душанбе идти на какие-либо меры по прекращению конфликта. Однако с начала марта отмечалась активизация усилий Москвы с целью побудить правительство Э. Рахмонова к переговорам с оппозицией. Заместитель министра иностранных дел России А. Адамишин посетил Тегеран с целью установления контактов с лидерами Совета исламского сопротивления, а также Демократической партии и «Растохеза». Была достигнута договоренность о проведении переговоров в Москве. Делегацию от правительства Таджикистана должен был возглавить вице-премьер М. Назаршоев — памирец по происхождению. Однако в ночь с Юна 11 марта он был убит у себя дома, что послужило поводом для сторонников проведения жесткой линии в обоих лагерях. Переговоры, назначенные на 16 марта, вновь оказались сорванными. Тем не менее Москва не ослабила своих усилий по организации переговоров, поскольку к этому времени всем сторонам стало окончательно ясно, что таджикская проблема пока не имеет военного решения.
В качестве демонстрации силы Российской армией были срочно подготовлены и 24–26 марта проведены близ заповедника «Тигровая балка» на побережье Пянджа учения коалиционных сил СНГ. Учениями руководил командующий контингентом миротворческих сил Б. Пьянков (общее наблюдение осуществлял министр обороны России П. Грачев). В учениях приняли участие подразделения вооруженных сил России, Таджикистана и Узбекистана общей численностью около 950 человек. Было задействовано 28 танков, 104 БМП, 20 боевых самолетов. Необходимость проведения учений обосновывалась усилением напряженности на таджико-афганской границе. В то же время визит П. Грачева в значительной мере повлиял на взгляды руководства Таджикистана в отношении оппозиции, поскольку генерал заявил в интервью журналистам, что единственным способом решения таджикистанской проблемы являются политические переговоры.
